Perustettiin Kokkolan emäseurakunnan saarnahuonekunnaksi, kun Perhon kylän asukkaat päättivät rakentaa oman kirkkorakennuksen Jängänharjulle ja saivat tekemälleen sopimukselle saarnaajan palkasta kuninkaan vahvistuksen 14.11.1780. Seurakunnan ensimmäinen kirkkorakennus valmistui 1782 ja sen ensimmäinen saarnaaja asetettiin kuninkaan päätöksellä 15.8.1783. Siirrettiin kappeliseurakuntana kuuluvaksi Vetelin emäseurakuntaan keisarin käskykirjeellä 19.9.1865. Erotettiin Vetelistä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarin käskykirjeellä 21.4.1879 ja ensimmäinen kirkkoherra astui virkaansa 1885. Salamajärvi siirrettiin kuuluvaksi seurakuntaan Kivijärven itsenäisen kirkkoherrakunnan perustamisen 1904. Perhon kunta perustettiin 1868.
Kylät
Perho, Salamajärvi
Naapuriseurakunnat
Papisto
Sopimus saarnaajan palkasta tehtiin 1780 ja se sai kuninkaan vahvistuksen 14.11.1780. Kappalaisen palkasta keisarin käskykirjeet 19.9.1865 ja 17.5.1866. Kirkkoherran virkatalosta keisarin käskykirjeet 11.10.1889 ja 11.11.1890.
Kirkkoherrat
1885–1891 Albert Ferdinant Leidenius
1892–1899 Akseli Edvard Ekroth
1900–1905 Henrik Fablan Kärki
1906–1912 Emil Oskar Ojala
1913–1927 Abel Raunio
1927–1937 Kaarle Sarvela
Kappalaiset
1867–1868 Adolf Vegelius
1872–1874 Johan Peter Silcke, virka lakkautettiin
Saarnaajat
1783–1785 Jakob Chydenius
1787–1792 Gabriel Borg
1794–1800 Samuel Reinhold Chydenius
1801–1806 Isak Hedberg
1807–1808 Elias Jeremias Fonselius
1811–1823 Tomas Calén
1824–1853 Jakob Perander
1855–1865 Emanuel Snellman, virka lakkautettiin
Ylimääräiset papit
1800–1801 Gabriel Bergenström, välisaarnaaja
1808–1811 Matias Woldstedt, vt. saarnaaja
1823–1824 Gabriel Sarlin, vt. saarnaaja
1824–1830 Johan Fredrik Rostedt, pitäjänapulaisen sijainen
1841–1842 Henrik Schwartzberg, saarnaajan apulainen
1842–1843 Johan Fredrik Reinius, saarnaajan apulainen
1843–1844 Karl Fredrik Staudinger, saarnaajan apulainen
1844–1846 Karl Ferdinand Pfaler, saarnaajan apulainen
1847–1848 Karl Fredrik Öller, saarnaajan apulainen
1848–1849 Karl Fabian Springert, saarnaajan apulainen
1849–1851 Knut Emil Sonck, saarnaajan apulainen
1851–1855 Elias Lilius, saarnaajan apulainen, armovuodensaarnaaja
1865–1866 Johan Heininen, vt. saarnaaja
1867–1869 Otto Edvard Härmälä, vt. kappalaisen apulainen
1869–1870 Karl Johan Idman, vt. kappalainen
1870–1872 Haniel Östring, vt. kappalainen
1874–1875 Eugen Nyholm, vt. kappalainen
1875–1878 Emanuel Törmälä, vt. kappalainen
1878–1879 Erik Gustaf Hasselgren, vt. kappalainen
1879–1881 Peter Anton Carlstedt, vt. kappalainen
1881–1883 Justinus Hauvonen, vt. kappalainen
1883–1885 Oskar Sakarias Holmström, vt. kappalainen, vt. kirkkoherra
1891–1892 Akseli Edvard Ekroth, vt. kirkkoherra
1899 Frans Oskar Lampola, vt. kirkkoherra
1899–1900 Aleksanteri Kulla, vt. kirkkoherra
1899–1900 Emil Oskar Ojala, vt. kirkkoherra
1900 Isak Elenius, vt. kirkkoherra
1900 Henrik Vilhelm Lindgren, vt. kirkkoherra
1905 Aleksanteri Kulla, vt. kirkkoherra
1905 Anders Theodor Vinter, vt. kirkkoherra
Arkisto
Perhon seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1784, tilikirjat vuodesta 1807 ja historiakirjat vuodesta 1784. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Vaasassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1782–1905.
Kansallisarkisto on digitoinut Perhon seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.