Värtsilän kylä mainitaan jo 1500, jolloin se kuului Sortavalan pogostan Lahden perevaaraan. Tohmajärven emäseurakuntaan kuuluneen ja vuonna 1850 privilegionsa saaneen Värtsilän rautatehtaan väestöstä ja aluskunnasta muodostettiin tehdasseurakunta keisarillisen senaatin päätöksellä 8.12.1865, joka sai oman kirkon ja saarnaajan 1867. Tehdasseurakunta lisättynä muutamilla naapurikylillä määrättiin eroamaan emäseurakunnasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarillisen senaatin päätöksellä 1904, mikä viimeksi mainittuihin osiin nähden toteutui 1.5.1909. Tosin Pälkjärven Jänisjärven itäpuoli liitettiin Värtsilään vasta 1936. Värtsilän kunta perustettiin 1920. Värtsilän ja Tohmajärven seurakunnat yhdistiyvät 2003. Värtsilän kunta liitettiin Tohmajärveen 2005.
Kylät
Juvanjoenkylä, Kakunkylä (Kakunvaara), Kaustajärvi, Kenraalinkylä, Patsola, Uusikylä, Värtsilä
Naapuriseurakunnat
Papisto
Tehtaan omistaja kutsui saarnaajan virkaan ja saarnaaja toimi samalla opettajana tehtaan kansakoulussa. Saarnaajan palkka, joka oli noin puoleksi tehdasseurakunnan asukkaiden maksettava, oli 1600 markkaa sekä vapaat huoneet ja puut keisarillisen käskykirjeen 8.12.1865 mukaisesti.
Kirkkoherrat
1909–1938 Karl Julius Karsten
Saarnaajat
1867–1878 Johannes Sahlman, saarnaaja
1878–1909 Karl Julius Karsten, virka lakkautettiin 1904
Arkisto
Värtsilän seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1867, tilikirjat vuodesta 1867 ja historiakirjat vuodesta 1838. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Joensuussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1838–1944.
Kansallisarkisto on digitoinut Värtsilän seurakunnan kirkonkirjoja ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa.