Mainitaan itsenäisenä kirkkoherrakuntana ja pitäjänä ainakin jo 1330. Kirjallisuudessa esitettyjen tietojen mukaan olisi aikanaan erotettu Uskelan emäseurakunnasta. Naantalin luostarille myönnettiin patronattioikeus seurakunnassa 1441, mainitaan olleen "pas oratus regalis" eli kuninkaallinen vielä 1730 ja seurakunta muutettiin konsistoriaaliseksi 1740, jolloin kuningas määräsi tuomiokapitulin antamaan valtakirjen sille, joka vaalissa oli saanut enemmän ääniä. Perniön kunta liitettiin Salon kaupunkiin 2009.
Seurakuntaan kuuluneista Finby eli Särkisalo perustettiin kappeliksi 1760 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1904. Ylikulman rukoushuonekunta perustettiin 1915 ja Alakulman 1916. Seurakuntaan liitettiin kuuluvaksi Uskelasta Teijo, Villnäs ja Grabbenböle 1759, joista myöhemmin muodostettiin Teijon tehdasseurakunta. Seurakuntaan siirrettiin kuuluvaksi Kemiöstä Träskbölen tila keisarillisen senaatin päätöksellä 20.8.1896. Perniön rukoushuoneyhdistyksen säännöt vahvistettiin keisarillisessa senaatissa 8.2.1905.
Muut nimet
Bjärnå
Kylät
Aaljoki, Aimontappo, Aitlahti (Aitolaks), Alaspää, Alimälkiä (Alasmelkkilä), Anjala, Arpalahti (Arpala), Asteljoki (Aslo), Äyrilä, Eikkulla, Ervasto, Ervelä, Foula, Haarla, Haaroinen (Haaro), Hämeenkylä, Heikkilä, Hentola, Hirvilahti, Huhti, Isokuusto (Kuusto), Iso-Pakapyöly, Juvela, Kakola, Kanturpyöly, Kaukonpyöly, Kestriki, Ketunpyöly, Kieronperä, Kirakka, Kirjakkala, Kivelä, Knaapila, Koivisto (Koisto), Kokkila, Kollarla, Korvenkylä, Kovamäki (Kouvola), Krootila, Kuhmisi (Kuhminen), Kumionpää, Kyynämäki (Kynämäki), Kyynärä, Laiterla (Laitla), Lanviikki, Lapnasi, Lapparla, Lassinböle, Latokartano, Laukka, Lehtiniitty, Leipyöly, Lemunkartano, Liite (Liiri), Lintilä, Lupaja, Makarla, Mäkisauru, Mälkilä (Melkkilä), Matildedal, Merihuhti, Metsäkylä, Metsänoja, Mussaari, Mutaisi, Nokoi (Nokoinen), Nurkkila, Pääris, Paarskylä, Penttilä, Pettälä, Pohjankartano, Pohjankylä, Preitti, Provani, Puontpyöly, Puopyöly, Pyhäjoki, Saari, Skoila, Sormijärvi, Soukka, Suksenpyöly, Suomenkylä, Suomenniittu, Sydänsauru, Talonpojanteijo, Teijo, Tilkkala, Torkkila, Trespyöly, Tuohittu (Tuohitto), Väärlä, Varvkankari, Vihiniemi (Vihnämäki), Viipuri, Ylönkylä
Naapuriseurakunnat
Papisto
Seurakunnassa oli kaksi emäseurakunnan kappalaista vuodesta 1675. Seurakunnassa oli pitäjänapulaisia ainakin vuodesta 1659, kunnes virka lakkautettiin 26.4.1860, ja samalla määrättiin emäseurakunnan kappalainen sijoitettavaksi Finbyhyn, jossa pitäjänapulainen oli aiemmin asunut. Kappalainen määrättiin asetettavaksi Finbyhyn keisarin käskykirjeellä 22.12.1864, jolloin kolmen kappalaisen palkkaus ja virkavelvollisuudet järjestettiin. Kirkkoherran karja- ja voikymmenyksistä maaherran päätöksessä 14.9.1757.
Kirkkoherrat
1409 Oluff Munch
1512 Jöns Olavi
1551–1557 Matthias Henrici
1560–1570 Nicolaus M.
1581 Johannes Grind(en)
1593 Simon Erici
1614 Joseph Henrich Caskas
1645 Henricus Canuti Sylvast
1685 Jakob Lund
1698–1614 Gabriel Salonius
1722–1729 Gabriel Salonius
1730–1739 Matthias Elg
1740–1750 Jacob Frosterus
1751–1799 Andreas Gadolin
1803–1831 Gustaf Rancken
1833–1851 Karl August Hjorth
1852–1872 Anders Magnus Bäckman
1875–1893 Lars Gustaf Vilhelm Törnvall
1896–1902 Berndt Gustaf Lindell
1905–1925 Karl Anders Troberg
1927–1932 Kaarlo Edvard Kilpeläinen
1. kappalaiset
1581 Mathias Olavi
1593 Mathias Olavi
1614 Henricus Georgj
1617 Jacobus Jacobi
1627 Henricus Canuti
1642 Henricus Matthiæ Bock, vt. kappalainen
1696–1735 Anders Amberg, isonvihan aikana Ruotsissa
1735–1743 Petrus Masalinus
1744–1745 Matias Ahlman
1745–1767 Karl Gustaf Leistenius
1769–1785 Henrik Reilin
1789–1796 Johan Sevonius
1798–1812 Gustaf Lindevall
1817–1854 Jakob Johan Achrén
1856–1868 Magnus Edvard Sevón
1870–1877 Edvard Vilhelm Lybeck
1878–1888 Berndt Gustaf Lindell
1889–1898 Nikolai Blom
2. kappalaiset
1734–1768 Isaacus Isaaci Ullnerus
1768–1778 Eric Johan Blom
1778–1808 Johan Nummelin
1810–1815 Johan Söderberg
1817–1842 Mikael Hellsten
1847–1852 Klas Adolf Karsten
1851–1854 Gabriel Nestén
1856–1879 Peter Adolf Wasz
1882–1887 Johan Fredrik Silvander
1888–1900 Frans Edvard Silvander
1901–1908 Heikki Abraham Autero
1908 Kaarlo Edvard Kilpeläinen
1913–1915 Kaarlo Edvard Kilpeläinen
Pitäjänapulaiset
1716–1723 Johannes Catelius
1723–1728 Arvid Gebhardt
1728–1732 Anders Ahlgren
1734–1744 Matias Ahlman
1744–1754 Matias Manelius
1755–1780 Jacb Johan Bastman
1781–1797 Gustaf Lindevall
1797–1799 Karl Henrik Forsman
1798–1809 Johan Söderberg
1810–1820 Johan Strandell
1820–1848 Matias Waldstedt
1848–1859 Immanuel Smedberg, virka lakkautettiin 1860
Ylimääräiset papit
1732–1735 Jonas Aurenius, apulaispappi
1740– Anders Elg, kirkkoherran viran armovuodensaarnaaja
1774– Gustaf Lindevall, kirkkoherran apulainen
1790– Johan Söderberg, kappalaisen apulainen
1790–1791 Anders Cederlund, kirkkoherran apulainen
1794– Mikael Hammar, kappalaisen apulainen
1797–1803 Karl Henrik Forssman, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherran apulainen
1805–1806 Matias Churberg, kappalaisen apulainen
1806–1809 Mikal Hammar, kappalaisen apulainen, välisaarnaaja
1809–1811 Berndt Johan Floor, kirkkoherran apulainen
1809–1811 Josef Pahlman, välisaarnaaja
1812–1814 Karl Granström, kirkkoherran apulainen
1820 Karl Granström, kirkkoherran apulainen
1812–1818 Matias Valdstedt, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1813–1820 Engelbrekt Rancken, kirkkoherran apulainen
1820–1824 Johan Fredik Vallin, kirkkoherran apulainen
1824–1828 Tomas Lundell, kirkkoherran apulainen
1828–1833 Fredrik Vilhelm Rancken, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra
1831–1832 Karl Fredrik Riedell, kappalaisen apulainen
1832–1834 Johan Jakob Stenberg, kappalaisen apulainen
1837–1839 Josef Ernvall, kappalaisen apulainen
1840–1843 Johan Ambrosius Hedenberg, kappalaisen apulainen
1842–1844 Karl Fredrik Rothström, kirkkoherran apulainen
1842–1844 Elias Malakias Rosengren, vt. kappalainen
1845–1848 Gustaf Adolf Hornborg, kappalaisen apulainen
1848–1850 Vilhelm Ahlroth, kappalaisen apulainen
1850–1851 Karl Johan Lindholm, kappalaisen apulainen
1851–1852 Tobias Petterson, sijaiskirkkoherra
1851–1856 Johan Gabriel Höllberg, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1853–1854 Gustaf Jansson, kirkkoherran apulainen
1854–1856 Johan Adolf Colérus, kirkkoherran apulainen
1855 Johan Ludvig Favorin, vt. kappalainen
1856–1857 Erik Rautell, kirkkoherran apulainen
1859–1861 Johan Fredrik Reinholm, kirkkoherran apulainen
1861–1869 Anders Alexander Hartzell, kirkkoherran apulainen
1900–1901 Kaarlo Julius Kalpa, vt. kappalainen
1903–1904 Kaarlo Edvard Kilpeläinen, armovuodensaarnaaja
1901–1905 Erik Eligius Erkkilä (Eriksson), vt. kirkkoherra
1908 Erik Eligius Erkkilä (Eriksson), vt. kirkkoherra
Arkisto
Perniön seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1729, tilikirjat vuodesta 1644 ja historiakirjat vuodesta 1687. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Turussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1409–1933.
Kansallisarkisto on digitoinut Perniön seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.