Perustettiin itsenäiseksi seurakunnaksi nähtävästi 1250-luvulla, mainitaan myöhemmin Porvoon emäseurakunnan kappelin ainakin 1340–1359 ja muodostettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1362, jolloin seurakunta oli oman kirkkoherran hoidettavana. Viimeksi mainitusta huolimatta seurakunta mainitaan Porvoon kappelina vielä 1369–1399. Seurakunta oli Lammin seurakunnan asemasta Porvoon piispan anneksina 1812–1867, johon liittyen annettiin keisarin käskykirjeet 9.3.1810 ja 10.1.1865. Siirrettiin kuulumaan perustettuun Porvoon hiippakuntaan uudessa hiippakuntajaossa 14.7.1923. Pernajan kunta liitettiin Loviisan kaupunkiin 2010.
Seurakunnan Pyhän Mikaelin kirkko rakennettiin luultavasti 1400-luvun loppupuolella. Seurakunnan pappila paloi 1562 ja 1708. Kirkon omaisuutta ryöstettiin 1713. Kirkon kellokastari rakennettiin 1563. Suomalainen kirkko rakennettiin 1689, myytiin tuomikapitulin 27.10.1841 antamalla luvalla 18.12.1841 ja purettiin pian tämän jälkeen. Seurakunnassa oli pedagogi eli oppilaitos 1675–1876 ja lastenkoulu asetettin Tervikin kartanoon 1763.
Seurakuntaan kuuluneista kappeleista Pyhtää erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1413, Lapinjärvi 1575 ja Myrskylä 1636. Loviisa muodostettiin kappeliseurakunnaksi 1748 ja erotettiin lopulta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1864. Liljedal perustettiin kappeliksi 1791 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1917. Seurakuntaan lienee kuulunut myös Mertilahden kappeli, joka mainitaan 1500-luvulla. Seurakuntaan kuului vielä 1900-luvun alussa myös kreivi Lorentz Creutzin perustamalle ruukille syntynyt Forsbyn eli Koskenkylän tehdasseurakunta, jolla oli oma saarnaaja vuosina 1691–1826 sekä oma kirkko, joka purettiin käyttämättömänä 1862.
Muut nimet
Perna, Pernå
Kylät
Antinkylä, Bagarböle, Baggböle, Baggnäs, Bergby, Blybergs, Böle, Erlandsböle, Fantsnäs, Fasarby, Koskenkylä, Vanhakylä, Garpgård, Gerby, Gislarböle, Gislom, Greggböle, Grevböle, Haddom, Hartola, Härkäpää, Huomanninkylä, Hormnäs, Horsiök, Idlaks, Isnäs, Kabböle, Kärpä, Kivisalo, Köpbacka, Kukumi, Kuusankoski, Kirkonkylä, Lapinkylä, Lappnor, Näse, Pålböle, Paavalinkylä, Pernajan pappila, Pitkäpää, Haravankylä, Rike, Rosendal, Rösund, Sandvik, Särkilahti, Sarvilahti, Sarvisalo, Sjögård, Skinnarby, Strömmen, Sundarö, Hämeenkylä, Tervik, Tetom, Thorsby, Tjusterby, Tjuvö, Trännäs, Våtskär, Villmansgård
Naapuriseurakunnat
Papisto
Seurakunnassa oli yksi kappalainen 1566–1619, kaksi kappalaista 1619–1719 ja uudelleen yksi vuodesta 1791. Toinen kappalainen siirrettiin Liljendaliin 1794. Ingas- eli Helgas-niminen vanha kappalaisen virkatalo olisi keisarillisen senaatin päätöksen 26.6.1852 mukaan vaihdettava Pitkäpään kylän Jordas-nimiseen tilaan, mutta vanha virkatalo vaihdettiinkin Nallas-nimiseen tilaan keisarillisen senaatin päätöksellä 9.4.1853. Maakauppiaitten kirkollisista maksuista keisarillisen senaatin päätös 15.2.1872.
Kirkkoherrat
1362 Anders af Perna
1369–1381 Johan Ambjörnson Gram
1442 Laurentius Skötta (Skytte?)
1497 Cyprianus Andreae
1510–1537 Bertill
1537– Eskil Bertillsson
1550–1579 Andreas Laurentii Teyth
1586–1579 Johan Canuti Teet
1592–1619 Michael Andreae Brynthe
1618–1632 Johannes Martini Teet
1633–1640 Axel Simonsson Borgstadius
1642–1681 Zacharias Johannis Stachaeus
1681–1738 Petrus Serlachius
1740–1756 Johan Haberman
1758–1770 Benedikt Krook
1773–1785 Peter Bergh
1785–1807 Jakob Skogman
1812–1818 Magnus Jakob Alopaeus, Porvoon piispa
1819–1820 Zakarias Cygnaeus, nuorempi, Porvoon piispa
1821–1837 Johan Molander, Porvoon piispa
1838–1864 Karl Gustaf Ottelin, Porvoon piispa
1867–1881 Otto Ferdinand Hofdahl
1883–1892 Gustaf Roselius
1894–1915 Hilarius Albin Ferdinand Mikander
1918– Herman Henrik Snellman
Ensimmäiset kappalaiset
1566 Petrus Johannis
1584 Hans
1593 Johannes Laurenti
1615 Johannes Martini Teet
1617–1623 Hieronymus Johannis
1634–1641 Henrik
1642–1678 Johan Nicolai Collinus
1680–1696 Erik Hoffman
1696–1726 Justus (Justinus, Jobst) Totilius
1727–1754 Anders Hypping (Hipping)
1755–1782 Peter Hipping
1783–1788 Henrik Hipping
1790–1819 David Hipping
1822–1827 Gustaf Ruuth
1830–1851 Johan Björkström
1854–1857 Fredrik Lindberg
1860–1883 Gustaf Roselius
1885–1902 Otto Gabriel Gardberg
1904–1927 Johan Emanuel Tuomala
Toiset kappalaiset
1619–1646 Matthias
1652–1678 Nicolaus Olai Sylvius
1679–1693 Henrik Martini (Skägg?)
1694–1712 Samuel Alvenius
1712–1741 Henrik Georgii Weckman
1742–1775 Johan Forsskåhl
1776–1791 Erik Johan Lönroth
Ylimääräiset papit
1796–1802 Johan Åström, kirkkoherran apulainen
1802–1804 Fredrik Ferdinand Sirelius, kirkkoherran apulainen
1804–1812 Gustaf Serenius, kirkkoherran apulainen, välisaarnaaja
1810–1811 David Hipping (nuor.), kappalaisen apulainen
1812 Anders Johan Hipping, kappalaisen apulainen
1812–1824 Abraham Mollerus, sijaiskirkkoherra
1815–1818 Gustaf Ruuth, kappalaisen apulainen
1818–1821 Gustaf Gräsbeck, kappalaisen apulainen, vt. kappalainen
1824–1838 Karl Henrik Relander, sijaiskirkkoherra
1826–1830 Karl Anders Gestrin, kappalaisen apulainen, vt. kappalainen
1838–1839 David Sirelius, sijaiskirkkoherran apulainen, kappalaisen sijainen
1838–1867 Gustaf Roselius, sijaiskirkkoherra
1839–1846 Anton Fredrik Öhman, kappalaisen sijainen
1841–1842 Johan Granholm, sijaiskirkkoherran apulainen
1842–1854 Fredrik Lindberg, sijaiskirkkoherran apulainen, kappalaisen sijainen, vt. kappalainen
1848–1851 Israel Holmström, sijaiskirkkoherran apulainen
1851–1868 Otto Gabriel Gardberg, sijaiskirkkoherra, vt. kappalainen, välisaarnaaja
1858–1859 Akilles Sirén, sijaiskirkkoherran apulainen
1877–1878 Isak Artur Blom, kirkkoherran apulainen
1878–1880 Georg Gotthard Grönberg, kirkkoherran apulainen
1880–1882 Henrik Johan Helin, kirkkoherran apulainen
1882–1885 Otto Gabriel Gardberg, sijaiskirkkoherra, vt. kappalainen, välisaarnaaja
1886–1887 Berndt Robert Henriksson, kirkkoherran apulainen
1887–1888 Knut Axel Palmroth, kirkkoherran apulainen
1889–1894 Karl August Åberg, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1892 Anders Kristofer Kuhlman, kirkkoherran apulainen
1903–1904 Arvid Volter Ferdinand Utter, vt. kirkkoherra
1915– Thure af Björksted, armovuodensaarnaaja
Arkisto
Pernajan seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1743, tilikirjat vuodesta 1643 ja historiakirjat vuodesta 1650. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Hämeenlinnassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1643–1910.
Kansallisarkisto on digitoinut Pernajan seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.