Alkuaan Ilmajoen emäseurakunnan kappeli, jossa mainitaan olleen kappelitupa jo 1584. Muodostettiin saarnahuonekunnaksi 1625 ja kappeliseurakunnaksi 1627. Seurkaunta sai ensimmäisen varsinaisen kirkon 1686. Hakemukseen kappeliseurakunnan erottamisesta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi antoi kuningas kieltävän päätöksen 20.6.1805. Erotettiin Ilmajoesta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1858, mutta ensimmäinen kirkkoherra astui virkaansa vasta 1891 ja ero toteutui 1892. Seurakuntaan kuulunut Alapään rukoushuonekunta perustettiin Aron kylään 1923. Kauhajoen kunta perustettiin 1868.
Kylät
Aro, Harja, Hyyppä, Kauhajoki, Nummijärvi, Päntäne
Naapuriseurakunnat
Papisto
Äijälän vanhaan kappalaisen virkataloon liitettiin Enon kruununtila 1690. Kappalaisen virkataloon ostettin Ostomaan tila 27.2.1784.
Kirkkoherrat
1891–1927 Gustaf Edvard Lybeck
Kappalaiset
1627–1650 Sigfrid Henrici Albilacovius Uskelensis
1652–1665 Eskil Matinpoika Stutaeus
1665–1698 Jacob Sigfridi Haustramnius
1698–1701 Henric Gabrielinpoika Peldan
1701–1708 Mathias Nervander
1709–1766 Henric Jacobi Hideen
1767–1781 Nathanael Warnberg
1783–1803 Anders Törnudd
1804–1811 Abraham Mellenius
1812–1818 Christian Sandbäck
1821–1833 Johan Malin
1835–1838 Nils Henrik Chydenius
1839–1841 Gustaf Adolf Andström
1843–1851 Fredrik Ollonqvist
1855–1864 Samuel Hellgren
1864–1868 Fredrik Napoleon Ottelin
1869–1878 Frans Henrik Hällfors
1878–1887 Karl Oskar Kraft
1887–1891 Gustaf Edvard Lybeck
1893–1920 Karl Eliel Meno
Apupapit ja armovuodensaarnaajat
1737–1747 Thomas Rivinus
1751–1767 Nathanael Warnberg
1780–1784 Johan Erenius
Ylimääräiset papit
1737–1747 Tuomas Rivinus, kappalaisen apulainen
1751–1767 Nathanael Varnberg, kappalaisen apulainen
1780–1784 Johan Erenius, kappalaisen apulainen, välisaarnaaja
1803–1804 Josef Pahlman, välisaarnaaja
1818–1819 Jakob Ekberg, kappalaisen apulainen, välisaarnaaja
1819–1821 Johan Jakob Richtman, armovuodensaarnaaja
1821–1822 Gustaf Adolf Malin, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1824–1829 Gustaf Adolf Malin, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1833– Gustaf Adolf Malin, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1832–1836 Anders Henrik Gummerus, kappalaisen apulainen, virka- ja välisaarnaaja
1838–1839 Lars Josef Achrén, välisaarnaaja
1839–1844 Karl Magnus Vilskman, kappalaisen apulainen, virka- ja armovuodensaarnaaja
1851 Johan Wilhelm Nyberg, armovuodensaarnaaja
1852–1854 Johan Ernst Lowén, armovuodensaarnaaja
1854–1855 Jakob Cederberg, armovuodensaarnaaja
1863–1864 Edvard Fritjof Reinius, välisaarnaaja
1873–1874 Johan Jakob Westerlund, vt. kappalainen
1874–1875 Johan Fredrik Hellman, kappalaisen apulainen
1884–1887 Gustaf Edvard Lybeck, välisaarnaaja kirkkoherran palkkaeduin
1888–1892 Jaakko Kajanen, välisaarnaaja kirkkoherran palkkaeduin
1892–1893 Karl Eliel Meno, vt. kappalainen
Arkisto
Kauhajoen seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1736, tilikirjat vuodesta 1690 ja historiakirjat vuodesta 1691. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Vaasassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1691–1921.
Venäläisen kenraali Usakovin määräyksestä poltettiin kirkkoa sekä pappila Suomen sodan aikana 1.9.1808, jolloin suuri osa seurakunnan karkistoa tuhoutui. Seurakunnan historiakirjat vuosilta 1691–1749 ja 1776–1799 luultiin hävinneen vuoden 1912 jälkeen, mutta ne löydettiin sittemmin kirkonarkistosta.
Kansallisarkisto on digitoinut Kauhajoen seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1850-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.