Perustettiin Kokemän emäseurakunnan kappeliksi 1440-luvulla ja mainitaan sellaisena vielä 1541. Erotettiin Kokemäestä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi ja pitäjäksi oman kirkkoherran myötä 1587. Seurakunta mainitaan kappelina, kun kappalaisen virkatalolle annettiin vahvistus 17.5.1616. Köyliöllä ja Säkylällä oli yhteinen kappalainen aina vuoteen 1929. Köyliön kunta perustettiin 1870. Vuoden 2016 alueliitoksessa Köyliö yhdistyi Säkylään ja vastaavasti seurakunta on nykyisin Säkylän-Köyliön seurakunta.
Muut nimet
Kjulo
Maakirjakylät
Ehtamo, Huhti, Kankaanpää, Karhia, Kepola, Kjuloholm (Köyliön vanha kartano), Paavila, Pajula, Puolimatka, Tuohiniemi
Naapuriseurakunnat
Papisto
Köyliönsaaren kartanon omistajalla oli patronaattioikeus seurakunnnassa, kunnes se lakkautettiin keisarin käskykirjeellä 7.3.1870. Suomen kenraalikuvernööri, kreivi Per Brahe antoi Jaakkolan tilan Säkylän kappelin prebendatilaksi 30.6.1659. Kappalaisen siirtämisestä Säkylästä Köyliöön tehtiin anomukset 1731 ja 1815, mutta näihin anomuksiin ei suostuttu kuninkaan päätöksellä 21.1.1735 eikä myöskään Keisarillisen senaatin päätöksellä 24.4.1816. Seurakunnan pappilan ulkohuoneet rakennettiin kivestä 1897.
Kirkkoherrat
1587–1605 Eschillus Clementis
1607–1616 Ericus Canuti
1622–1624 Ericus Matthiae
1626–1638 Henricus Francisci
1724–1730 Henrik Carmelin
1731–1732 Nils Johansson Bursman
1733–1744 Gabriel Welin
1744–1756 Kristian Welin
1757–1789 Martin Tolpo
1790–1812 Henrik Törnroth
1813–1823 Jakob Johan Holmberg
1825–1832 David Johan Vegelius
1833–1856 Anders August von Pfaler
1856–1882 Klas Teodor Konstantin Sumelius
1885–1893 Berndt Israel Söderman
1893–1907 Viktor Salminen
1907–1919 Frans Vihtori Hannus
1919–1944 Uuno Sainio
1944–1961 Yrjö Lehtola
Kappalaiset
1558 Thomas
1568 Lars
1576–1581 Eschillus Clementis
Ylimääräiset papit
1639 Paulus Thomæ, vt. kirkkoherra
1781– Joakim Johan Johnsson, kirkkoherran apulainen
1785– Mikael Ingelius, apulaispappi
1797– Johan Rostedt, papiston apulainen
1797–1808 Johan Rostedt, kirkkoherran apulainen
1808–1813 Isak Nordlund, kirkkoherran apulainen, välisaarnaaja
1822–1824 Johan Fredrik Fleege, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1824–1825 Karl Fredrik Gråå, armovuodensaarnaaja
1832–1833 Karl Fredrik Riedell, vt. kirkkoherra
1856 Fredrik Julius Lilius, vt. kirkkoherra
1882–1885 Samuel Vilhelm Roos, virka- ja armovuodensaarnaaja
1907–1808 Matti Tienari, vt. kirkkoherra
1947–1949 Onni Honkkila, vt. kirkkoherra
1947–1949 Lasse Jyräs, vt. kirkkoherra
Arkisto
Köyliön seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1702, tilikirjat vuodesta 1724 ja historiakirjat vuodesta 1702. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Turussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1702–1966.
Kansallisarkisto on digitoinut Köyliön seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.