Perustettiin Kiteen emäseurakunnan Pielisen pogostassa sijainneeksi kappeliksi 1630, jota ennen alueen ortodoksiset asukkaat olivat muuttaneen Venäjälle Tverin kuvernementtiin. Liperin alue kuului aikanaan Ilomantsin ortodoksiseen seurakuntaan ja täällä mainitaan olleen Kuhasalon autio ortodoksinen luostari 1589. Seurakuntaan määrättiin kuuluvaksi Pielisjärven suurpitäjä eli Lieksa, Nurmes, Valtimo, Juuka ja Rautavaara 1638, mutta ne erotettiin jo seuraavana vuonna. Erotettiin Kiteestä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1650. Liperin vapaaherrakunta lahjoitettiin Herman Flemingille 1651. Venäläiset polttivat Putilon tilan maalla sijainneen kirkon 1656, jonka rakentamisesta oli määrättä kihlakunnanoikeudessa 24.8.1642, ja kostoksi luterilaiset polttivat Konttilansalmen ortodoksisen kirkon. Toinen Pyhän Kolminaisuuden kirkoksi kutsuttu kirkko rakennettiin 1669. Seuraavat uudet kirkot rakennettiin 1760 ja 1839. Isonvihan aikana kasakat ryöstivät kirkon. Uusi kirkko määrättiin rakennettavaksi kivestä keisarillisella käskykirjeellä 29.6.1852. Kappalaisen pappila paloi 19.4.1840. Liperin kunta perustettiin 1875.
Seurakuntaan kuulunut Kaavin kappeli erotettiin itsenäiseksi seurakunnaksi 1803, Kontiolahden kappeli 1857 ja Liperin kappeli 1879. Liperin Rääkkylän, Hypönniemen ja Hernevaaran kylät liitettiin Kiteestä perustettuun Rääkkylän seurakuntaan 1857. Kuusjärven eli myöhemmän Outokummun kappeliseurakunta muodostettiin Liperin Sysmän, Maljasalmen ja Viurunniemen sekä Kaavin Varsilahden kylistä 1863 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1879. Liperin Rikkaranta liitettiin Kuusjärveen 1921 ja Kokonvaara ja Harmaasalo 1937.
Muut nimet
Libelits
Kylät
Kaatamo, Kompero, Korpivaara, Leppälahti, Liperi, Liperinsalo, Risti, Ristinsalmi, Roukalahti, Taipale, Tutjunniemi, Vaivio
Naapuriseurakunnat
Heinävesi, Joensuu, Kiihtelysvaara, Kontiolahti, Outokumpu, Polvijärvi, Pyhäselkä, Rääkkylä, Savonranta
Papisto
Papiston palkkauksesta tehtiin väliaikainen suostumus 24.3.1777. Palkkauksesta myös keisarillisen senaatin päätökset 19.1.1838, 20.10.1850 ja 23.3.1870. Liperin kirkkoherra sai 2/3 osaa ja Kaavin kirkkoherra 1/3 osa entisestä deputaatista keisarillisen senaatin päätöksellä 20.3.1812. Kirkkoherran deputaatti 9,45 hehtolitraaviljaa ja 30 markkaa 70 penniä peräytettiin keisarillisen senaatin päätöksellä 8.11.1892.
Kirkkoherrat
1632 Martinus
1632–1645 Georgius Georgii
1650–1670 Laurentius Henrici Bergh
1671– Samuel Cargianus
1681–1695 Henricus Thomas Sundius
1700–1711 Zacharias Sidensnöre
1721–1724 Georg Dannenberg
1716–1720 Anders Possenius
1726–1740 Anders Possenius
1741–1764 Peter Possenius
1768–1771 Gabriel Melartopaeus
1774–1783 Adolf Fredrik Stenfeldt
1784–1801 Henrik Montin
1805–1808 Henrik Vinter
1811–1831 Nils Johan Perander
1834–1870 Anders Josef Europæus
1873–1900 Alexander Ferdinand Åkerblom
1901–1915 Salomon Manninen
1917–1924 Matti Laitinen
1926–1941 Niilo A. Huttunen
Kappalaiset
–1670 Samuel Gargianus
1670–1690 Georg H. Schyttenius
1712–1715 Anders Possenius
1721–1725 Anders Possenius
1716–1720 Matthias Pardanus
1725–1749 Mårten Lång
1749–1787 Henrik Alopæus
1789–1805 Peter Possenius
1806–1813 Stefan Björnholm
1815–1820 Johan Fredrik Kekoni
1822–1836 Anders Johan Kiljander
1839–1875 Johan Adolf Gröhn
1878–1890 Anders Samuel Kiljander
1890–1905 Antti Heikkinen
1909–1919 Hugo Anian (Mÿller) Honkamo
1920–1933 Emil Hallikainen
Ylimääräiset papit
1797–1808 Samuel Fredrik Montin, kirkkoherran apulainen, armovuoden saarnaaja
1805–1806 Johan Meklin, kirkkoherran apulainen
1806–1808 Karl Siljander, kirkkoherran apulainen
1808–1817 Matias Strömmer, armovuodensaarnaaja, kirkkoherran apulainen
1813–1814 Gustaf Varén, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja, kappalaisen viransijainen
1814–1816 Johan Mårten Strömmer, armovuoden saarnaaja
1817–1823 Henrik Renqvist, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1822–1823 Anders Kiljander, kirkkoherran apulainen
1823–1824 Lars Romell, kirkkoherran apulainen
1823–1824 Adam Rönnqvist, armovuodensaarnaaja
1824–1826 Erik Adrian Nygren, kirkkoherran apulainen
1826–1827 Adam Rönnqvist, kirkkoherran apulainen
1827–1832 Nils Gabriel Savenius, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1827–1832 Anders Ruth, kappalaisen apulainen
1832–1834 Georg Magnus Kiljander, armovuodensaarnaaja
1832–1835 Anders Henrik Reilander, kappalaisen apulainen
1834–1842 Karl Gustaf Vargentin, kirkkoherran apulainen
1836–1838 Gustaf Robert Kekoni, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1838–1839 Johan Immanuel Polén, armovuodensaarnaaja
1842–1849 Fredrik Alexander Hypén, kirkkoherran apulainen
1847–1862 Johan Julius Gröhn, kappalaisen apulainen
1849–1856 Erik Johan Eriksson, kirkkoherran apulainen
1856–1857 Johan Teodor Dahlström, kirkkoherran apulainen
1857–1858 Lars Erik Mozelli, kirkkoherran apulainen
1858–1859 Karl Alfred Veckman, kirkkoherran apulainen
1859–1866 Alexander Fritjof Aschan, kirkkoherran apulainen
1862–1866 Johan Jakob Strömmer, kappalaisen apulainen
1866–1867 Karl Karttunen, kirkkoherran apulainen
1867–1868 Henrik Edvard Schroderus, kirkkoherran apulainen
1868 Gustaf Adolf Höök, kappalaisen sijainen
1868–1869 Aron Johan Rytkönen, kirkkoherran apulainen
1868–1869 Robert Ferdinand Bergh, kappalaisen apulainen
1869–1870 Johan Pöyhönen, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra
1869–1872 Johan Henrik Ilvonen, kappalaisen apulainen, sijaiskirkkoherra
1870–1871 Karl Anders Ventin, kappalaisen apulainen
1872–1873 Aron Johan Rytkönen, sijaiskirkkoherra
1873 David Hakkarainen, kappalaisen sijainen
1873–1877 Knut Fredrik Durchman, kappalaisen sijainen, armovuodensaarnaaja
1875 Johan Henrik Ilvonen, kirkkoherran apulainen
1877–1880 Artur Olivier Blomberg, kirkkoherran apulainen
1877–1878 Juho Tanskanen, armovuodensaarnaaja
1880–1882 August Mömmö, kirkkoherran apulainen
1882 Kaarlo Huotari, kirkkoherran apulainen
1882–1884 Mikko Liukku, kirkkoherran apulainen
1884–1887 Aukusti Hakkarainen, kirkkoherran apulainen
1887–1889 Herman Salomon Kuosmanen, kirkkoherran apulainen
1889–1891 Kaarlo Matias Huovinen, kirkkoherran apulainen
1891–1893 Kaarlo August Olander, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1893–1898 Kaarle Reetrikki Sorri, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1898–1901 Frans Evert Blomberg, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1902 Iisakki Puustinen, kirkkoherran apulainen
1906 Kaarle Oskari Holppi, armovuodensaarnaaja
1907– Antti Jalmari Pulkkinen, kappalaisen viransijainen, vt. kirkkoherra
Arkisto
Liperin seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1755, tilikirjat vuodesta 1747 ja historiakirjat vuodesta 1722. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Joensuussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1669–1934.
Vuonna 1839 rakennettu ja vihitty kirkko ja sen kellotapuli paloivat ukkosen tulesta 12.6.1842, jolloin suurin osa arkistoa pelastui.
Kansallisarkisto on digitoinut Liperin seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1890-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.