Alkuaan Iitin emäseurakunnan kappeli, kunnes erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi ja pitäjäksi Kaarle-herttuan kirjeellä antamalla luvalla 27.10.1595. Seurakunnan kirkossa kävi alkuaan Savolahden, Taipaleen, Sysmän ja Hollolan asukkaita. Pikkuvihan jälkeen seurakunta jaettiin kahtia Turun rauhassa 7.8.1743, jolloin kolmasosa eli 50 tilaa, kirkko ja pappila liitettiin kuuluvaksi Venäjän keisarikuntaan. Viipurin kuvernementin hallinnon ukaasilla 19.7.1746 määrättiin, että Venäjän puolella asunut papisto, vaikka olivatkin Ruotsin alamaisia, sai hoitaa koko seurakuntaa. Ukaasin jälkeen epäselvyydet jatkuivat seurakunnan hoidossa aina siihen saakka, kunnes Vanha Suomi liitettiin kuuluvaksi kokonaisuudessaan Suomen suuriruhtinaskuntaan. Toinen kirkko rakennettiin 20 viikossa 16868 ja uusi kirkko 1822, jonka kirjaustöistä keisarillisen senaatin toimituskunnan kirjeessä 26.3.1862. Iitin Leppäniemen kylä liitettiin seurakuntaan kuuluvaksi keisarin käskykirjeellä 8.6.1859.
Seurakunnan osista muodostettiin Pertunmaa itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1917 ja perustettu seurakunta aloitti toimintansa 1924. Seurakuntaan kuulunut Pankkakangas perustettiin rukoushuonekunnaksi 1895.
Kylät
Ahvenisto, Anettu, Enolahti, Halmeniemi, Hietaniemi, Hölttä, Huopola, Hyyrylä, Jäniskylä, Karankamäki, Kinnilä, Korpilahti, Kousaniemi, Kuhajärvi, Kukonkorpi, Kuortti, Kyttälä, Lahnaniemi, Leppäniemi, Luhtanen, Lyytikkälä, Mynttilä, Niinimäki, Nurmaa, Ollikkala, Outila, Paasola, Pärnämäki, Partsinmaa, Pertunmaa, Poitsiniemi, Särkemäki, Saviniemi, Tiilikkala, Toivola, Vanonen
Naapuriseurakunnat
Hartola, Heinola, Heinolan kaupunki, Hirvensalmi, Iitti, Jaala, Joutsa, Ristiina, Savitaipale, Suomenniemi, Valkeala
Papisto
Seurakunnan perustamisen yhteydessä 1595 määrättiin, että joku autiotila annettaisiin kirkkoherran virkataloksi. Kappalaisen virkataloksi annettiin Skyttälästä neljäsosa eli Kolmihalko 6.3.1616. Papiston palkasta tehtiin suostumus 23.2.1729 ja suostumus vahvistettiin kuninkaan päätöksellä 28.3.1732 ja 4.11.1732. Papiston palkasta keisarillisen senaatin päätöksessä 31.5.1850.
Kirkkoherrat
1595–1626 Jacobus Petri
1629–1646 Canutus Matthiæ Tallberg
1649–1666 Thomas Henrici
1668–1678 Bartholdus Matthiæ Mollerus
1679 Johan Nappenius, ei ottanut virkaa vastaan
1679–1714 Matthias Bartholdi Mollerus
1722–1730 Johan Gestrin
1730–1732 Anders Alopæus
1733–1774 Zacharias Cygnæus
1775–1780 Zacharias Cygnæus
1782–1808 Emanuel Berner
1810–1823 Axel Abraham Berner
1827–1849 Olof Pesonius
1853–1867 Henrik Johan von Pfaler
1869–1875 Lars Anders Landgren
1878–1905 Karl Henrik Oskar Molander
1907– Viktor Berner
1916–1932 Kaarlo Viktor Petrell
Kappalaiset
1616–1626 Canutus Matthiæ Tallberg
1639–1646 Thomas Henrici
1654–1655 Georgius Matthiæ
1656–1682 Andreas Andreæ
1688–1712 Josef Molitor
–1722 Anders Hoimilander
1722–1735 Karl Rheander
1736–1762 Fredrik Gustaf Berner
1764–1782 Emanuel Berner
1782–1796 Anders Konrad Favorin
1800–1820 Samuel Johan Krogerus
1823–1834 David Kristian Stenius
1827–1850 Karl Gröhn
1852–1864 Axel Emanuel Berner, ensin vt. kappalainen
1865–1870 Alexander Vilhelm Mansner
1872–1875 Ismael Ruuth
1879–1887 Otto Magnus Cantell
1890–1892 August Magnus Tolpo
1894–1907 Viktor Berner
1920–1947 Paavo Pakkanen
Ylimääräiset papit
1767–1775 Zacharias Cygnæus, sijaiskirkkoherra
1803–1806 Gustaf Henrik Krogerus, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1806–1810 Axel Abraham Berner, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1809 David Berner, kirkkoherran apulainen
1812–1814 David Berner, kirkkoherran apulainen
1816–1817 Gustaf Henrik Gåsman, kappalaisen apulainen
1820–1821 Bror Sven Hougberg, papiston apulainen
1821 Gustaf Henrik Krogerus, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1821 Jonatan Gestrin, kirkkoherran apulainen
1821–1822 Johan Tengén, kirkkoherran apulainen
1822–1823 Karl Johan Vinter, armovuodensaarnaaja
1822–1827 Erik Niklander, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra
1828–1829 Karl Viktor Tavaststjerna, kirkkoherran apulainen
1834–1837 Axel Emanuel Berner, kirkkoherran apulainen
1838–1844 Johan Fredik Hjerpe, kirkkoherran apulainen
1844–1853 Viktor Olof Pesonius, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra
1844–1847 Anders Gustaf Hahl, vs. kappalainen, armovuodensaarnaaja
1847–1850 Karl Mauritz Lagerstam, vs. kappalainen
1850–1852 Anders Gustaf Hahl, vs. kappalainen, armovuodensaarnaaja
1853–1856 Henrik Reinhold Krogell, kirkkoherran apulainen
1856–1859 Viktor Vilhelm Krogell, kirkkoherran apulainen
1859–1866 Anders Rosberg, kirkkoherran apulainen
1865 Karl Vilén, kirkkoherran apulainen
1866–1871 Frans Fritjof Ferdinand Cavén, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra, vs. kappalainen
1866 Filemon Dahl, vs. kappalainen
1867–1868 Alexander Vilhelm Forstadius, kirkkoherran apulainen, virkavuodensaarnaaja
1868–1869 Karl Hjalmar von Pfaler, armovuodensaarnaaja
1870 Fredrik Forsman, kirkkoherran apulainen
1871 Johan Saarinen, kirkkoherran apulainen
1871–1872 Karl von Hertzen, vt. kappalainen
1872–1874 Teodor Titus Timoteus Tornell, kirkkoherran apulainen
1874–1878 Oskar Vilhelm Vilskman, vt. kirkkoherra
1875–1879 August Hämäläinen, kappalaisen apulainen, vt. kappalainen
1880 Bengt Adolf Broms, kirkkoherran apulainen
1887–1890 Gustaf Immanuel Cantell, kappalaisen ja kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1888–1891 Lauri Johannes Molander, kirkkoherran apulainen
1890–1892 Kaarle Albert Lauri, kappalaisen apulainen
1892–1894 Knut Fabian Holmberg, vt. kappalainen
1891–1909 Gustaf Immanuel Cantell, kirkkoherran apulainen, vt. kappalainen
1909– Hille Elias Sipilä, vt. kappalainen, armovuodensaarnaaja
Arkisto
Mäntyharjun seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1733, tilikirjat vuodesta 1684 ja historiakirjat vuodesta 1681. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Mikkelissä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1600–1984.
Kansallisarkisto on digitoinut Mäntyharjun seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1870-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.