Perustettiin Pielisjärven ja Nurmeksen seurakuntien osista rukoushuonekunnaksi 1741, jolloin Juuan kylän asukkaat saivat luvan rakentaa itselleen rukoushuoneen. Rukoushuone valmistui 1748 ja Pielisjärven sekä Nurmeksen seurakuntien papit pitivät siellä jumalanpalveluksia. Muodostettiin Pielisjärven emäseurakunnan kappeliksi 1772, jolloin 3/4 osaa siitä jäi kuulumaan Pielisjärven ja 1/4 osa Nurmeksen seurakuntaan. Määrättiin erotettavaksi Pielisjärvestä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarillisella käskykirjeellä 26.5.1851. Ero toteutui 1873. Seurakuntaan siirrettiin Nurmeksen kyliä kirkkoherran ja pitäjänapulaisen hoidettavaksi keisarillisella käskykirjeellä 7.5.1856. Seurakunnan pappila syttyi tuleen 9.1.1926 mutta palo saatiin tukahdutetuksi alkuunsa. Juuan kunta perustettiin 1868.
Muut nimet
Juga
Maakirjakylät
Ahmovaara, Halivaara, Hattusaari, Juuka, Järvenpohja, Kajoo, Larinsaari, Nunnalahti, Paalasmaa, Petrovaara, Polvela, Puso, Raholanvaara, Timovaara, Vaikko, Vuokko
Naapuriseurakunnat
Papisto
Pielisjärven ja myöhemmin myös Nurmeksen kirkkoherra määrättiin palkkaamaan Juuassa asuva virallinen apulainen keisarillisella käskykirjeellä 18.3.1833. Papiston palkasta tehtiin suostumus 2.9.1849. Pitäjänapulaisen virkatalo lohkaistiin pappilan 1/6 osasta.
Kirkkoherrat
1880–1887 Verner Vilhelm Vilskman
1891–1898 Johan Fredrik Lindbäck
1903–1911 Johan Fredrik Helmann
1912–1922 Selim Gerhard Sarvilinna
1923– Frans Jalmari Tela
Kappalaiset
1772–1791 Gustaf Lindblad
1792–1799 Gabriel Lagus
1800–1812 Jakob Abraham Strömmer
1814–1836 Stefan Igoni
1839–1844 Gustaf Adam Bergh
1848–1869 August Vilhelm Krogerus, virka lakkautettiin
Pitäjänapulaiset
1875–1891 Johan Henrik Ilvonen
1892–1905 Frans Ferninand Alcenius
1906–1912 Paavo Antti Moberg
1916–1922 A. J. Pulkkinen
1923–1927 Väinö Ilmari Suominen
1927–1937 Yrjö Nikolai Häyrynen
1937–1941 Lauri Antero Niiranen
Apupapit ja armovuodensaarnaajat
1800 Karl Fredrik Linde, armovuoden saarnaaja
1800–1801 Henrik Tarén, armovuoden saarnaaja
1801–1802 Anders Ambrosius Rosberg, armovuoden saarnaaja
1832–1841 August Vilhelm Krogerus, kirkkoherran apulainen
1836–1839 Olof Nevander, armovuoden saarnaaja
1841–1842 Henrik Konstantin Corander, kirkkoherran apulainen
1842–1843 Johan Fredrik Niloni, kirkkoherran apulainen
1843–1845 August Vilhelm Krogerus, kirkkoherran apulainen
1843–1845 Johan Henrik Lagus, kappalaisen apulainen, virkavuodensaarnaaja
1845–1848 Johan Henrik Lagus, kirkkoherran apulainen, virkavuodensaarnaaja
1845–1846 Gustaf Mauritz Lundeqvist, armovuoden saarnaaja
1846–1848 Klas Veisell, armovuoden saarnaaja
1848 Johan Jakob Strömmer, kirkkoherran apulainen,
1848–1855 Jonas Gabriel Grahn, kirkkoherran apulainen,
1856–1857 Knut Gustaf Reinhold Blåfield, kirkkoherran apulainen,
1857–1858 Mikael Adolf Pelkonen, vt. kappalainen, kirkkoherran apulainen
1858–1860 Peter Jakob Igoni, kirkkoherran apulainen,
1862 Nils August Berghäll, kirkkoherran apulainen,
1862–1867 Samuel Porhan, kirkkoherran apulainen,
1869–1872 Adolf Mehtonen, kirkkoherran apulainen, vt. kappalainen
1872–1874 Johan Pöyhönen, kirkkoherran apulainen,
1883–1892 Tahvo Puhakka, kirkkoherran apulainen, vt. pitäjänapulainen
1907 Onni Oskari Hämäläinen, kirkkoherran apulainen
Ylimääräiset papit
1813–1814 Johan Mårten Strömmer, välisaarnaaja
1849–1862 Nils Gabriel Arppe, papiston apulainen, persoonallinen pitäjänapulainen
1874–1875 Karl Alexander Pfaler, vt. kappalainen
1898–1899 Antero Juhana Räty, vt. kirkkoherra
1901 Robert Ylönen, vt. kirkkoherra
1903–1904 Otto Aleksander Louhelainen, vt. kirkkoherra, vt. pitäjänapulainen
1905–1906 Paavo Antti Moberg, vt. pitäjänapulainen, vt. kirkkoherra
1912–1916 Kalle Adolf Vikman, vt. pitäjänapulainen
1922–1923 Risto Rosengren, vt. pitäjänapulainen
Arkisto
Juuan seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1773, tilikirjat vuodesta 1772 ja historiakirjat vuodesta 1773. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Joensuussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1754–1973.
Kansallisarkisto on digitoinut Juuan seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1870-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.