Mainitaan Pirkkalan emäseurakunnan kappelina ainakin jo 1446. Messukylä mainitaan ilmeisesti kylänä jo 1439. Seurakunnan keskiaikaista harmaakivikirkkoa korjattiin 1797 ja kirkon mukaan seurakuntaa on kutsuttu nimellä Kivikirkko erotuksena Pirkkalasta, jossa kirkko oli rakennettu puusta. Erotettiin Pirkkalaista itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 6.8.1636. Messukylän kunnasta liitettiin Tampereen kaupunkiin kuuluviksi Kyttälä 1877, Hatanpään kartano 1913 ja Järvensivu 1922. Messukylän koko kunta liitettiin Tampereen kaupunkiin 1947.
Seurakuntaan kuuluneista Teisko perustettiin kappeliksi 1669 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1904. Tampereen kaupunki perustettiin 1770, sai oman saarnaajan 1786 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1904.
Muut nimet
Kivikirkko, Messuby, Mässeby
Kylät
Aitoniemi, Haihara, Hallila, Hirviniemi, Hyllilä, Järvensivu, Juvela, Kaukajärven kartano, Koivisto, Laalahti, Leinola, Messukylä, Nurmi, Palo, Pappila, Rasula, Sorila, Takahuhti, Uusikylä, Vehmainen
Naapuriseurakunnat
Papisto
Pitäjänapulaisen palkasta keisarillisen senaatin päätös 29.6.1837. Sopimus karja- ja voikymmenysten korvaamisesta papistolle keisarillisen senaatin vahvitus 22.3.1850. Kirkkoherran saatavista Hatanpään alueella olleista teollisuuslaitoksista keisarillisen senaatin päätös 27.3.1873. Kappalaisen palkasta keisarillisen senaatin päätökset 11.5.1851 ja 6.8.1874. Keisarillisen senaatin päätöksen 20.11.1879 mukaan kirkkoherra Josef Grönbergin poistuttua virasta kappalaisen virka lakkautettiin ja jälkeen kappalaisen palkka lisättiin kirkkoherran palkkaan. Uusi kirkkoherra viljeli tämän jälkeen myös kappalaisen virkataloa, mutta rakensi ja ylläpiti vain ne huoneet, jotka katsoi tarpeelliseksi virkatalon hoidolle.
Kirkkoherrat
1636–1660 Severinus Matthae Birkalmannus
1661–1686 Magnus Canuti Wallaeus
1687–1690 Nicolaus Agricola
1690–1706 Gustavus Lilius
1706–1717 Ericus Indrenius
1718–1730 Thomas Forselius
1730–1745 Henrik Lilius
1745–1771 Anders Lilius
1771–1782 Gustaf Lilius, vanhempi
1783–1806 Gustaf Lilius, nuorempi
1810–1824 Henrik Weckman
1826–1848 Abraham Lilius
1850–1852 Jonas Gabriel Taxell
1856–1857 Anders August von Pfaler
1861–1903 Josef Grönberg
1904– Kaarlo Magnus Olander
Kappalaiset
1635 Severinus Matthiae Birkalmannus
1661 Henricus Kurkerus
1679–1690 Gustavus Lilius
1690–1712 Johannes Mulinus
1713– Carolus Asp
1722–1739 Kristern Stodius
1739–1743 Anders Lilius
1744–1790 Gabriel Hällsten
1791–1806 Martin Lilius
1809–1810 Johan Wanonius
1811–1820 Karl Indrén
1823–1836 Karl Henrik Grönlund
1839–1851 Anders Johan Svenson
1852–1857 Klas Erik Inberg
1857–1869 Lars Gustaf Vilhelm Törnvall
1875–1878 Gustaf Erander, virka lakkautettiin 1879
Pitäjänapulaiset
1677–1679 Georg Taulerus
1684–1689 Samuel Henrici Kuckerus
–1690 Johannes Mulinus
1691–1713 Carolus Georgii Asp
1713–1722 Christiern Erici Stodius
1722–1739 Anders Lilius
1739–1744 Gabriel Hällsten
1746–1753 Gustaf Lilius
1754–1793 Jakob Wanochius
1794–1806 Sigfrid Alm
1806–1809 Johan Wanonius
1801–1810 Karl Indrén
1813–1818 Gustaf Tillberg
1818–1829 Johan Skogström
1829–1832 Gustaf Fredrik Brander
1832–1839 Anders Johan Svenson
1839–1852 Klas Erik Inberg
1853–1857 Lars Gustaf Vilhelm Törnvall
1859–1861 Fredrik Julius Lilius, virka lakkautettiin
Ylimääräiset papit
1740–1741 Anders Lilius, kirkkoherran apulainen
1743–1755 Anders Nurmelin, kirkkoherran apulainen
1749–1776 Anders Asp, kappalaisen apulainen
1752–1754 Jakob Wanochius, kirkkoherran apulainen
1759–1766 Abraham Indrenius, kirkkoherran apulainen
1764–1776 Mikael Grönström, kirkkoherran apulainen
1777–1782 Gustaf Lilius, kirkkoherran apulainen
1779–1788 Jakob Gullsten, kappalaisen apulainen
1789–1791 Martin Lilius, kappalaisen apulainen
1801–1810 Martin Indrén, apulaispappi
1806–1808 Johan Wanonius, vt. pitäjänapulainen
1812–1813 Matias Grönberg, kirkkoherran apulainen
1816–1820 Karl Henrik Grönlund, kirkkoherran apulainen
1822–1824 Isak Immanuel Hällfors, sijaiskirkkoherra
1825–1826 Johan Axel Zidbäck, välisaarnaaja
1826–1829 Karl Gustaf Lilius, kirkkoherran apulainen
1832–1834 Lars Johan Aejmelœus, kirkkoherran apulainen
1834–1838 Johan Henrik Keckman, kirkkoherran sijainen
1835 Karl Johan Palander, kappalaisen apulainen
1835–1836 Henrik Hidén, kappalaisen apulainen
1836–1837 Adolf Andberg, armovuodensaarnaaja
1837 Mikael Palenius, armovuodensaarnaaja
1837–1839 Johan Ambrosius Hedenberg, armovuodensaarnaaja
1838–1843 Bror Henrik Reinhold Aspelin, kirkkoherran sijainen
1843–1850 Johan Ernst Lovén, kirkkoherran sijainen
1852–1853 Richard Teofil Pontelius, vt. pitäjänapulainen
1853–1854 Frans Edvin Ahonius, armovuodensaarnaaja
1854–1855 Anders Vilhelm Ingman, armovuodensaarnaaja
1855–1860 Johan Gustaf Skogström, armovuodensaarnaaja, Ahlmanin koulun opettaja
1857–1862 Karl Gustaf Bergroth, armovuodensaarnaaja, vt. pitäjänapulainen
1869–1870 Frans Emil Lilius, vt. kappalainen
1871 Josua Johansson, vt. kappalainen
1871–1874 Magnus Edvard Alander, vt. kappalainen
1875 Julius Bergroth, vt. kappalainen
1878–1881 Emanuel Törmälä, vt. kappalainen
1881–1884 Henrik Hermonen, vt. kappalainen
1884–1888 Johan Adam Sandroos, vt. kappalainen
1888–1896 Ludvig Leonard Lönnmark, vt. kappalainen
1893–1894 Kaarlo Kustaa Turtola, kirkkoherran apulainen
1895–1899 Juho Pyhälä, kirkkoherran apulainen, vt. kappalainen
1896–1897 Frans Oskar Lampola, kirkkoherran apulainen
1897 Kaarlo Haavio, kirkkoherran apulainen
1897–1898 Frans Viktor Leino, Kirkkoherran apulainen
1899 Frans Alfred Penttinen, vt. kappalainen
1899–1901 Elias Hyytiäinen, vt. kappalainen
1899–1904 Kustaa Eemil Erander, kirkkoherran apulainen, vt. kappalainen, vt. kirkkoherra
1902 Frans Adolf Rudanko, vt. kappalainen
1902 Juhana Kustaa Toppola, vt. kappalainen
1902 Jooseppi Arra, vt. kappalainen
1903 Frans Oskar Sandberg, vt. kirkkoherra
1903–1904 Karl Oskar Fontell, vt. kirkkoherra
1907–1908 Toimi Armas Valtari, kirkkoherran apulainen
Arkisto
Messukylän seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1762, tilikirjat vuodesta 1698 ja historiakirjat vuodesta 1751. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Hämeenlinnassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1666–1940.
Seurakunnan vanhemman kirkonarkiston sanotaan tuhoutuneen aikanaan tulipalossa. Pappila paloi sisällissodan aikana 24.3.1918, jolloin käytössä olleet syntyneitten ja muuttaneitten luettelot tuhoutuivat.
Kansallisarkisto on digitoinut Messukylän seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1870-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.