Mainitaan itsenäisenä kirkkoherrakuntana ja pitäjän ainakin jo 1330. Kirjallisuudessa esitettyjen tietojen mukaan seurakunta olisi erotettu aikanaan Uskelan emäseurakunnasta. Seurakunnan kirkko rakennettiin noin 1440. Kirkko paloi noin 1604 ja pappila 1678, jolloin tuho oli niin perusteelinen, että useimmat rakennukset oli rakennettava uudelleen. Kirkkoa suurennettiin kuorilla 1799 ja kahdella ristihaaralla sekä uudella sakastilla 1812-1814. Kirkko kunnostettiin perusteellisesti 1877–1880. Halikon kunta perustettiin 1866 ja liitettiin Salon kaupunkiin 2009.
Seurakuntaan kuuluneista Angelniemi katsotaan perustetuksi kappeliksi 1659 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1916. Vaskio perustettiin rukoushuonekunnaksi noin 1788 ja erotettiin 1929.
Muut nimet
Halku
Kylät
Ahtiala, Alahäärälä, Ammakko, Antola, Breidilä, Hajala, Hevonpää, Hirvikallio, Huvela, Hyyperä, Häntälä, Ikelä, Isokylä, Immala, Jaakola, Jokisato, Juva, Kalainen, Kalkkila, Kankari, Kaninkola, Kannisto, Karvala, Kavantola, Ketola, Kierlä, Kihis, Kinnarpyöli, Kirjola, Konkola, Korvenpää, Kultola, Kuttila, Kuumala, Kytö, Kärävuori, Laitola, Laiterla, Latala, Lempilä, Lill-Kongola, Lokkila, Meisala, Melkola, Metsäkonkola, Montola, Mustamäki, Mustinen, Märry, Mätikkö, Naapala, Nikkilä, Noukkila, Nummi, Ollikkalanböle, Paavola, Pajula, Pailinna, Paimoinen, Pappila, Perälä, Pihkavuori, Piintilä, Pitkäoja, Puotila (Buodila), Putola, Riikola, Rikala, Ruotsala, Ruska, Ruuhikoski, Saarimäki, Saha, Sauvonkylä, Seppälä, Sianojanböle, Suppala, Talola, Tavola, Toijala, Toivila, Tunila, Turila, Vartsala, Vaskionlempilä, Viala, Viikerlä, Villikkala, Viurila, Voitilanpyöli, Vuorentaka, Vässilä, Ylihäävälä, Yttelä, Yöntilä, Åminne
Naapuriseurakunnat
Papisto
Seurakunnan kirkko oli Joensuun kartanon rakennuttama, joten maanlain kirkkokaaren 5. luvun 1 §:n mukaan kartanon omistajalla oli patronaattioikeus seurakunnan kirkkoherran nimittämisessä. Kuningas Kaarle XI merkitsi omakätisesti kirjeeseen Turun tuomiokapitulille 7.7.1681, ettei Halikon hovien omistajilla ollut "jus patronatus", mutta seurakunta todisti yksimielisesti pitäjänkokouksessa 2.12.1694, että vanhan kertomuksen mukaan Joensuun kartanon omistaja oli antanut maan kirkolle ja rakennuttanut Halikon, Salon ja Perttelin kirkot.
Vuoden 1723 tutkimuskunta katsoi, että seurakuntaa olisi pidettävä konsistoriaalisena ja seurakuntaa pidettiin sellaisena, kunnes Joensuun kartanon omistaja kreivitär Catharina Ebba Horn tahtoi käyttää patronaattioikeutta, jonka jälkeen kuningas ratkaisi asian kreivittären eduksi kirjeellä 2.6.1780. Oikeus koski myös Angelniemen kappalaisen asettamista, mutta ei Halikon emäseurakunnan pitäjänapulaisen virkaa, joka täytettiin seurakunnan päätöksellä.
Kappalainen sai kolme vapaavuotta veroista raivaamalleen Tilkalan tilalle 9.2.1616. Papiston palkasta tehtiin suostumus, jonka vahvistettiin kuninkaan päätöksellä 13.3.1747. Pitäjänapulaisia oli seurakunnassa ainakin vuodesta 1652, kunnes virka lakkautettiin keisarin käskykirjeellä 28.8.1861.
Kirkkoherrat
1330 Jacobus
1352 Remboldus
1398 Olaus
1410 Klaus Stefani
1424–1431 Laurentii Ingemundi
1475 Johannes Serpelt
1475 Hermannus Johannii
1510 Olaus
1530 Henrik
1549–1564 Johannes Augustini
1568–1596 Filip Theobaldi Fabricius
1600–1625 Martinus Martini
1631–1632 Hieronymus Laurentii Hinnulinus
1633–1650 Georgius Mathiae Thauvonius
1651–1672 Eschillus Ambrosii
1672–1681 Michael Mathiae Stenbergius
1681–1690 Philippus Backman
1691–1722 Ericus Stenbergius
1723–1735 Anders Aejmelaeus
1724–1737 Arvid Paulin
1751–1780 Erik Widenius
1781–1799 Ingevald Nordling
1801–1824 Bengt Jakob Ignatius
1826–1828 Karl Anders Ignatius
1832–1839 David Johan Wegelius
1842–1851 Joel Kristian Grahn
1854–1874 Otto Ferdinand Saxbeck
1876–1885 Henrik Nybergh
1886–1899 Emil von Hertzen
1900–1907 Johan Nestor Kalinen
1909–1946 Johan Gustaf Rosendahl
Kappalaiset
1581–1593 Eskilus Mateij
1600 Mårten
1616 Henrik Georgii
1622–1625 Bengt
1631–1643 Johannes Jacobi
1644–1672 Michael Mathiae Stenbergius
1672–1673 Laurentius Leerman
1674–1685 Georgius Henrici
1687–1692 Gustavus Hemelinus
1693–1706 Erik Simonsson Indrenius
1708–1723 Anders Aejmelaeus
1724–1736 Arvid Paulin
1740–1751 Erik Videnius
1751–1770 Abraham Arvidsson Paulin
1771–1780 Ingevald Nordling
1781–1792 Gabriel Gottleben
1792–1812 Elias Stadius
1813–1820 Ezekiel Hildén
1820–1826 Karl Anders Ingnatius
1826–1836 Johan Fredrik Borenius
1839–1842 Fredrik Corell
1846–1857 Karl Peter Grönros
1857–1872 Robert Borenius
1872–1878 Karl Edvard Hagelberg
1879–1883 Anton Lukas Vilén
1886–1890 Frans Vilhelm Leppänen
1899–1900 Frans Adolf Rudanko
1901–1908 Johan Gustaf Rosendahl
1908–1913 Karl (Kaarlo) Zacharias Tallgren
1914–1926 Väinö Saurio
1928–1942 Immo Oskari Lampo
Pitäjänapulaiset
1652–1674 Georgius Henrici
1680–1687 Gustavus Hemelinus
1705–1712 Gabriel Hemmelinus
1731–1740 Erik Widenius
1740–1749 Jakob Aejmelaeus
1749–1752 Johan Vervenius
1753–1761 Johan Kärrström
1763–1771 Ingevald Nordling
1773–1791 Arvid Paulin
1793–1796 Abraham Sevón
1796–1807 Tuomas Ilenius
1807–1811 Johan Fredrik Sevón
1811–1824 Johan Fredrik Borenius
1824–1830 Josef Joakim Lagerbohm
1831–1836 Johan Adolf Virnberg
1840–1846 Karl Peter Grönros
1846–1855 Robert Borenius
1856–1861 Johan Frans Sahlberg, virka lakkautettiin 1861
Ylimääräiset papit
1683 Henrik Jamalenius
1692–1694 Anders Urenius
1747–1751 Abraham Paulin, kirkkoherran apulainen
1762–1763 Ingevald Nordling, kirkkoherran apulainen
1769 Erik Widenius, kirkkoherran apulainen
1771–1783 Efraim Widenius, kirkkoherran apulainen
1792–1795 Matias Achrén, kirkkoherran apulainen
1797–1807 Johan Fredrik Sevón, kirkkoherran apulainen
1806–1809 Gustaf Renvall, kirkkoherran apulainen
1809–1810 Johan Granroth, kirkkoherran apulainen
1810–1813 Karl Lindström, kirkkoherran apulainen
1814–1820 Karl Anders Ignatius, kirkkoherran apulainen
1820–1822 Sven Israel Ignatius, kirkkoherran apulainen
1822–1824 Josef Joakim Lagerbohm, kirkkoherran apulainen
1824–1825 Frans Henrik Vellenius, kirkkoherran apulainen
1830–1831 Johan Adolf Virnberg, armovuodensaarnaaja
1830–1832 Johan Jakob Stenberg, välisaarnaaja
1834–1839 Fredrik Corell, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1836–1837 Johan Jakob Stenberg, välisaarnaaja
1837 Gustaf Lönnmark, armovuodensaarnaaja, vt. kappalainen
1839 Josef Ernvall, papin apulainen
1839–1840 Karl Peter Grönros, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1841–1842 Nils Johan Jungberg, armovuodensaarnaaja
1843–1846 Robert Borenius, vt. kappalainen, armovuodensaarnaaja
1883–1884 Johan Nestor Kalinen, vt. kappalainen
1885 Edvard Hannula, vt. kappalainen
1885–1886 Frans Vilhelm Leppänen, vt. kirkkoherra, vt. kappalainen
1893–1895 Johan Vilhelm Alhroos, vt. kappalainen
1895–1896 Alexander Kulla, vt. kappalainen
1896 Hjalmar Gerhard Sahlsten, vt. kappalainen
1896–1899 Kaarle Julius Kalpa, vt. kappalainen
1899–1900 Aksel Rudolf Leván, vt. kirkkoherra, vt. kappalainen
Arkisto
Halikon seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1692, tilikirjat vuodesta 1720 ja historiakirjat vuodesta 1692. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Turussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1675–1924.
Turun arkkihiippakunnan tuomiokapitulin 24.11.1904 antama päätös, joka koski huoneen rakentamista seurakunnan kirkonarkistoa varten, kumottiin kreivi Carl Alexander Armfeltin ja muiden seurakuntalaisten valituksen seurauksena keisarillisen senaatin päätöksellä 1906. Asia lykättiin kirkonkokouksen uudelleen käsiteltäväksi, mutta arkistohuoneen rakentamisesta ei ole tietoa.
Kansallisarkisto on digitoinut Halikon seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1900-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.