Mainitaan itsenäisenä kirkkoherrakuntana ainakin jo 1325. Seurakunta oli Turun akatemian prebendana vuodesta 1690, kunnes prebenda lakkautettiin keisarin käskykirjeellä 30.4.1842, ja seurakunnalle määrättiin oma kirkkoherra 1843. Paimion kunta muodostettiin kaupungiksi 1997.
Muut nimet
Pemar
Kylät
Aakoinen, Ala-Kaleva, Anttila, Aro, Askala, Auvola, Eppi, Evais, Fuila, Hakkapyöli, Halkilahti, Hanhijoki, Heikoinen, Hirvonpää, Huso, Ilttula, Immainen, Iso, Iso Preitilä, Jaakoppi, Jalkala, Juntola, Kaila, Kaimala, Kaistila, Kaivosi, Kajanoja, Kauhais, Kerkola, Keski-Kaleva, Kevola, Kinkka, Kirnula, Korkeakylä, Kovala, Kruusila, Kruuvais, Kulhomäki, Kuoppila, Kurki, Kyllelä, Kyysilä, Laaroinen, Laiterla, Loppi (Spurila), Lovi, Luuspää, Majankulma, maljamäki, Marjavuori, Meisala, Meltola, Merianttila, Miettula, Munkkila, Nakolinna, Naskarla, Nummenpää, Oinila, Pappila, Penimäki, Pennais, Penttilä, Perälä, Potkela, Räpälä, Rautalho, Rekottila, Rukkijoki, Saari, Sattela, Sievola, Siililä, Silkkilä, Silvola, Skörbäck, Spurilankylä, Suksela, Taatila, Tamero, Tanisi, Toikkala, Tupila, Tuuvala, Vähä Heikoinen, Vartsalo, Viksberg, Villisi, Vista, Vuoltee, Yrjövuori
Naapuriseurakunnat
Papisto
Seurakunnassa oli pitäjänapulaisia vuodesat 1691, kunnes virka lakkautettiin keisarin käskykirjeellä 20.11.1865, ja pitäjänapulaisen palkka jaettiin kirkkoherran ja kappalaisen kesken.
Kirkkoherrat
1541–1545 Thomas
1547–1552 Sigfridus Olavinpoika
1554–1559 Michael
1563–1566 Andreas
1567–1588 Martti Juhonpoika
1589–1612 Heikki Martinpoika
1622–1627 Matti Sigfridinpoika
1628–1659 Jaakko Tuomaanpoika Florinus
1660–1669 Matti Erkinpoika Florinus
1670–1689 Henrikki Matinpoika Florinus
1689–1695 Antti Wanochius
1695–1698 Taavetti Lund
1698–1705 Henrikki Matinpoika Florinus
1699–1701 Torsten Ruden
1706–1708 Lauri Tammelin
1708–1712 Gabriel Juslenius, jumaluusopin professori.
1722–1726 Juhana Haartman, logiikan ja metafysiikan professori
1726–1728 Samuli Hornaeus, vt. kirkkoherra
1728–1737 Juhana Wallenius, teologian professori
1738–1740 Juhana Gråå, vt. kirkkoherra
1741–1745 Gregorius Stenman, professori
1746–1754 Samuel Pryss, runouden professori
1755–1757 Johan Tillander, toinen teologian professori.
1757–1773 Karl Mesterton, logiikan ja metafysiikan, professori
1774–1803 Anders Planman, professori
1803–1811 Frans Mikael Franzén, professori
1813–1822 Henrik Snellman, professori
1824–1831 Anders Johan Lagus, professori
1833–1834 Karl Gustaf Sjöstedt, professori
1843–1856 Karl Benjamin Sevonius
1859–1869 Karl Henrik Fonselius
1873–1879 Henrik Ahlgren
1881–1907 Axel Richard Mauritz Creutlein
1908–1931 Alfred Brynolf Leiwo
Kappalaiset
1540–luvulla Mikko
1580–1589 Heikki Martinpoika
1589–1609 Simuna Martinpoika
1625–1629 Jaakko Tuomaanpoika Florinus
1630–1632 Sigfrid Pietarinpoika
1632–1659 Matti Eerikinpoika Florinus
1659–1668 Pärttyli Jaakonpoika Florinus
1669–1694 Arvid Florinus vanhempi
1694–1697 Juhana Wegelius vanhempi
1697–1717 Jaakko Rubelius
1719–1739 Heikki Sevonius
1728–1763 Torsten Sevonius, pitäjänapulainen, kappalainen
1765–1778 Juhana Ezelius
1779–1791 Benjami Sevonius
1792–1816 Karl Gustaf Sevonius
1819–1839 Nils Kristian Sanmark
1841–1882 Karl Fredrik Palmgren
1883–1889 Anton Lukas Vilén
1889–1894 Emil Oskar Salonen
1894–1916 Gustaf Adolf Valveranta e Varén
1916–1924 Aarne Vilho Kaitila
1924–1932 Johan Fredrik Cantell
Pitäjänapulaiset
1676–1689 Erkki Favorinus
1689–1691 Arvid Florinus nuorempi
1692–1693 Jeremias Wallenius
1693–1696 Henrikki Colliander
1695–1698 Christiern (Risto) Sevonius
1698–1712 Antti Oilenius
1722–1725 Niilo Tektonius
1726–1728 Simo Achrenius
1729–1740 Torsten Sevonius
1741–1750 Juhana Omenius
1751–1778 Benjami Sevonius
1779–1798 Lauri Raudelin
1802–1818 Nils Kristian Sanmark
1819–1825 Erik Dammert
1827–1842 Gustaf Sevón
1842–1857 Karl Enebäck
1857–1865 Otto Mauritz von Essen
Ylimääräiset papit
1676 Simo Megander, ilmeisesti sotapappi
1690 Ernesti Gestrinius, kirkkoherran apulainen
1690–1692 Jeremias Wallenius, kirkkoherran apulainen
1693–1696 Juho Sevonius
1696–1696 Henrik Colliander
1693 Risto Sevonius
1694–1695 Kristian Voigt
1696–1697 Juho Mejbom, apulainen
1698–1700 Heikki Sevon eli Sevonius
1725–1726 Simon Achrenius, pitäjänapulaisen viran armovuodensaarnaaja
1726–1727 Samuel Hornaeus, vt. kirkkoeherra
1728–1729 Johan Wallenius, vt. kirkkoherra
1729–1730 J. Lindborg, kirkkoherran apulainen
1738–1742 Johan Gråå, vt. kirkkoherra
1740–1741 Johan Omenius, kappalaisen viran armovuodensaarnaaja
1744– Johan Widberg, kirkkoherran apulainen
1746–1751 Benjami Sevonius, kirkkoherran apulainen
1750–1755 Martti Fredrikki Bothnerus, kirkkoherran apulainen
1754–1761 Otto Juha Amnorin, kirkkoherran apulainen
1759–1766 Kaarlo Schefer, kappalaisen apulainen
1760–1779 Lauri Raudelin, kappalaisen apulainen
1772–1781 Yrjö Lilljendahl, kirkkoherran apulainen
1792–1814 Erik Dammert, kirkkoherran apulainen
1809–1818 Karl Benjamin Sevonius, kappalaisen apulainen, sijaiskirkkoherra
1816–1827 Gustaf Sevón, kappalaisen apulainen, välisaarnaaja
1818–1819 Erik Dammert, kirkkoherran apulainen
1827–1828 Karl Fredrik Ervast, kirkkoherran apulainen
1828–1831 Gustaf Adolf Saxbäck, kirkkoherran apulainen
1831–1836 Adrian Elers, armovuodensaarnaaja, kirkkoherran apulainen, välisaarnaaja
1834–1835 Henrik Johan Hjort, kappalaisen apulainen
1835–1836 Frans Mauritz Ljungberg, kappalaisen apulainen
1836–1838 Karl Johan Bröcker, välisaarnaaja
1837–1838 Gabriel Nestén, kappalaisen apulainen
1838–1840 Fredrik Gabriel Hedberg, välisaarnaaja, sijaiskirkkoherra
1840–1841 Vilhelm Pomoell, välisaarnaaja, sijaiskirkkoherra
1840–1841 Fredrik Napoleon Ottelin, armovuodensaarnaaja
1841–1842 Immanuel Smedberg, sijaiskirkkoherra
1869–1870 Karl Alfred Mittler, virkavapaa saarnaaja
1870–1872 Johan Peter Silcke, armovuodensaarnaaja
1879–1881 Fredrik Valdemar Bergroth, armovuodensaarnaaja
1899– Juho August Päiviö, kirkkoherran apulainen, papiston apulainen
1904–1905 Edvin Gabriel von Cräutlein, kirkkoherran apulainen
Arkisto
Paimion seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1667, tilikirjat vuodesta 1730 ja historiakirjat vuodesta 1690. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Turussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1667–1944.
Kansallisarkisto on digitoinut Paimion seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.