Perustettiin Viitasaaren emäseurakunnan rukoushuonekunnaksi tuomiokapitulin suostuttua saarnahuoneen rakentamiseen 12.4.1780. Saarnahuone valmistui 1783. Alkuaan emäseurakunnan papisto piti jumalanpalveluksia saarnahuoneessa joka kolmas pyhä. Muodostettiin saarnahuonekunnaksi, kun seurakuntaan asetettiin oma saarnaaja tuomikapitulin päätöksillä 4.4.1796 ja 10.3.1798 sekä kuninkaan käskykirjeen 18.6.1799 nojalla.
Seurakuntalaiset vapautettiin emäseurakunnan kirkon rakentamisvelvollisuudesta ja Pihtipudas muodostettiin kappeliseurakunnaksi keisarin käskykirjeellä 7.12.1833. Erotettiin Viitasaaresta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarin käskykirjeellä 1.10.1863, jolloin määrättiin kirkkoherran ja pitäjänapulaisen hoidettavaksi. Ensimmäinen kirkkoherra astui virkaansa 1879 ja seurakunnan aluetta laajennettiin keisarin käskykirjeellä 22.8.1877.
Maakirjakylät
Alvajärvi, Elämäjärvi, Muurasjärvi, Pihtipudas, Säkkärämäki, Seläntaus, Sydänmaa
Naapuriseurakunnat
Papisto
Myllyahon uudistila annettiin virkataloksi maaherran päätöksellä 30.5.1794 ja vahvistettiin maanjako-oikeudessa 1839. Suostumus kappalaisen palkasta tehtiin 17.1.1796, vahvistettiin 18.6.1836 ja uusi suostumus tehtiin 26.5.1880. Virkatalon rakentamisesta ja kirkollisista maksuista Keisarillisen senaatin päätös 12.8.1880. Virkatalosta keisarin käskykirje 4.11.1884. Pitäjänapulaisen virkatalo Saunamäki ostettiin ja rakennettiin 1880.
Kirkkoherrat
1879–1915 Aleksander Gummerus
1917–1928 Matti Mikko Jaakkola
1929–1938 Kustaa Nestor Teräsmaa (Ståhlberg)
1939–1954 Matti Tukia
Kappalaiset
1800–1819 Johan Hageman
1819–1834 Karl Gabriel Lyra
1834–1837 Anders Kiljander
1837–1851 Karl Viktor Tavaststjerna
1852–1856 Immanuel Robert Vallenius
1857–1865 Karl Magnus Dahlström, virka lakkautettiin
1909–1913 Matti Mikko Jaakkola
1914–1919 Robert Ilmonen, virka lakkautettiin
Virallinen apulainen
1919–1920 Harald Pennanen
1921–1922 Hannes Anttila
1921–1922 Yrjö Armas Aittokallio (Lehmusvirta)
1930–1931 Yrjö Ruskeala
1931 Toivo Tarkka
1932–1933 Paavo Liimatainen
1934–1941 Väinö Vihtori Nurmisto
1941–1945 Pauli Linnansaari
1945 Veikko Ilmari Virnes
1945–1950 Vilho Armas Valjakka
Pitäjänapulaiset
1868–1871 Frans Karl Otto Vilhelm Vinter, vt. kappalainen
1871–1876 Natanael Kulhanen, vt. kappalainen
1880–1899 Anders Vilhelm Leonard Gyllenbögel
1900–1907 Heikki Salonen
1909– Matti Mikko Jaakkola
Ylimääräiset papit
1837 Anders Gustaf Eklund, välisaarnaaja
1851–1852 Karl Ekman, välisaarnaaja
1856–1857 Malakias Faler, välisaarnaaja
1865–1868 Albert August Lindbohm, vt. kappalainen
1876–1880 Anders Vilhelm Leonard Gyllenbögel, vt. kappalainen, kirkkoherra ja pitäjänapulainen
1899–1900 Otto Hjalarm Pakarainen, vt. pitäjänapulainen
1908–1909 Juhani Vilkki, vt. pitäjänapulainen, vt. kirkkoherra
Arkisto
Pihtiputaan seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1870, tilikirjat vuodesta 1789 ja historiakirjat vuodesta 1784. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Jyväskylässä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1784–1892.
Seurakunnan pappila paloi 1.7.1881, jolloin tuhoutuivat kommunio- eli rippikirjat vuosilta 1801–1869 ja historiakirjat vuosilta 1800–1880.
Kansallisarkisto on digitoinut Pihtiputaan seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.