Alkuaan mahdollisesti osa Kemin emäseurakuntaa, josta lienee erotettu hallinnollisesti jo keskiajalla 1300-luvulla. Mainitaan kappelina 1374 ja itsenäisenä kirkkoherrakuntana ainakin 1477. Erään asiakirjan mukaan Kemi ja Ii olivat molemmat Pietarsaaren emäseurakunnan kappeleita 1374. Seurakuntaan mainitaan kuuluneen Simon ja Kellon kappelit jo 1488. Iin vapaaherrakunta annettiin läänityksenä Natt och Dag -suvulle 1652.
Perimätiedon mukaan seurakunnan vanhin kirkko sijaitsi Illinsaaressa eli Suutarinniermellä, josta se muutettiin Kirkkosaareen. Toisen näkemyksen mukaan kirkko on saattanut sijaita myös Kruununsaaressa eli Satamasaaressa. Venäläiset polttivat yhden kirkon 1582, minkä vuoksi iiläiset saivat 20 tynnyriä kruununjyviä uuden kirkon rakentamista varten 7.3.1584. Venäläisten kerrotaaan polttaneen seurakunnan kirkon jo kuudennen kerran 1595. Uusi Pyhän Margareetan kirkko rakennettiin 1621 ja tämä kirkko tuhoutui ukkosen sytyttämänä 12.6.1693. Uusi Pyhän Laurin kirkko vihittiin käyttöön 10.8.1694. Seurakunnan pappila lienee poltettu 1715, jolloin myös kirkko ryöstettiin. Pappila paloi 30.4.1742. Kirkko ja kellotapuli paloivat salaman iskusta perustuksiaan myöden 23.8.1942. Ainoastaan kirkon alttarivaatteet, ehtoollisvälineet ja yksi kattokruunu sakaristossa pystyttiin pelastamaan palosta.
Seurakuntaan kuuluneista Pudasjärvi erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1639, Haukipudas perustettiin kappeliksi 1630 ja siirrettiin Kiimingin kirkkoherrakuntaan 1858. Alakiiminki perustettiin saarnahuonekunnaksi 1691, muodostettiin kappeliksi 1781 ja erotettiin itsenäiseksi Kiimingin kirkkoherrakunnaksi. Ylikiiminki perustettiin kappeliksi 1765 liitettiin edellä mainittuun Kiimingin uuteen kirkkoherrakuntaan 1858. Kuivaniemi erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1894. Seurakunnan osista erotettiin Yli-Iin kirkkoherrakunta ja ero toteutui 1933. Seurakuntaan kuulunut Etelä-Iin rukoushuonekunta perustettiin 1910. Iin kunta perustettiin 1865. Oijärven kylä liitettiin Kuivaniemeen 1921. Iin ja Kuivaniemen kunnat yhdistettiin Iin kunnaksi 2007.
Seurakuntaan kuuluneella Säynäjoen (Nyby) lasitehtaalla oli oma vuonna 1785 valmistunut kirkko ja oma saarnaaja 1786–1803. Myöhemmin tätä rukoushuoneeksi muutettua kirkkoa ei pidetty enää kunnossa, eikä siinä lopulta pidetty enää lainkaan jumalanpalveluksia.
Muut nimet
Ijo, Ijå
Kylät
Eteläii, Jakkukylä, Kuivaniemi, Olhava, Pohjoisii
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherran virkataloon liitettiin heinämaaksi erään luostarin maata kuninkaan kirjeellä 31.3.1625 ja 31.1.1638. Seurakunnassa oli kaksi kappalaista 1654–1751. Pitäjänapulaisen virka mainitaan jo 1600-luvun puolivälissä. Pitäjänapulainen oli ensin Haukiputaalla ja siirrettiin Ylikiiminkiin 1737 ja Kuivaniemelle 1760. Kirkkoherran viljasaatavista ja karjakymmenyksistä tehtiin suostumus 1763.
Vastikejyvät olivat alkuaan kaksi lestiä kuninkaan kirjeellä 5.3.1569, sitten 1 1/2 lestiä 20.11.1571 ja 18 tynnyriä 6.6.1613. Nämä jaettiin, kun Pudasjärvi erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi siten, että Iin kirkkoherra sai 12 tynnyriä maaherran päätöksellä 1.5.1709 ja kuninkaan päätöksellä 11.9.1734. Kirkkoherran vastikejyvät 9,35 hehtolitraa viljaa peräytettiin keisarillisen senaatin päätöksellä 7.12.1894.
Lohenpyyntioikeudesta määrättiin 2.5.1641, että kirkkoherralla oli 1 3/4 lohimanttaalia Venäjänkarin kalastuspaikalla. Tätä oikeutta kuitenkin myöhemmin vastustettiin ja siksi maaherra julisti päätöksessään 22.4.1772, että ns. "kenkkikalastus" oli ollut seurakunnan vapaaehtoinen lahja määräämättömäksi ajaksi. Kuuningas vahvisti tämän päätöksen 7.7.1774. Kirkkoherran virkatalollla oli 1 3/4 manttaalin osa kalastuksesta kruununpadoissa, joka luettiin lohikymmenyksiksi. Virkatalolla oli myös siikapato l. kotitarvepato syksyisin Puodinkoskella.
Kirkkoherrat
1558– Canutus
1564–1577 Laurentius Matthiæ Raumannus
1581–1615 Jacobus Olai
1616–1620 Mansvetus Jacobi Fellman
1620–1634 Johannes Henrici Lithovius tai Corvinus
1634–1636 Henricus Johannis Corvinus tai Alholm
1636–1640 Ericus Georgii Montanus
1641–1646 Henricus Christiani Limingius
1648–1650 Henricus Simonis Carlander
1652–1659 Samuel Josephi Lithovius
1660 Andreas Uhlstadius
1669–1673 Gabriel Gabrielis Calamnius
1674–1678 Johannes Caspari Forbus
1678–1686 Petrus Johannis Hoffrenius
1688–1692 Samuel Samuelis Lithovius
1692–1695 Zacharias Olai Ulhegius
1695–1697 Christophorus Claudii Alanus
1698–1708 Simon Henrici Pechlinius
1710–1735 Johan Stenstrand
1736–1752 Gustaf Fabricius
1753–1772 Daniel Idman
1774–1791 Erik Sinius
1793–1797 Henrik Sund
1800–1815 Abraham Frosterus
1817–1836 Jakob Frosterus
1839–1847 Erik Johan Frosterus
1849–1866 Karl Gabriel Calamnius
1869–1875 Frans Oskar Durchman
1876–1918 Johan Fredrik Thauvón
1920–1950 Eino Virkkula
Kappalaiset, ensimmäinen sarja
1582 Mathias
1616 Mansvetus Jacobi Fellman
1625–1627 Josephus Jacobi Björn
1628–1634 Henricus Johannis Corvinus eli Alholm
Joseph Jacobi Fellman
1649–1674 Johannes Caspari Forbus
1678–1698 Simon Henrici Pechlinius
1699–1702 Olaus Uhlstenius
1703–1736 Isaacus Antilius
1737–1750 Jakob Elfving, virka lakkautettiin
Kappalaiset, toinen sarja
1654–1686 Samuel Samuelis Lithovius
1682–1690 Jacobus Uhlström
1692–1700 Petrus Petri Hoffrenius
1702–1819 Johannes Johannis Forbus
1720–1838 Johan Keckman
1740–1870 Petter Josephi Calamnius
1772–1800 Abraham Frosterus
1801–1809 Abraham Vilhelm Frosterus
1813–1837 Gustaf Durchman
1840–1842 Johan Fredrik Planting
1843–1856 Johan Mikael Stenbäck
1856–1871 August Kranck
1873–1877 Karl Alfred Calamnius
1878–1884 Frans Alfred Carpén
1884–1888 Karl Gustaf Krohn
1890–1896 Matti Hiltula
1896– Kaarlo Matti Huovinen
Apupapit ja armovuodensaarnaajat
1725–1738 Daniel Keckman
1739–1745 Johan Vervenius
1747–1750 Gustaf Arander
1750–1764 Kristian Henrik Keckman
1765–1777 Sven Olsbo
1778–1791 Henrik Enqvist
1792–1795 Isak Snellman
1800–1813 Gustaf Durchman
1838 Lars Herman Laurin
1839–1840 Niklas Durchman
1842–1843 Abraham Neuman
Ylimääräiset papit
1727–1730 Johan Grönholm, kirkkoherran apulainen
1737–1740 Stephan Gisselkors, armovuodensaarnaaja
1765–1772 Abraham Frosterus, kirkkoherran apulainen
1772– Anders Sinius, kirkkoherran apulainen
1772–1778 Gabriel Calamnius, kirkkoherran apulainen
1783–1789 Jakob Frosterus, kappalaisen apulainen
1792– Israel Frosterus, kirkkoherran apulainen
1799–1800 Karl Jakob Frosterus, kirkkoherran apulainen
1805–1806 Gustaf Adolf Leinberg, kirkkoherran apulainen
1806 Karl Jakob Frosterus, kirkkoherran apulainen
1806–1808 Karl Jakob Frosterus, kirkkoherran apulainen
1810–1811 Nils Abraham Moliis, kirkkoherran apulainen
1811–1817 Krister Johan Castrén, kirkkoherran apulainen
1811–1813 Olof Vallin, armovuodensaarnaaja, välisaarnaaja
1817–1823 Jakob Justus Frosterus, kirkkoherran apulainen
1824–1834 Johan Anders Linfors, kirkkoherran apulainen
1829–1831 Erik Frosterus, kirkkoherran apulainen
1834–1839 Julius Abraham Vidgrén, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra
1834–1838 Josef Vilhelm Durchman, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1840–1843 Fredrik Vilhelm Stjerncreutz, kirkkoherran apulainen
1845–1847 Karl Johan Forsström, kirkkoherran apulainen, virka- ja armovuodensaarnaaja
1849–1850 Karl Fredrik Staudinger, kirkkoherran apulainen
1850–1853 Karl Jakob Keckman, kirkkoherran apulainen
1853–1869 Karl Alfred Calamnius, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra, armovuodensaarnaaja
1859 Johan Vilhelm Murman, kirkkoherran apulainen
1859 August Benjamin Calamnius, kirkkoherran apulainen
1869–1870 Niklas Durchman, kirkkoherran apulainen
1873–1874 Gustaf Durchman, kirkkoherran apulainen
1878 Viktor Alfred Virkkula, kirkkoherran apulainen
1884–1885 Emil Thauvón, kirkkoherran apulainen
1888–1889 Gustaf Emil Durchman, kirkkoherran apulainen, vt. kappalainen
1904 Emil Vilhelm Siikanen, kirkkoherran apulainen
1905–1906 Eino Wirkkula, kirkkoherran apulainen
1909– Toivo Kajava, kirkkoherran apulainen
Arkisto
Iin seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1700, tilikirjat vuodesta 1661 ja historiakirjat syntyneiden osalta vuodesta 1679, vihittyjen osalta vuodesta 1680 ja kuolleiden osalta 1666. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Oulussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1558–1946.
Kansallisarkisto on digitoinut Iin seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.