Perustettiin Iin emäseurakunnan kappeliksi 1630. Seurakunnan pitäjänapulainen siirrettiin Ylikiiminkiin 1737. Siirrettiin Iistä Kiimingin seurakunnan kappeliksi keisarillisella käskykirjeellä 25.10.1858. Erotettiin Kiimingistä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 24.11.1873, mikä toteutui 1900 ja seurakunta asetettiin tällöin kirkkoherran ja tämän palkkaaman apulaisen hoidettavaksi. Haukiputaan kunta perustettiin 1866. Siihen kuulunut Pateniemen alue liitettiin Ouluun 1965 ja koko kunta liitettiin Oulun kaupunkiin 2013.
Kirjallisuudessa esitettyjen tietojen mukaan seurakunnan ensimmäinen kirkko on sijainnut Kellon kylässä jo 1500-luvulla. Toinen kirkko rakennettiin 1630. Ukkonen sytytti kirkon palamaan 12.8.1700, mutta runsas sade esti tulen leviämisen ja suuremman tuhon. Kirkon kellotapuli paloi samalla tavoin ukkosen aiheuttamasta tulesta 1702. Nykyistä kirkkoa koristavat lukuisat kuuluisan kirkkomaalarin ja pohjalaisen kirkkomaalausperinteen viimeisen huomattavan edustajan Mikael Topeliuksen vuonna 1774 maalaamat seinämaalaukset.
Maakirjakylät
Haukipudas, Kello, Korpi, Oulunsuu
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherrat
1901–1932 Viktor Alfred Virkkula
1934–1940 Aarne Aukusti Alikoski
1940–1952 Alfred Virkkula
Kappalaiset
1631 Jacobus Kranck
1632–1659 Carolus Henrici Limingius
1664–1678 Johannes Caroluksenpoika Barkholm
1680–1689 Thomas Pauluksenpoika Hattulander
1689–1701 Simon Jacobi Frosterus
1703–1736 Petrus Uhlberg
1737–1788 Erik Abrahami Frosterus
1789–1816 Jakob Frosterus
1818–1831 Mikael Österberg
1834–1879 Julius Alexander Krank
Ylimääräiset papit
1690–1699 Petrus Nessenius, papiston apulainen
1717–1721 Daniel Keckman, saarnaaja
1771–1774 Johan Frosterus, kappalaisen apulainen
1817 Christer Johan Castrén, väliajansaarnaaja
1832 Johan Anders Landfors, väliajansaarnaaja
1832–1834 Johan Peter Lithovius, virka– ja armovuodensaarnaaja
1857 Oskar Elis Petterson, kappalaisen apulainen
1858–1859 Johan Vilhelm Murman, kappalaisen apulainen
1859–1860 August Benjamin Calamnius, kappalaisen apulainen
1867–1869 Kristian Kekoni, kappalaisen apulainen
1872–1873 Erik Snellman, kappalaisen apulainen
1873–1876 Josef Salem Laurell, kappalaisen apulaisen sijainen
1876 Johan Fredrik Lindbäck, kappalaisen sijainen
1876–1878 Frans Alfred Carpén, kappalaisen sijainen
1878–1880 Viktor Alfred Virkkula, sijaiskappalainen
1880–1901 Lars August Malmberg, vt. kappalainen, vt. kirkkoherra, kirkkoherran apulainen
1915–1921 Alfred Virkkula, kirkkoherran apulainen
1921–1923 Yrjö Alikoski, kirkkoherran apulainen
1923–1925 Pauli Kauppinen, kirkkoherran apulainen
1930–1931 Aatto Koivisto, kirkkoherran apulainen
1931–1932 Tauno Sutinen, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1932–1934 Jorma Kataja, vt. kirkkoherra
1934 Urho Paasipohja (Pyy), vt. kirkkoherra, kirkkoherran apulainen
1937–1938 Pentti Pautola, kirkkoherran apulainen
1938 Aaro Raitio, kirkkoherran apulainen
1938–1942 Heikki Hyvärinen, kirkkoherran apulainen, välillä sotapappina
1942 Hannes Leinonen, kirkkoherran apulainen
1942–1948 Janne Koponen, kirkkoherran apulainen
1948–1951 Arvo Turakka, kirkkoherran apulainen, vt. kappalainen
Arkisto
Haukiputaan seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1731, tilikirjat vuodesta 1702 ja historiakirjat vuodesta 1680. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Oulussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1680–1895.
Isonvihan aikana 1742 venäläiset polttivat seurakunnan pappilan ja ryöstivät sekä kirkkoa että pappilaa, jolloin hävisi osa vanhinta kirkonarkistoa.
Kansallisarkisto on digitoinut Haukiputaan seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.