Perustettiin Viitasaaren emäseurakunnan rukoushuonekunnaksi, kun pitkän kirkkomatkan lyhentämiseksi luvatta rakennettu kirkkorakennus valmistui noin 1625. Kivijärvi kuului alkuaan Pälkäneen erämaahan 1554 ja Rautalammin rälssitiloihin 1615. Seurakunnassa mainitaan ensimmäinen kerran oma pappi 1639, joskin emäseurakunnan pitäjänapulainen asui seurakunnassa vasta vuodesta 1693. Uusi kirkko rakennettiin 1652 ja tässä kirkossa emäseurakunnan papisto piti jumalanpalveluksia joka viides pyhäpäivä. Seurakunnasta siirrettiin kolme tilaa kuuluvaksi Perhon emäseurakuntaan keisarin käskykirjeellä 17.6.1850.Erotettiin Viitasaaresta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarin käskykirjeellä 15.3.1858, jolloin määrättiin kirkkoherran ja hänen virka-apulaisen hoidettavaksi, ja ensimmäinen kirkkoherra astui virkaansa 1864. Kivijärven kunta perustettiin 1868.
Seurakuntaan kuulunut Salamajärven kylä liitettiin kuuluvaksi Perhon emäseurakuntaan 1858. Seurakuntaan kuulunut Kinnula perustettiin rukoushuonekunnaksi 1866 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi. Seurakunnan osia liitettiin perustettuun Kannonkosken kirkkoherrakuntaan 1919.
Naapuriseurakunnat
Papisto
Pitäjänapulaisen virka muutettiin kappalaisen viraksi 16.8.1750. Kappalaisella oli kaksinkertaiset virkavuodet kuninkaan käskykirjeen mukaan 29.8.1758. Kappalaisen palkasta suostumus 6.1.1796 ja vahvistus 18.6.1836. Seurakunnassa ei ollut pappia 1784–1800 ja Kivijärven kappelin asukkaat vapautettiin velvollisuudesta ottaa osaa Viitasaaren emäseurakunnan kappalaisen palkkaamiseen vasta 1833. Kirkkoherran palkasta keisarin käskykirjeet 15.3.1858, 10.5.1871 ja 2.11.1871.
Pitäjänapulainen astui Tenholan kruununtilan torpassa jo 1747, minkä maan kappalainen osti 1779 ja seurakunta lunasti sen kappalaiselta 111 riikintaalerin 5 killingin kauppahinnasta 13.6.1794, mihin liittyen maaherran päätöksessä 5.4.1788. Virkatalon vapauksista keisarin käskykirje 2.2.1865. Seurakunta sitoutui hankkimaan kirkkoherran virka-apulaiselle asunnon 1898.
Kirkkoherrat
1864–1866 Karl Gustaf Dahlgren
1868 Johan Verner Limón
1872–1882 Viktor August Konsin
1883–1910 Frans Peter Krank
1913–1925 Pekka Räsänen
1925–1929 Yrjö Armas Lehmusvirta
Kappalaiset
1750–1778 Wilhelm Detlof Wikman
1779–1784 Erik Lukander
1784–1800 virka täyttämättä
1801–1816 Johan Fredrik Kekoni
1816–1822 Mårten Kiljander
1823–1832 Alexander Dahlström
1823–1848 Anders Ruth
1852–1864 Karl Gustaf Dahlgren, virka lakkautettiin
Pitäjänapulaiset
1639 Matthias Bartholdi
1664–1691 Paulus Laurentii Paulinus
1697–1732 Matthias Strannius
1735–1746 Kristian Henrik Calonius
1750 Wilhelm Detlof Wikman, virka muutettiin kappalaisen viraksi 1750
Kirkkoherran viralliset apulaiset
1885–1887 Anton Jacklin
1888–1889 Artur Leopold Heideman
1890–1892 Henrik Johan Helin
1892–1893 Albin Hukkanen
1893–1896 August Hjalmar Kyyniö
1896–1897 Anders Kristofer Kuhlman
1897–1898 Karl Anton Emerik Antell
1901–1902 Kaarle Konstantin Aalto
1902–1904 Johan Emil Andelin
1905– Kaarle Konstantin Aalto
1909 Pekka Fredrik Lappalainen
Ylimääräiset papit
1822–1823 Klas Anders Lindblad, välisaarnaaja
1842 Alexander Magnus Oleander, kappalaisen apulainen
1848–1852 Gustaf Adolf Höök, kappalaisen sijainen, armovuodensaarnaaja
1864 Karl Gustaf Tötterman, kirkkoherran apulainen
1882–1883 Gustaf Adolf Vikman, vt. kirkkoherra
Arkisto
Kivijärven seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1772, tilikirjat vuodesta 1777 ja historiakirjat vuodesta 1736. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Jyväskylässä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1737–1952.
Seurakunnan historiakirjat alkavat vuodesta 1737 ja aiemmat historiakirjat lukeutuvat Viitasaaren emäseurakunnan kirkonkirjoihin, vaikka emäseurakunnan pitäjänapulainen astui seurakunnassa vuodesta 1697. Vanhimmat kommunio- eli rippikirjat tuhoutuivat Viitasaaren pappilan tulipalossa 1825.
Kansallisarkisto on digitoinut Kivijärven seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.