Mainitaan yhtenä Ilomantsin pogostan kylänä 1500 ja ortodoksisen seurakunnan kappelin 15789, jolloin se käsitti myöhemmät Tohmajärven ja Korpiselän pitäjät sekä osian Ilmomantsia, Kiteen ja Kiihtelysvaaran pitähistä. Stolpovan rauhan jälkeen Tohmajärvestä muodostui luterilainen seurakunta, joka kuului Kiteeseen, paitsi Hammaslahti Liperiin. Tosin pitäjässä asui ortodoksinen pappi vielä 1640-luvun alussa. Itsenäiseksi luterilaiseksi seurakunnaksi noin 1650. Venäläiset ryöstivät kirkkoa ja polttivat pappilan isonvihan aikana 1709 ja uudelleen 1742. Uusi kirkko rakennettiin 1751 ja vihittiin käyttöön 4.4.1756, jolloin sitä kutsutaan Kustavin kirkoksi. Tohmajärven kunta perustettiin 1869.
Uudenkaupungin rauhan jälkeen Pälkjärven Ruotsin puolelle jäänyt osa liitettiin Tohmajärven kappeliksi 1727, joka erotettiin sittemmin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1794. Seurakuntaan kuulunut Kiihtelysvaara muodostettiin kappeliksi 1783 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1857. Seurakuntaan kuulunut Värtsilän tehdasseurakunta muodostettiin 1865 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1904. Tohmajärven ja Värtsilän seurakunnat yhdistyivät 2003. Värtsilän kunta liitettiin Tohmajärveen 2005.
Kylät
Akkala, Järventaus, Jouhkola, Kantosyrjä, Kaurila (Kaurilanvaara), Kemie, Kutsu (Kutsunvaara), Onkamo, Patsola, Peikonniemi, Petravaara, Riikola, Saario, Vatala
Naapuriseurakunnat
Papisto
Päivätöistä seurakunnassa ja muualla Pohjois-Karjalassa kuninkaan päätös 14.7.1741. Toisen kappalaisen virkatalo Eerola hankittiin 1757 ja myytiin 16 riikintaalerilla 32 killingillä sitten kun kappalainen muutettiin Kiihtelysvaaraan 1783. Papiston palkasta kihlakunnanoikeuden pöytäkirja 28.10.1766. Kirkkoherra velvoitettiin palkkaamaan apulainen kappelia varten keisarin käskykirjeellä 12.11.1838. Kirkkoherran palkka vahvistettiin keisarin käskykirjeellä 14.12.1839. Suostumus kirkkoherran palkasta kirkonkokouksen pöytäkirjassa 23.9.1849 ja keisarillisen senaatin päätös 9.3.1882. Kirkkoherran deputaatti 19,78 hehtolitraa viljaa ja 76 markkaa 80 penniä peräytettiin keisarillisen senaatin päätöksellä 8.11.1892.
Kirkkoherrat
1653–1658 Johan Brobeck
1661 Johan Glummerus
1681–1683 Klemens Toliander
1685–1725 Johan Sylvester
1725–1734 Johan Wittstock
1735–1741 Johan Kyander
1743–1745 Arvid Thoranius
1743–1755 Aaron Molander
1758–1766 Johan Fabritius
1768–1793 Samuel Norrgren
1794–1798 Jakob Alopaeus
1805–1838 Per Vallenius
1841–1893 Erik Johan Andelin
1895–1908 Johan Antero Cederberg
1909–1914 Teofil Gideon Warén
1916–1938 Kosti Kalke
Kappalaiset, ensimmäinen sarja
1679–1682 Johan Matthiasson
1683–1688 Erik Wilckius
1688–1703 Erik Wilckins (Wilcky), sama kuin edellinen?
1705–1730 Anders Eriksson Cajanus
1731–1743 Axel Argillander
1757–1794 Jakob Alopaeus
1795–1817 Johan Fabritius
1820–1826 Simon Vehonius
1828–1837 Karl Frederik Calonius
1841–1875 Erik Adrian Nygren
1877–1886 Axel Fredrik Hahl
1886–1899 Elias Evert Roschier
1900–1906 Pekka Harald
1910–1914 Akseli Kytö
1915–1919 Kaarlo Kustaa Heikkilä
1919–1923 Eino Immanuel Valanne
Kappalaiset, toisen sarja
–1690 Kristian Avenarius
1694–1709 Gregorius Porthan
1719–1728 Mårten Toliander
1727–1731 Israel Castelius
1734–1756 Johan Wegelius
–1783 Johan Argillander, siirtyi Kiihtelysvaaraan
Apupapit ja armovuodensaarnaajat
1801–1805 Gustaf Varén, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1802–1803 Gustaf Fredrik Hjerppe, kappalaisen apulainen
1803–1805 Anders Johan Holmstén, kappalaisen apulainen
1805–1813 Simon Vehonius, kappalaisen apulainen
1809 Karl Siljander, kappalaisen apulainen
1812–1821 Per Magnus Löfving, kappalaisen apulainen
1813–1814 Stefan Igoni, kappalaisen apulainen
1818–1820 Nils Aschan, armovuodensaarnaaja
1821–1822 Anders Kiljander, kirkkoherran apulainen
1822–1825 Karl Gustaf Roschier, kirkkoherran apulainen
1825–1828 Efraim Hollmén, kirkkoherran apulainen
1825–1826 Johan Nylund, kappalaisen apulainen
1826–1827 Johan Johansson, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1827–1834 Henrik Jonatan Melartin, kappalaisen apulainen, kirkkoherran apulainen
1835–1841 Jonas Gabriel Grahn, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra
1838–1839 Henrik Konstantin Corander, virka- ja armovuodensaarnaaja
1839–1840 Gustaf Mauritz Lundeqvist, armovuodensaarnaaja
1839–1841 Erik Adrian Nygren, sijaiskirkkoherra
1843–1846 Lars August Blom, kirkkoherran apulainen
1847 Johan Molander, kirkkoherran apulainen
1847 Karl Edvard Aspelund, kirkkoherran apulainen
1847–1855 Karl Henrik Oskar Molander, kirkkoherran apulainen
1855–1860 Karl Fritjof Calonius, kirkkoherran apulainen
1860 Henrik Gustaf Teodor Brofeldt, kirkkoherran apulainen
1860 Karl Alfred Veckman, kirkkoherran apulainen
1860–1862 Anders August Krank, kirkkoherran apulainen
1863–1867 Fredrik Forsman, kirkkoherran apulainen
1873–1874 Nils Henrik Bergh, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra
1874–1875 Johan Jakob Nordlund, sijaiskirkkoherra, virkav.saarnaaja
1875–1877 Henrik Puhakka, armovuodensaarnaaja, sijaiskirkkoherra
1880–1884 Oskar Vilhelm Snellman, kirkkoherran apulainen
1884–1886 Konstantin Lyytikäinen, kirkkoherran apulainen
1886–1888 Emil David Åström, kirkkoherran apulainen
1888–1891 Juho Heikki Ihalainen, kirkkoherran apulainen
1892 Anshelm Bernhard Caselius, kirkkoherran apulainen
1893–1895 Erik Johan Valdemar Ekroth, sijaiskirkkoherra
1906–1907 Henrik Tanner, vt. kappalainen ja virka- ja armovuodensaarnaaja
1907–1909 Pekka Hyttinen, vt. kappalainen ja virka- ja armovuodensaarnaaja, vt. kirkkoherra
1908 Kustaa Nestori Korpela, vt. kirkkoherra ja kappalainen, armovuodensaarnaaja
1908 Juho Edvard Niemi, vt. kappalainen, armovuodensaarnaaja
1909 Anselm Pärnänen, vt. kirkkoherra, välisaarnaaja
1909 Pekka Oskari Anttinen, vt. kappalainen, armovuodensaarnaaja
1909–1910 Akseli Kytö, vt. kappalainen, armovuodensaarnaaja
Arkisto
Tohmajärven seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1733, tilikirjat vuodesta 1686 ja historiakirjat vuodesta 1726. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Joensuussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1644–1958.
Kansallisarkisto on digitoinut Tohmajärven seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1870-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.