Perustettiin Lapväärtin emäseurakunnan rukoushuonekunnaksi, kun seurakunnan ensimmäinen kirkkorakennus valmistui 1710. Emäseurakunnan pitäjänapulainen saarnasi seurakunnassa vuodesta 1725 ja tämä järjestys vahvistettiin kuninkaan toimesta 20.7.1731. Muodostettiin kappeliseurakunnaksi, kun oma pappi asetettiin kuninkaan käskykirjeellä 21.8.1732. Seurakunnan hakemuseen tulla erotetuksi itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi antoi tuomiokapituli kielteisen päätöksen 9.5.1821. Erotettiin konsistoriaalisesta Lapväärtistä itsenäiseksi keisarilliseksi kirkkoherrakunnaksi keisarillisella käskykirjeellä 29.11.1855. Osa Ikaalisten emäseurakuntaan kuuluneen Honkajoen kylän asukkaista osallistui Isojoen kappalaisen palkkaamiseen 1732–1804, kunnes Honkajoki perustettiin omaksi rukoushuonekunnaksi.
Muut nimet
Storå
Kylät
Heikkilä, Iivarinkylä, Isojoki, Kärjenkoski, Kodesjärvi, Kortteenkylä, Leppiniemi, Peurala, Sakara, Sarviluoma, Suojoki, Vanhakylä, Vesijärvi, Villamo
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherran virkatalosta keisarin käskykirje 20.4.1885.
Kirkkoherrat
1877–1885 Johan Liljeblad
1887–1894 Gustaf von Essen
1895–1904 Albert Vitalis Ståhlhammar
1905–1911 Yrjö Alanen
1913–1925 Otto Johannes Caselius
1927–1952 Kaarle Ignatius Haunio
Kappalaiset
1733–1739 Anders Jacobsson Cadolin
1740–1790 Gabriel Laurentii Alcenius
1791–1805 Daniel Gabrielsson Alcenius
1808–1834 Jakob Hedberg
1835–1842 Johan August Bergman
1843–1849 Karl Henrik Fonselius
1849–1869 Karl Gustaf Hjerpe
Ylimääräiset papit
1732–1734 Daniel Danielsson Roos, kirkkoherran apulainen Isojoella
1790–1802 Johan Alcenius, armovuodensaarnaaja, kappalaisen apulainen
1802–1804 Jakob Castrén, kappalaisen apulainen
1805 Johan Fredrik Granbohm, kappalaisen apulainen
1805–1808 Fredrik Rein, virka- ja armovuodensaarnaaja
1814–1834 Anders Lundén, kappalaisen apulainen
1834–1835 Johan Fredrik Färling, vt. kappalainen
1842–1843 Berndt Gustaf Ringbom, vt. kappalainen
1854 Karl Johan Ahonius, kappalaisen apulainen
1869–1876 Frans Joakim Torckell, vt. kappalainen
1876–1877 Gideon Lilius, vt. kirkkoherra
1885 Kanutus Onni Nyström, vt. kirkkoherra
1885–1887 David Oskar Varheenmaa, vt. kirkkoherra
1888–1889 Odert Julius Ingman, kirkkoherran apulainen
1890–1891 Kaarle Korpela, kirkkoherran apulainen
1892 Juho Pyhälä, vt. kirkkoherra
1894 Juho Aleksi Peltonen, vt. kirkkoherra
1894–1895 Iisakki Virtanen, vt. kirkkoherra
1897 Georg Fabian Mittler, vt. kirkkoherra
1898–1899 Kustaa Eemil Roine, vt. kirkkoherra
1899 Otto Johannes Caselius, vt. kirkkoherra
1899–1901 Matti Nikodemus Lauha, vt. kirkkoherra, kirkkoherran virassa apulainen
1902–1903 Juho Oskari Vaismaa, vt. kirkkoherra
1903 Anton Väinö Vartio, vt. kirkkoherra
1904–1905 Aleksander Kulla, vt. kirkkoherra
1911–1913 Toivo Koskela, vt. kirkkoherra
Arkisto
Isojoen seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1757, tilikirjat vuodesta 1855 ja historiakirjat vuodesta 1732. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Vaasassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1853–1868.
Kansallisarkisto on digitoinut Isojoen seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.