Joensuun kaupunki sai privilegionsa 29.11.1848 ja kaupunginsaarnaajan palkkaamisesta päätettiin 12.3.1851. Ensimmäisen saarnaajan lähdettyä seurakunnasta tuli Liperin kaupunkiseurakunta ja edelleen Kontiolahden kaupunkiseurakunta tämän itsenäistyttyä 1874. Erotettiin Kontiolahdesta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarillisen senaatin päätöksellä 9.10.1912. Tällöin määrättiin kirkkoherran ja komministerin hoidettavaksi. Ero toteutui 1918 ja ensimmäinen kirkkoherra astui virkaansa virkaa toimittavana. Seurakuntaan liitettiin Pielisensuun seurakunta 1954 ja päätös astui voimaan 1.1.1956. Päätöksellä Pielisensuusta liitettiin Pielisjoen länsipuoliset alueet Joensuuhun ja Pielisensuu jäi toimimaan itsenäisenä Joensuun seurakuntana. Joensuun Mutalan, Rantakylän ja Yran kylät erotettiin Rantakylän seurakunnaksi 1.1.1983 ja seurakunnalla oli Pielisensuun tavoin yhteistalous Joensuun seurakunnan kanssa.
Seurakuntaan kuuluneen Utran teollisuuskeskuksen hengellinen aktiivisuus alkaen 1860-luvulta tuotti vuosisadan vaihteeseen mennessä oman kirkon ja saarnaajan. Toiminnan hiljennyttyä Utra jäi aluksi Kontiolahden seurakunnan hoitoon ja myöhemmin määrättiin muodostetun Pielisensuun seurakunnan osaksi 1912.
Maakirjakylät
Kontiolahti, Kunnasniemi, Lehmo, Liperi, Paihola, Pielisensuu, Selkie, Vaivio
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kaupunginsaarnaajan palkasta tehtiin suostumus 16.9.1860 sekä keisarillisen senaatin päätökset 15.3.1866 ja 27.5.1886. Sporttelitaksan vastikkeesta tehtiin määräys 3.11.1887. Saarnaajan palkkaan kuului myös kaksi pientä heinäpeltoa, joista sai heinät yhdelle lehmälle.
Kirkkoherrat
1920–24 Toivo Kansanaho (Kansanen)
1925–54 Anselm Pärnänen
Komministerit
1919–25 Anselm Pärnänen
1926–29 Karl Adolf Viika (Vikman)
1929–36 Arvi Gideon Koivulehto
1936–1937 Kaarlo Ilmari Teppo, vt.
1937–1967 Eelis Olavi Carolus Manninen
Kaupunginsaarnaajat
1851–66 Alexander Fredrik Alander
1866–73 Alexander Ferdinand Åkerblom
1874–79 Juho Pöyhonen
1880–1915 Niilo Johan Laamanen (Lukander)
1915–18 Anselm Pärnänen
Ylimääräiset papit
1873–74 Bror Axel Petrelius, vt. saarnaaja
1879–80 Henrik Piipponen, vt. saarnaaja
1918–19 Anselm Pärnänen, vt. kirkkoherra
1919–20 Aaro Johannes Tolsa, vt. kirkkoherra
1925–26 Reino Valdemar Soini, vt. komministeri
Arkisto
Joensuun seurakunnan rippikirjat ja historiakirjat alkavat vuodesta 1851. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Joensuussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1850–1902.
Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut Joensuun seurakunnan kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.