Mainitaan itsenäisenä kirkkoherrakuntana ja pitäjänä ainakin jo 1329, mutta seurakunta lienee perustettu jo 1200-luvun puolella. Vanajan itäosa mainitaan Mälskälän nimellä ainakin 1329–1545. Seurakunta mainitaan kuninkaallisena 1352 ja vielä 1520-luvulla, jonka jälkeen Harvialan ja Kantolan kartanoilla oli patronaattioikeus, kunnes seurakunnan selitettiin olevan kuninkaallinen kuninkaan kirjeessä 24.7.1693. Seurakunnan katsottiin olevan konsistoriaalinen valtaneuvostossa 6.7.1722 ja asia päätettiin viedä valtiopäivien päätettäväksi, mutta asiaa ei otettu käsiteltäväksi ja seurakunta katsottiin vastedes konsistoriaaliseksi. Vanaja liitettiin kappelina kuuluvaksi Hämeenlinnan emäseurakuntaan kuninkaan päätöksellä 25.1.1803, ja tätä seurakuntaa alettiin kutsumaan Hämeenlinnan ja Vanajan seurakunnaksi, kun Renko liitettiin kappelina Hämeenlinnan emäseurakuntaan kuuluvaksi 1812. kuuluvaksi Seurakunnan kirkkoa korjattiin 1869 ja 1886. Seurakuntaan kuuluut Kronoborg eli Hämeen linna siirrettiin Hämeenlinnan kaupunkiin kuuluvaksi keisarillisella käskykirjeellä 12.8.1896. Erotettiin Hämeenlinnasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1904 ja ero toteutui 1926. Vanajan kunta perustettiin 1868 ja liitettiin Hämeenlinnan kaupunkiin 1968.
Muut nimet
Vånå, Mäskälä
Kylät
Hangasmäki, Hattelmala, Heinäjoki, Idänpää, Ikaaloinen, Kankaantaka, Kankainen, Kiri, Koljala, Kontuvuori, Laasela, Luolaja, Miemala, Rastila, Syrjä
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kappalaisen virkatalo, entinen Josef Ryssin autiotila, annettiin Suomen kenraalikuvernööri, kreivi Per Brahen kirjeellä 27.8.1651. Seurakunnalla oli Rengon kanssa yhteinen pitäjänapulainen vuodesta 1773, kunnes virka muuutettiin Hämeenlinnan kappalaisen viraksi kuninkaan päätöksellä 23.6.1800. Kappalaisen palkankorotuksesta keisairllisen senaatin päätös 17.1.1863. Kirkkoherran virkatalosta luovutetun maan korvaamisesta keisarillisen senaatin päätös 24.2.1863. Kappalaisen virkatalo paloi 1882.
Kirkkoherrat
1554 Olof
1560–1572 Henrik P.
1571–1574 Erik Benedicti
1575–1594 Olaus Martini Croock
1600 Jacob
1603–1606 Ericus Michaelis
1606–1636 Michael Bartholdi Gunnærus
1643–1658 Samuel Gunnærus, vt. 1638
1740–1762 Thomas Pacchalenius
1763–1765 Johan Welin
1767–1776 Karl Gustaf Leistenius
1777–1778 Johan Jusselius
1779–1793 Erik Johan Levan
1793–1800 Gabriel Palander, virka lakkautettu.
Kappalaiset
1560 Olaus
1578–1582 Jöran Henrici
1593 Jacobus Simonis
1604 Johannes Jacobi
1612–1617 Johannes Nicolai
1625 Jacob
1627–1635 Ericus Henrici
1722–1738 Isak Pacchalenius
1738–1740 Thomas Pacchalenius
1741–1749 Thomas Manstenius
1750–1772 Simon Ramstadius
1774–1793 Gabriel Palander
1795–1823 Karl Gustaf Sanmark
1825–1831 Karl Gustaf Pihl
1834–1840 Johan Peter Carlstedt
1840–1862 Erik Wilhelm Rangelius
1864–1872 Viktor August Konsin
1874–1876 Teodor Titus Timoteus Tornell
1891–1906 Frans Josef Bergh, virka lakkautettiin 1904
Ylimääräiset papit
1749– Simon Gustaf Möllenberg, vt. kirkkoherra
1771– Karl Enckell, kirkkoherran apulainen
1794–1801 Johan Henrik Leván, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1801–1812 Kristian Enqvist, armovuodensaarnaaja, kirkkoherran apulainen
1812–1814 Josef Tallgren, välisaarnaaja
1815–1817 Karl Fredrik Mennander, kirkkoherran apulainen
1820–1827 Erik Vallenborg, armovuodensaarnaaja ja vt. kirkkoherra, kirkkoherran apulainen
1823–1824 Berndt Erik Holmberg, kappalaisen virassa virkavuodensaarnaaja
1827–1834 Johan Peter Carlsdtedt, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1831–1832 Jakob Efraim Hagelberg, kappalaisen virassa virka– ja armovuodensaarnaaja
1832 Henrik Linderoos, armovuodensaarnaaja
1834–1835 Karl Edvard Palander, kirkkoherran apulainen
1840 Erik Wilhelm Rangelius, välisaarnaaja
1842–1846 Gustaf Wilhelm Malmström, kirkkoherran apulainen
1860–1864 Frans Frithiof Colerus, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1865–1866 Gustaf Höglund, kirkkoherran apulainen
1872–1873 Erik Rautell, vt. kappalainen
1878–1882 August Edvard Helin, vt. kappalainen
1882–1890 Kaarlo Adrian Candolin, vt. kappalainen
1887–1893 Edvard Eliel Lundell, vt. kappalainen
1905 Martti Matias Hellevuori e Hellsten, vt. kappalainen
1908–1909 Karl Kristfrid Sarlin, vt. kappalainen
1909– Robert Leonard Hernberg, vt. kappalainen
Arkisto
Vanajan seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1703, tilikirjat vuodesta 1670 ja historiakirjat vuodesta 1662. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Hämeenlinnassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1598–1884.
Kansallisarkisto on digitoinut Vanajan seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.