Perustettiin noin 1460, kun kirkko rakennettiin Siuntionjoen uomaan, ja kirkko oli Pyhän Pietarin nimikko. Kirkko paloi salaman aiheuttamasta tulesta 1526 ja toisen kerran 8.2.1891. Seurakunnan suomalainen puinen kirkko korjattiin 1824 ja purettiin 1881. Ruotsinkieliset jumalanpalvelukset ilmoitettiin pidettävän kivikirkossa ja suomenkieliset sen viereisessä puukappelissa 1688. Seurakunta muodostettiin Helsingin Aleksanterin-yliopiston prebendaksi keisarillisella käskykirjeellä 25.4.1834 ja oli prebendana 1840–1875. Siuntion kunnasta liitettiin osia Lohjan maalaiskuntaan 1953 ja 1975.
Muut nimet
Sjundeå
Kylät
Aiskos, Andby, Backa, Bäcks, Bläsaby, Bocks, Böle, Bollstad, Broända, Dansbacka, Engisby, Fågelvik, Fall, Flyt, Förby, Gammelby, Gårdskulla, Gårsböle, Gåsarv, Gästans, Göks, Grisans, Grönskog, Grotbacka (Nackans), Harvs, Hästböle, Hollstens, Hummerkila, Jervans, Kalans, Kanala, Karskog, Karuby, Kela, Kockis, Kopula, Kvarnby, Kynnar, Lempans, Lieviö, Malm, Mörsbacka, Munks, Myyry, Niemenkylä, Nordanvik, Nummenkylä, Nyby, Palmgård, Pappila, Paturs, Påvals, Pikkala, Pölans, Pulkbacka, Purnus, Siggans, Sjundby, Skinnars, Störsby, Störsvik, Sunnanvik, Svartbäck, Tjusterby, Tupala, Tupala Nyby, Veijans, Vesterby, Vikars, Yövilä
Naapuriseurakunnat
Papisto
Jumalanpalvelusten järjestämsiestä seurakunnassa eri kielillä kuninkaan päätös 26.11.1788. Seurakunnassa pidettiin 1890-luvulla suomenkielinen jumalanpalvelus joka kolmas pyhä ja joka juhlapyhä, jos suomenkielisiä saapui paikalle, mutta usein jumalanpalvelukset jäivät pitämättä sanankuulijoiden puutteessa. Kappalaisen virkatalon lahjoitti kirkkoherra Martinus Aeschilli 10.12.1604. Kalakymmenyksistä kihlakunnanoikeuden tuomio 12.4.1797. Pitäjänapulaisia oli seurakunnassa ainakin vuodesta 1683, kunnes virka lakkautettiin keisarillisella käskykirjeellä 25.2.1869, jolloin viran palkka jaettiin kirkkoherran ja kappalaisen kesken. Pitäjänopettajan palkkaamisesta pitäjänkokouksen päätös 6.10.1816.
Kirkkoherrat
1539–1567 Petrus Erici
1568–1580 Thomas Olai
1581–1596 Andreas Iohannis
1600–1616 Martinus Eschilli Helsing
1617–1641 Johannes Martini Forsius
1642– Sigfridus Andreæ
1730–1735 Johan Fortelin
1736–1742 Israel Escholin
1743–1752 Henrik Ganander
1753–1778 Israel Hartman
1780–1793 Daniel Hirn
1795–1811 Abraham Logren
1813–1834 Karl Henrik Forssman
1836–1838 Axel Adolf Laurell, professori
1840–1875 Bengt Olof Lille, professori
1878–1906 Karl Peter Moberg
1908–1944 Karl Richard Bonsdorff
Kappalaiset
1593– Martinus Eschilli
1600–1602 Henricus Matthiæ
1604–1616 Johannes Martini Forsius
1625–1641 Sigfridus Andreæ
1722–1752 Jakob Limonius
1752–1765 Henrik Lemström
1766–1790 Gabriel Linsenius
1791–1795 Abraham Logren
1796–1839 Fredrik Forselius
1841–1868 Johan Wichtman
1869–1877 Johan Emil Telenius
1879–1914 Erik Vilhelm Henrik Linderoos
1914–1921 Gösta J. Nyman
1921–1922 Otto Weckström
1922–1923 Werner Wirén
1924–1948 Ernst Sundqvist
Pitäjänapulaiset
1723–1729 Gabriel Lagus
1733–1752 Henrik Lemström
1752–1766 Gabriel Linsenius
1767–1773 Johan Malmsten
1774–1791 Abraham Logren
1792–1800 Gustaf Tallqvist
1802–1821 Samuel Carlén
1822–1835 Karl Fredrik Canth
1837–1868 Karl Björkman, virka lakkautettiin 1869
Ylimääräiset papit
1743–1744 Henrik Indreen, kirkkoherran aviran armovuoden sarnaaja
1746–1752 Gabriel Linsenius, kappalaisen apulainen
1746– Erik Wijkström, kirkkoherran apulainen
1755– Fredrik Johan Zweigberg, kappalaisen apulainen
1788– Abraham Wessel, kirkkoherran apulainen
1796–1802 Samuel Carlén, kirkkoherran apulainen
1807–1809 Johan Ekbom, kirkkoherran apulainen
1809–1810 Johan Fredrik Borenius, kirkkoherran apulainen
1810–1813 Gustaf Adolf Lindeqvist, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1820–1822 Karl Fredrik Canth, kirkkoherran apulainen, välisaarnaaja
1825–1827 Johan Milbrandt, kappalaisen apulainen
1827–1831 Nils Elers, kappalaisen apulainen
1831–1836 Johan Gundberg, kappalaisen apulainen
1835–1836 Berndt Josef Amnell, välisaarnaaja
1835–1837 Benjamin Sulin, pitäjänapulainen, välisaarnaaja ja sijaiskirkkoherra
1836–1840 Erik Napoleon Bonsdorff, sijaiskirkkoherra
1837 Karl Hacklin, kappalaisen apulainen
1838 Johan Henrik Holmstén, kappalaisen apulainen
1839–1840 Edvard Gustaf Hannibal Tallgren, kappalaisen apulainen, välisaarnaaja
1840–1841 Per Edvard Åberg, vt. kappalainen
1842–1847 Johan Fredrik Cajan, kirkkoherran apulainen
1847–1853 Klas Teodor Konstantin Sumelius, kirkkoherran apulainen
1853–1854 Johan Gustaf Mannelin, kirkkoherran apulainen
1854–1855 Israel Albert Teodor Reinius, kirkkoherran apulainen
1855–1871 Fredrik Vilhelm Fredriksson, sijaiskirkkoherra
1871–1872 Emil Albert Rudelius, kirkkoherran apulainen
1872–1873 Henrik Nybergh, kirkkoherran apulainen
1873–1875 Lorenz Vilhelm Häggström, kirkkoherran apulainen
1877–1879 Johan Evert Korsström, armovuodensaarnaaja, vt. kirkkoherra
1901 Juho Nimrod Johansson, kirkkoherran apulainen
1903–1905 Juho Nimrod Johansson, kirkkoherran apulainen
1905–1908 Arvid Volter Ferdinand Utter, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
Arkisto
Siuntion seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1770, tilikirjat vuodesta 1722 ja historiakirjat vuodesta 1722. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Hämeenlinnassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1604–2004.
Kansallisarkisto on digitoinut Siuntion seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.