Erotettiin Hartolan emäseurakunnasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi ja pitäjäksi kuninkaan käskykirjeellä 31.8.1784, mutta päätöstä muutettiin kirjeellä 29.9.1786 siten, että muodostettiin kappeliseurakunnaksi ja seurakuntaan asetettiin kappalainen, joka määrättiin toimittamaan virkaansa Leivonmäellä siihen asti, kunnes Joutsaan tultaisiin rakentamaan oma kirkko. Kappalainen asettui asumaan Leivonmäelle vasta 1789 ja virkapaikka muutettiin Joutsaan 1798, jolloin kappalaiselle ostettiin oma virkatalo. Kirkko valmistui ja vihittiin käyttöön 1813. Erotettiin Hartolasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarin käskykirjeellä 23.1.1860, jolloin siihen määrättiin kuuluvaksi Leivänmäen kappeli.
Seurakuntaan kuulunut Leivonmäki perustettiin Sysmän emäseurakunnan rukoushuonekunnaksi 1772, muodostettiin kappeliksi 1850 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1878. Pertunmaa muodostettiin seurakunnan osista itsenäiseksi kirkkoherrakunnnaksi 1917.
Kylät
Angesselkä, Hankaa, Joutsa, Kälä, Laitjärvi, Marjotaipale, Mieskonmäki, Pajumäki, Pappinen, Pärnämäki, Pylsy, Ruorasmäki, Tammilahti, Tolvasniemi, Uimaniemi, Vähä Jousa
Naapuriseurakunnat
Papisto
Papiston palkasta kuninkaan päätös 19.2.1729. Kappalaisen virkatalo ostettiin 1798. Kirkkoherran virkatalon oikeuksista keisarin käskykirje 24.5.1867. Papin palkasta muutamista Joutsassa sijainneista Hartolaan kuuluneista torpista keisarillisen senaatin päätös 13.4.1870. Myllynhaltijain kirkollisista maksuista ja kappalaisen virkatalon oikeuksista keisarillisen senaatin päätös 16.1.1875.
Kirkkoherrat
1865–1880 Robert Vilhelm Brummer
1882–1904 Fredrik Alexander Brummer
1907–1916 Joel Siikanen
1919–1950 Yrjö Juhani Hovikoski
Kappalaiset
1789–1806 Tuomas Wilhelm Neovius
1807–1827 Gustaf Lönnblad, ensin vt. kappalainen
1829–1834 Otto Henrik Neovius
1837–1847 Klas Kristian Albert Tötterman
1851–1869 David Johan Aspelund
1870–1883 Karl Johan Gyllenbögel
1884–1888 Frans Oskari Kekoni
1889–1912 Aksel Anton Lindegren
1913–1918 Kaarlo Johan Korpitie
1918–1921 Urho Valter Tikkanen
1922–1930 Lauri Johannes Heinonen
Ylimääräiset papit
1806 Gustaf Henrik Krogerus, armovuoden saarnaaja
1806–1807 Erik Engman, armovuoden saarnaaja
1827–1829 Otto Henrik Neovius, vt. kappalainen
1834–1835 Johan Gabriel Tuderus, vt. kappalainen
1835–1836 Gustaf Adolf Hillebrand, armovuodensaarnaaja
1836–1837 Karl August Sahlberg, armovuodensaarnaaja
1846–1847 Alexander Teodor Sundberg, kappalaisen apulainen, vt. kappalainen
1847–1850 Karl Gustaf Stenroth, vt. kappalainen
1850–1851 Karl Mauritz Lagerstam, välisaarnaaja
1880–1882 Fredrik Alexander Brummer, vt. kirkkoherra
1883–1884 Oskar Vilhelm Oksanen, vt. kappalainen
1888–1889 Otto Vilhelm Olander, vt. kappalainen
1900–1902 Toivo Alexander Brummer, kirkkoherran apulainen
1905 Henrik Tanner, vt. kappalainen
Arkisto
Joutsan seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1793 ja historiakirjat vuodesta 1912. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Jyväskylässä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1973–1958.
Seurakunnan pappila tuhoutui tulipalossa 21.7.1912, jolloin historiakirjat tuhoutui vuodesta 1789, mutta palossa pelastuivat rippikirjat vuodesta 1793 ja lastenkirjat vuodesta 1803. Seurakunnan pappilassa oli jo aiemmin ollut tulipalo 28.8.1908, mutta tällöin ei tiettävästi tuhoutunut lainkaan kirkonkirjoja.
Kansallisarkisto on digitoinut Joutsan seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1870-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.