Erotettiin Ruotsin Jukkasjärven seurakunnasta omaksi kirkkoherrakunnaksi kuninkaallisella kirjeellä 26.6.1747. Siirrettiin Haminan rauhassa Suomeen ja yhdistettiin kappelina Muonioniskan eli Muonion seurakuntaan keisarillisella kirjeellä 5.3.1812. Enontekiön kappalaisesta tuli Muonion kirkkoherra ja Enontekiöön määrättiin papillinen katekeetta, joka kuten kirkkoherrakin oli yhteinen molemmille seurakunnille. Katekeetan virka lakkautettiin ja Enontekiö perustettiin Muonion emäseurakunnan kappeliksi keisarillisella kirjeellä 4.9.1856, jolloin määrättiin kappalaisen saavan laskea hyväkseen kaksinkertaiset virkavuodet. Seurakuntaan asetettiin kaksi katekeettaa keisarillisella kirjeellä 8.9.1876. Keisarillinen Senaatti myönsi kappalaisen virkatalon kunnostamiseksi Lapin kirkollisrahastosta 2 378 markkaa 11.10.1898. Muonion ja Enontekiön kirkkojen kunnostamiseen myönnettiin 25 000 markkaa 31.1.1901 ja lisäksi 6 000 markkaa 6.3.1906. Oulun läänin kuvernöörin tekemän esityksen pohjalta erotettiin Muoniosta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarillisen senaatin päätöksellä 21.11.1916. Enontekiön kunta perustetiin 1877.
Enontekiö sai ensimmäisen kirkkonsa Rounalan kylään 1530-luvulla, toinen kirkko rakennettiin kruunun varoilla 1606–1608. Markkinaan rakennettiin 1652 (tai 1661) kolmas kirkko, joka tuhoutui 1728. Uudelleen rakennettua kirkkoa laajennettiin 1791 ja se muutettiin Lapin kirkollisvaroista myönnetyillä 2 000 ruplan kustannuksilla viisi ja puoli peninkulmaa alemmaksi Palojoensuun kylään 1827. Uusi kirkko rakennettiin Hetan kylään valtion varoilla 1864. Enontekiön ja Muonion kirkkojen kunnostamiseksi myönnettiin 25 000 markkaa keisarillisen senaatin päätöksellä 31.1.1903. Kirkko tuhoutui Lapin sodassa 1944 ja seurakunnan nykyinen kirkko rakennettiin tiilestä ja betonista 1951–1952.
Muut nimet
Enontekiäinen, Enontekis, Eanodat, Hetanpitäjä, Hetta
Maakirjakylät
Hetta (Heahttá), Kelottijärvi (Gelotjávri), Kyrö, Palojoensuu (Bálojohnjálbmi), Peltovuoma (Bealdovuopmi), Suonttajärvi (Suovditjávri), Vuontisjärvi (Vuottesjávri)
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kappalaisen virkatalon kunnostamiseksi myönnettiin 2 378 markkaa Lapin kirkollisesta rahastosta keisarillisen senaatin päätöksellä 5.2.1901.
Kirkkoherrat
1749–1773 Salomon Tornberg
1776–1788 Daniel Engelmark
1788–1806 Erik Grape, virka lakkautettiin 1812
Kappalaiset
1807–1812 Matias Kolström, myös vt. kappalainen
1809–1812 Matias Kolström
1858–1866 Berndt Ferdinand Cajanus, virka perustettiin uudelleen 1856
1881–1897 Aatu Laitinen
1899–1904 Aron Emil Simeon Frosterus
1906–1910 Juho Kipinä
Papilliset katekeetat (Enontekiö ja Muonio)
1826–1834 Matias Adolf Kolström
1834–1849 Emanuel Kolström, ensin vt. katekeetta
1850–1852 Henrik Krank
1852–1856 virka avoinna, lakkautettiin 1856
Ylimääräiset papit
1604–1616 Georgius Henrici, Tornion kappalainen, saarnaaja Tornion ja Kemin Lapeissa
Arkisto
Enontekiön seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1722, tilikirjat vuodesta 1763 ja historiakirjat syntyneiden osalta vuodesta 1720 sekä vihittyjen ja kuolleiden osalta vuodesta 1722. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Oulussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1673–1927.
Kansallisarkisto on digitoinut Enontekiön seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.