Perustettiin Liperin rukoushuonekunnaksi sen jälkeen, kun piispa Daniel Juseniuksen tarkastusmatkalla 1737 Selkisten kulmakunnan asukkaat pyysivät saada rakentaa rukoushuoneen Kontiolahden kylään, johon piispa antoi suostumuksen. Kirkko valmistui 1739 ja vihittiin käytöön 1740. Toinen kirkko rakennettiin 1780 ja paloi juhannuksen vastaisena yönä 1789. Kysymys rukoushuonekunnan muodostamisesta kappeliksi nostettiin esiin kihlakunnanoikeudessa 24.2.1749, sen jälkeen, kun seurakunnassa oli ollut väliaikainen kappalainen 1741-1743. Muodostettiin Liperin kappeliseurakunnaksi saatuaan vakinaisen kappalaisen 1783. Erotettiin Liperistä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi kirkkoherran ja pitäjänapulaisen hoidettavaksi keisarillisella käskykirjeellä 23.7.1857. Kirkko paloi ukkosentulesta juhannuksen vastaisena yönä 24.6.1879. Kontiolahden kunta perustettiin 1873.
Seurakuntaan kuului vuonna 1848 privilegionsa saanut Joensuun kaupunki ja Utran tehdasseurakunta 1895–1904. Seurakuntaan kuulunut Polvijärven kappeli siirrettiin kuuluvaksi Liperin emäseurakuntaan 1856 ja erotettiin myöhemmin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1870. Seurakunnasta erotettiin Pielisensuun kirkkoherrakunta 1915 ja Joensuun seurakunta 1918.
Muut nimet
Kondiolaks, Kondiolax
Kylät
Jakokoski, Kontiolahti, Kunnasniemi, Lehmo, Mönni, Paihola, Puso, Selkie
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kappalaisen palkasta tehtiin suostumus 4.2.1776 ja Sipro Karttusen tila ostettiin kappalaisen virkataloksi. Palkata määrättiin keisarillisen senaatin päätöksellä 30.4.1858. Kirkkoherran deputaatti 3,51 hehtolitraa viljaa ja 13 markkaa 60 penniä peräytettiin keisarillisen senaatin päätöksellä 8.11.1892.
Kirkkoherrat
1874–1889 Klas Erik Järnefelt
1892– Henrik Piipponen
Kappalaiset
1743–1783 Henrik Alopæus
1783–1798 Johan Fredrik Oxeman
1799–1824 Mikael Forstén
1825–1835 Klas Anders Lindblad
1838–1846 Bengt Mårten Stenius
1850–1856 Mårten Henrik Fabritius, virka lakkautettiin
Pitäjänapulaiset
1859–1870 Johan Jakob Strömmer
1873–1887 Aron Johan Rytkönen
1887–1895 Eero Hyvärinen, ensin vt. pitäjänapulainen
1896–1909 Gustaf Verner Törnvall
1910– Pekka Hyttinen, nimitettiin virkaan 1907
Ylimääräiset papit
1824 Anders Johan Venell, kappalaisen apulainen
1824–1825 Adam Rönnqvist, armovuodensaarnaaja
1835–1838 Johan Adolf Petander, vt. kappalainen
1846 Johan Jakob Strömmer, kappalaisen sijainen
1846–1847 Karl Liljeqvist, virkavuosisaarnaaja
1847–1850 Johan Gottlieb Mikander, armovuodensaarnaaja
1856–1859 Karl Axel Vegelius, välisaarnaaja
1862–1866 Johan Julius Gröhn, vt. pitäjänapulainen
1869–1871 Robert Ferdinand Bergh, virka– ja armovuodensaarnaaja
1871–1872 Aron Johan Rytkönen, armovuodensaarnaaja
1872 Bror Axel Petrelius, armovuodensaarnaaja
1872–1873 David Hakkarainen, armovuodensaarnaaja
1889 Frans Petter Vuornos, vt. pitäjänapulainen
1889–1892 Klas Filip Järnefelt, kirkkoherran apulainen, virka- ja armovuodensaarnaaja
1895–1905 Paavo Antti Moberg, vt. kirkkoherra ja pitäjänapulainen, kirkkoherran apulainen
1909–1910 Taavetti Kapiainen, vt. pitäjänapulainen
Arkisto
Kontiolahden seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1781, tilikirjat vuodesta 1829 ja historiakirjat vuodesta 1784. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Joensuussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1700–1960.
Kansallisarkisto on digitoinut Kontiolahden seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1870-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.