Perustettiin Lappajärven emäseurakunnan kappeliksi, kun Alajärven seudun asukkaat saivat kuninkaalta luvan rakentaa oman kirkon 22.2.1751, jolloin emäseurakunnan kappalaisen apulaisen määrättiin asettumaan asumaan Alajärvelle. Seurakunnan ensimmäinen kirkko rakennettiin 1751. Uuden kirkon rakentamiseen ryhdyttiin 1836, mutta se valmistui ja vihittiin käyttöön vasta 1842. Erotettiin Lappajärvestä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarin käskykirjeellä 10.10.1859 ja ero toteutui 1877, jolloin ensimmäinen kirkkoherra asui virkaansa. Seurakuntaan kuulunut Lehtimäki perustettiin kappeliksi 1859 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1904. Alajärven kunta perustettiin 1869 ja muodostettiin kaupungiksi 1986.
Kylät
Alajärvi, Höykkylä, Kaartusperä, Kirkonkylä, Korteperä, Koskenvarsi, Kurejoen keskikylä, Kurejoki, Luoma-aho, Mänkijärvi, Möksy, Paalijärvi, Pekkola, Pynttäri, Saukonperä
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kappalaisen virkataloksi lohkaistiin Kaupinniemi eli Papinkangas 1775. Isonnevan uudisviljelyksestä annettiin virkatalon haltijalle 35 vuoden verovapaus 10.5.1850.
Kirkkoherrat
1877–1904 Jonatan Johansson
1906–1917 Jonatan Gummerus
1918–1926 Feliks Lujanen
1927–1933 Abel Fabian Raunio
Kappalaiset
1764–1803 Olaus Rooth
1805–1839 Jakob Cuhlberg
1842–1863 Karl Vilhelm Hjelt, virka lakkautettiin 1876
Ylimääräiset papit
1751 Gustaf Pelander, apupappi
1753–1755 Johannes Saarman, apupappi
1756–1761 Andreas Brenmark, apupappi
1798–1805 Gabriel Sarlin, kappalaisen apulainen, välisaarnaaja
1836–1838 Anders Henrik Gummerus, kappalaisen apulainen sittemmin sijainen
1838–1840 Anders Hellén, apulainen ja välisaarnaaja
1840–1842 Johan Fredrik Reinius, välisaarnaaja
1863–1867 Johan Verner Limon, välisaarnaaja
1868–1872 Johan Helenius, vt. kappalainen
1872–1874 Adolf Krank, vt. kappalainen
1874–1876 Gustaf von Essen, vt. kappalainen, vt. kirkkoherra
1883–1886 Johan Fredrik Olin, kirkkoherran apulainen
1886–1888 Gustaf Adolf Taube, kirkkoherran apulainen
1888–1889 Aleksanteri Saarinen, kirkkoherran apulainen
1889–1895 Erik Johansson, kirkkoherran apulainen
1895–1897 Kaarlo Jooseppi Stenbäck, kirkkoherran apulainen
1897–1906 Eevertti Soini, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1904–1905 Johan Väinö Gustaf Lönnmark, sijaiskirkkoherra
1906 Aarne Kaila, kirkkoherran virallinen apulainen
1907 Erik August Isidor Eriksson, kirkkoherran virallinen apulainen
1908–1909 Kaarlo Johannes Korpitie, kirkkoherran virallinen apulainen, vt. kirkkoherra
Arkisto
Alajärven seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1694, tilikirjat vuodesta 1757 ja historiakirjat vuodesta 1754. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Vaasassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1694–1920.
Kansallisarkisto on digitoinut Alajärven seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.