Osa Honkajoesta kuului Isojoen kappeliin vuodesta 1731 alkaen. Honkajoen, Kankaanpään ja Karvian asukkaat anoivat Ikaalisten emäseurakunnan jakamista mutta kuningas antoi 4.8.1796 anomukseen kieltävän vastauksen toistaiseksi. Honkajoki perustettiin Ikaalisten emäseurakunnan rukoushuonekunnaksi 1804. Seurakunnan ensimmäinen kirkko rakennettiin 1804–1812. Tämän jälkeen suostuttiin papin palkkauksen määrään 20.4.1813 ja seurakunta sai oman papin tuomiokapitulin päätöksellä 19.4.1815. Siirrettiin kappelina kuuluvaksi Ikaalisista itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi erotettuun Kankaanpäähän keisarin käskykirjeellä 6.5.1864. Erotettiin Kankaanpäästä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarin päätöksellä 11.12.1891. Ero toteutui 1905, jolloin ensimmäinen kirkkoherra astui virkaansa. Honkajoen kunta perustettiin 1867.
Muut nimet
Hongonjoki, Hongoå, Honkojoki
Maakirjakylät
Alahonkajoki, Anttila (Antila), Honko, Hyyppä, Kantti, Kodesjärvi, Katko, Lauhala, Paasto, Pyöräniemi, Rynkäinen, Samminmaja, Untila, Urjainen
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kappalaisen palkasta keisarin käskykirje 20.1.1887. Kirkkoherran virkatalosta keisarin käskykirjeessä 17.5.1892.
Kirkkoherra
Kappalaiset
1865–1870 Frans Henrik Hällfors
1870–1882 Oskar August Hannelius
1888–1904 Yrjö Fabian Mittler
Saarnaajat
1815–1837 Johan Adam Bergh
1838–1854 Anders Andelin
1854–1864 Gustaf Adolf Cajanus
Ylimääräiset papit
1837–1838 Anders Andelin, vt. saarnaaja
1853–1854 Frans Henrik Hällfors, vt. saarnaaja
1864–1865 Isak Josef Groundstroem, vt. kappalainen
1882–1886 Karl Henrik Lindfors, vt. kappalainen
1886–1888 Georg Julius August Ask, vt. kappalainen
1904–1905 Yrjö Fabian Mittler, vt. kirkkoherra
Arkisto
Honkajoen seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1824 historiakirjat vuodesta 1768. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Turussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1768–1941.
Kansallisarkisto on digitoinut Honkajoen seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.