Yksi Hämeen vanhimmista seurakunnista, joka lienee perustettu 1200-luvulla. Varhaisimpina aikoina seurakunta maksoi Turun piispalle veroa neljä tai kolme oravannahkaa savulta. Seurakunnan asukkaat kieltäytyivät maksamasta piispanveroa 1329 ja riita kirkollisista maksuista alkoi 1335. Riidan kestäessä seurakunta oli jonkin aikaa pannaan julistettuna. Kirkkoa, Johanneksen nimikkoa, laajennettiin 1782, jolloin rakennettiin sakaristo. Kirkon lattia ja penkit korjattiin 1795. Saarnastuolin muuttamisesta toiseen paikkaan syntyi pitkä riita, jonka kuningas ratkaisi 7.8.1797. Kirkko korjattiin perusteellisesti 1882–1883. Hauhon kunta perustettiin 1868 ja liitettiin Hämeenlinnan kaupunkiin 2009.
Tuuloksen entinen emäseurakunta muodostettiin Hauhon kappeliksi noin 1540 ja erotettiin itsenäiseksi seurakunnaksi 1882. Seurakuntaan kuulunut Luopioinen perustettiin saarnahuonekunnaksi 1682, muodostettiin kappeliksi 1693 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1880.
Maakirjakylät
Aikkola, Ajoranta, Alvettula, Apoo, Eteläinen, Hahkiala, Hakkala, Hankala, Heinäkangas, Hyvikkälä, Hyömäki, Ilmoila, Joki (Jokiainen), Juntula, Kalaila, Karviala, Kaukkala, Kelkkanen, Keso, Kirkonkylä, Kokkala, Kokkila, Kukkola, Kyttälä, Lautsia, Lehdesmäki, Lehtelä, Matkantaka, Miehoila, Mustila, Okerla, Pappila, Porras, Porsoo, Puutikkala, Rukkoila, Saha, Sappee, Sotjala, Torvoila, Tuittula, Tuulimylly, Uusikylä, Vihavuori, Villantila, Vitsiälä, Vuolijoki
Naapuriseurakunnat
Papisto
Hautausmaan muuttamisesta keisarillisen senaatin päätöksessä 5.6.1847. Kirkkopihan laajuus määrättiin maanjako-oikeuden tuomiolla 31.8.1797. Luopioisten kappeli vapautettiin emäseurakunnan kirkon rakentamisvelvollisuudesta pitäjänkokouksessa 24.8.1783. Kirkkoherran saarnavuorosta kappelissa keisarillisen senaatin päätös 22.2.1821. Papiston palkasta tehtiin suostumus 11.2.1729 ja vahvistukset 28.3.1732 ja 4.12.1734, hovioikeuden päätös 3.6.1785 sekä keisarillisen senaatin päätös 28.1.1864. Lehtorin leski Aurora Danet lahjoitti koulumestarin palkkaamista varten 2 157 ruplaa hopeassa testamentillaan 31.7.1838. Tämä rahasto oli Hämeen läänin kuvernöörin ja kirkkoherran hoidettavana.
Kirkkoherrat
1329–1333 Martinus
1335 Henricus
1469 Jöns Svarte
1483 Oleff (Olavi)
1550–1578 Severiinus Juusten
1578–1580 Mårten Henriksson Winter
1581–1614 Tuomas Laurentius Tammelensis
1632–1640 Laurentius Andræ Herkepaeus
1643–1666 Andreas Kristophori Herkepaeus
1668–1690 Kristoffer Andreae Herkepaeus
1692–1709 Johannes Gåsman
1711–1723 Matias Martinius
1723–1767 Martinus Martinius
1769–1778 Johannes Johansson Nohrmark
1780–1803 Peder Bonsdorff
1805–1818 Ivar Vallenius
1821–1823 Gustaf Lorenz Zetterman
1827–1833 Jakob Johan Björksten
1837–1851 Karl Elias Alopaeus
1854–1868 Adolf Fredrik Siren
1872–1887 Johan August Lindelöf
1888–1902 Johan Fredrik Lahtonen
1905–1909 Alfred Elieser Backman
1912–1920 Henrik Gabriel Outinen
1921–1945 Vilhelm Palmroth
1947–1952 Jaakko Oskari Markkola
Kappalaiset
1560–1562 Eskil
1590 Thomas Henrici
1591– Canutus Pauli
1614 Kristofer Anderson
1616–1636 Daniel Abrahami
1639 Mathias
1653–1674 Martinus Petri Lyra
1675–1693 Ericus Herkepaeus
1694–1704 Andreas Herkepaeus
1704 Daniel Kyhl (Kijhl), nimitettiin virkaan, mutta ei hyväksytty
1705–1737 Salomon Stichaeus
1738–1764 Henrik Levanus
1766–1785 Johannes Grahn
1785–1810 Johan Kristian Grahn
1811–1819 Emanuel Walden
1820–1824 Karl Isak Wallenius
1825–1839 Fredrik August Grahn
1840–1850 Daniel Kristian Hirn
1851–1865 Johan Filip Danielson
1865–1888 August Alen (Allen)
1890–1894 Ernesti Johan Konstantin Luona
1895–1912 Henrik Gabriel Outinen
1912–1913 Toivo Kansanaho (Kansanen)
1914–1919 Johan Ferdinand Ristikankare
1919–1939 Kaarlo Armo von Essen
1939–1954 Veikko Sakari Kantola
Ylimääräiset papit
1655–1666 Christoffer Andreae Herkepaeus
1676–1682 Johannes Herkepaeus
1738 Wredfors
1757–1758 Israel Cajander
1760 Adam Levanus
1768–1784 Erkki Ferrin
1785–1798 Karl Grönholm
1796 Karl Henrik Enckell
1798–1804 Karl Fredrik Grahn
1800–1806 Erik Johan Vestlin
1806–1813 Frans Fredrik Petersen
1807–1808 Erik Johan Flinkman
1810–1811 Johan Arnell
1813–1823 Erik Johan Flinkman
1819–1821 David Emanuel Kriander
1819–1820 Erik Vilhelm Vinter
1823–1824 Karl Aspegren
1824–1825 Fredrik August Grahn
1824–1825 Lars Filip Palander
1825–1827 David Arenius
1827–1830 Johan Hymander
1830–1831 August Blomqvist
1831–1833 Johan Forsberg
1834–1835 Georg Magnus Kiljander
1835–1840 Daniel Kristian Hirn
1837–1838 Robert Immanuel Vallenius
1838–1840 Johan Adolf Petander
1840–1841 Klas Veisel
1842 David Johan Aspelund
1842–1845 Sakarias Lille
1845–1846 Johan Adolf Alopaeus
1846 Per August Cygnaeus
1846–1847 Erik Ekelund
1847–1849 Paul Urbin
1849 Adam Sallmen
1849–1865 August Allen
1850–1851 Georg Krogius
1865–1868 Karl Johan Cederblad
1868–1871 Mats Fredrik Kotilainen
1871–1872 Teodor Titus Tornell
1880–1885 Erik Johan Karanen
1885–1887 Johannes Smolander
1887–1888 Henrik Johan Pastinen
1888–1889 Konstantin Kalke
1889–1890 Sakari Hämäläinen
1894–1895 Ludvig Nikander (Närvi)
1901–1903 Edvard Emil Elenius
1903–1905 Alfred Elieser Backman
1909– Antti William Valanne, kirkkoherran virassa armovuodensaarnaaja
1920 V. Ilmari Suominen
1943 Paavo Rafael Päivänsalo
1945–1946 Eino Jalmari Marttala
Arkisto
Hauhon seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1722, tilikirjat vuodesta 1690 ja historiakirjat vuodesta 1690. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Hämeenlinnassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1652–1929.
Seurakunnan pappila ja osa arkistoa paloi isonvihan aikana joko 1713 tai 1722. Herkepaeuksen vuonna 1756 julkaiseman pitäjänkertomuksen mukaan venäläiset polttivat kirkonmäellä kirkonkirjat ja muut vanhat todistuskappaleet.
Kansallisarkisto on digitoinut Hauhon seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.