Seurakuntaan kuuluneet Purnujärvi ja Torsanjärvi mainitaan Pähkinäsaaren rajapaikkoina rajakirjassa 1323, ja Rautjärven sanotaan sijainneen Venäjän rajalla 1500. Perustettiin Ruokolahden kappeliksi noin 1693, jolloin seurakunnalla ei ollut vielä omaa pappia. Ruokolahden toisen kappalaisen virkatalon hankkimisen jälkeen Viipurin tuomiokapituli päätti 27.8.1700, että tämä kappalainen muuttaisi Rautjärvelle. Uutta kirkkoa varten mainitaan kannetun kolehtia 1732 ja sen myötä rakennetun kirkon polttivat venäläiset sodassa 1741. Väliaikainen kirkko rakennettiin 1744 ja kolmas kirkko 1776, joka paloi ilmeisessä murhapoltossa 7.7.1872. Vuonna 1813 rakennetun kellokastarin poltti ukkosen tuli 25.6.1847. Hakemukseen päästä omaksi kirkkoherrakunnaksi annettiin kieltävä päätös 13.4.1835. Erotettiin Ruokolahdesta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarin käskykirjeellä 31.10.1859, jolloin se määrättiin kirkkoherran ja tämän palkkaaman apulaisen hoidettavaksi. Seurakuntaan liitettiin Hiitolan emäseurakuntaan kuulunut Ilmeen rukoshuonekunta ja Kirvun Lankilan kylä keisarillisen senaatin päätöksellä 16.6.1897, jolloin sen manttaaliluku tuli olemaan 32,45.
Kylät
Haakanala, Hallilanmäki, Hiivaniemi, Hinkkala, Hynnilä, Ilmee, Jurvala, Kalpiala, Kekäleniemi, Kokkola, Kopsala, Korjola, Korpijärvi, Lankila, Latvajärvi, Miettilä, Niskapietilä, Partila, Pirhola, Purnujärvi, Rautjärvi, Siisiälä, Torsansalo, Uimola, Untamo, Vähikkälä, Viimola
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kappalaisen palkasta keisarillisen senaatin päätös 1.12.1838.
Kirkkoherrat
1861–1871 Johannes Hertz
1871–1885 Otto Gustaf Blomgren, ensin vt. kirkkoherra
1887–1890 Frans Fritjof Colérus
1891–1901 Herman Vauhkonen
1902–1908 August Hämäläinen
1909– Kaarlo Fredrik Rantanen
Kappalaiset
1698–1712 Simon Kexlerus
1716–1741 Johan E. Hammerman
1744–1766 Karl Johan Ertvinsson Vinter
1768–1777 Karl Johan Langell
1778–1784 Lars Henrik Brunnerus
1791–1800 Peter Ursin
1801–1836 Karl Tapenius
1839–1855 Karl Magnus Alopæus
1855 Filip Viitikka
1856–1861 Johannes Hertz, virka lakkautettiin
Ylimääräiset papit
1800–1801 Karl Tapenius, armovuodensaarnaaja
1830–1833 Peter David Stark, apulainen
1834 Berndt Magnus Zilliacus, apulainen
1836 Adolf Lyra, välisaarnaaja
1836–1839 Karl Magnus Alopæus, välisaarnaaja
1855–1856 Gustaf Robert Böök, virkavuodensaarnaaja
1856 Anders Rosberg, armovuodensaarnaaja
1850–1864 Otto Gustaf Blomgren, vt. kappalainen, apulainen
1878 Johan Vilhelm Ahlstedt, kirkkoherranapulainen
1880 Peter Härkönen, kirkkoherranapulainen
1882 Anders Hälvä, virallinen apulainen
1883–1888 Karl Robert Tavast, vt. kirkkoherra
1886–1888 Karl Robert Tavast, vt. kirkkoherra
1886 Paavo Pitkänen, virallinen apulainen
1888–1891 Oskar Herman Bergström, virallinen apulainen, vt. kirkkoherra
1890 Gustaf Henrik Kauppila, virallinen apulainen
1891 Nestor Nordling, virallinen apulainen
1892–1895 Viktor Pusa, virallinen apulainen
1898–1901 Niilo Pispala, virallinen apulainen
1901 Juhana Kustaa Sakkinen, virallinen apulainen
1901–1905 Kaarle Teodor Nikolai Hulkkonen, virallinen apulainen, vt. kirkkoherra
1905–1909 Antti Hälvä, kirkkoherranapulainen, vt. kirkkoherra
Arkisto
Rautjärven seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1858, tilikirjat vuodesta 1745 ja historiakirjat vuodesta 1746. Seurakunnan arkistosta on vain osa säilytyksessä mikrokuvatussa muodossa Kansallisarkisto Mikkelissä ja alkuperäisiä kirkonkirjoja ei ole luovutettu arkistoon.
Suurin osa seurakunnan kirkonarkistoa tuhoutui pappilan palossa 31.7.1856. Alkuaan luultiin koko arkiston tuhoutuneen, mutta pappilan palossa säilyi syntyneiden luettelot vuosilta 1746–1776, vihittyjen luettelot vuosilta 1756–1789 ja kuolleitten luettelot vuosilta 1746–1783 sekä kirkon tilit 1746–1752, kaikki samana yhtenä siteenä.
Kansallisarkisto on digitoinut Rautjärven seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.