Mainitaan pitäjänä ainakin jo 1442. Seurakunta erotettiin Sysmän emäseurakunnasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi noin 1465 ja sai oma kirkkoherran ehkä jo 1471. Seurakunnan kirkko on ollut Pyhän Birgitan nimikko. Kuhmoinen kuului seurakuntaan kappelina ainakin 1540–1639 ja uudelleen 1741–1860. Padasjoen kunta perustettiin 1865.
Muut nimet
Padasjoki
Kylät
Alho, Auttoinen, Hinttola, Jokioinen, Kasiniemi, Kaukela, Kellosalmi, Lieso, Maakeski, Nyystölä, Osoila, Pappila, Syrjäntaka, Torittu, Vesijakaa, Virmaila
Naapuriseurakunnat
Papisto
Papiston palkasta tehtiin suostumus 14.2.1729 ja se vahvistettiin 28.3.1732 ja 14.12.1734. Palkasta keisarillisen senaatin päätös 19.3.1819. Uusi suostumus tehtiin 28.8.1853 ja se vahvistettiin 5.11.1853. Palkasta keisarillisen senaatin päätös 27.5.1875.
Kirkkoherrat
1497 Henricus
1553 Jöns
1560–1561 Peter
1566–1573 Barholdus Matthiae
1575 Ludvik
1578 Ludvik
1578–1601 Thomas Matthiae
1606 Jakob Georgii
1607–1620 Thomas Ardreae
1632 Bernhard Thomae
1634 Bernhard Thomae
1634–1639 Matias Michaelis
1642–1650 Matias Laurentii
1655 Gregorius Gregorii
1662–1670 Abraham Nicolai
1674–1682 Erik Griip
1689 Johan Hindersson
1691–1710 Sakari Colliander
1712 Anders Hirn
1723–1734 Anders Orraeus
1734–1741 Simon Mulinus (Molin)
1742–1770 Aaron Limatius
1743 Aaron Limatius
1771–1795 Joakim Clewe
1797–1800 Fabian Gestrin
1803–1811 Anders Vilhelm Hirn
1814–1849 Jakob Lindeqvist
1852–1860 Adolf Reinhold Lang
1862–1868 Magnus Ingman
1871–1897 Gabriel Lindeqvist
1899–1901 Frans Oskar Kekoni
1905–1907 Jakob Schroderus
1908 Kanutus Onni Nyström, nimitettiin, mutta ei astunut virkaan 1910
1910–1942 Kaarlo Albert Lauri
Kappalaiset
1560 Ludvik
1614 Adreas Petri
1636 Johannes Bartholdi
1637 Anders
1639 Anders
1655 Abraham Nicolai
1658 Abraham Nicolai
1662–1670 Georgius Aeschilli
1675–1684 Peter Martini Uronius
1684–1692 Erik Wirilander
1707–1740 Gustaf Arrhenius
1740–1765 Matias Svedelius
1766–1787 Johan Molin
1789–1805 Arvid Adolf Arvidsson
1806–1808 Karl Johan Grahn
1810–1828 Gustaf Steen
1828–1849 Jakob Johan Lindeqvist
1850–1871 Gabriel Lindeqvist
1871–1878 Frans Fritjof Ferdinand Cavén
1878–1882 Gustaf Erander
1883–1889 Jakob Alexander Sievo
1892–1902 Nestor Nordling
1902–1927 Uuno Vilhelm Raekallio (Hagelberg), virka lakkautettiin
Apupapit ja armovuodensaarnaajat
1732–1738 Mathias Svedelius
1743 Mathias Tammelin, ylioppilas
1747 Samuli Aspholm
1747 Adam Arenius, sotilaspappi
1748 Arvid Ekedahl
1753–1756 Mathias Tapenius
1756 Topias Tikander
1757 Petrus Sandgren
1764 Johan Molin, maisteri
1765–1769 Johan Andersin
1767–1772 Georg Wallgren
1774 Carl Streng, sotilaspappi
1781–1786 Stephan Björnholm
1786–1788 Johan Labbarth
1783–1794 Henrik Gustaf Åkerman
1794–1803 Georg Alvenius, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1807–1818 Samuel Grönqvist, kappalaisen ja kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1849 Paul Urbin, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1851–1852 Paul Urbin, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1850–1851 Karl Ekman, virka- ja armovuodensaarnaaja
1851 Malakias Faler, armovuodensaarnaaja
1901–1905 Otto Edvard Lahtinen, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja, vt. kirkkoherra
Ylimääräiset papit
1803–1810 Gustaf Steen, kirkkoherran apulainen
1805–1806 Erik Engman, vt. kappalainen
1818–1825 Johan Ihlström, kirkkoherran apulainen
1825–1828 Jakob Johan Lindeqvist, kirkkoherran apulainen
1829–1841 Johan August Albrekt Appelroth, kirkkoherran apulainen
1841 Gabriel Lindeqvist, kirkkoherran apulainen, välisaarnaaja
1841–1843 Alexander Asp, kirkkoherran apulainen
1843–1850 Gabriel Lindeqvist, kirkkoherran apulainen, välisaarnaaja
1860–1862 Johan Adolf Alopaeus, välisaarnaaja, vt. kappalainen
1882–1883 Oskar Vilhelm Oksanen, vt. kappalainen
1889–1892 Viktor Pusa, vt. kappalainen
1901–1902 Nestor Norling, vt. kirkkoherra
1902 Johan Gabriel Lindell, vt. kirkkoherra
1909 Uno Ivar Valaanne, vt. kirkkoherra
Arkisto
Padasjoen seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1723, tilikirjat vuodesta 1772 ja historiakirjat vuodesta 1739. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Hämeenlinnassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1723–1929.
Pappilan palossa 7.7.1831 tuhoutui suuri osa vanhinta arkistoa, muun muassa luettelot syntyneistä ja kastetuista 1697–1738, vihitystä 1723–1738 ja kuolleista ja haudatuista 1697–1738 sekä lastenkirja vuodesta 1713. Sisällissodan aikana pidettiin seurakunnan kirkossa hevoisia, alttaritaulu lävistettiin, sakaristossa hävitettiin noin 3000 rippileipää, sakariston lämmitysuunissa poltettiin osa kirkon arkistoa ja kirkon kellarista vietiin kaikki rippiviini. Kirkko kellotapuleineen paloi 6.4.1924 perustuksiaan myöden ja palossa tuhoutui vanhoja tilikirjoja ja kuulutuksia.
Kansallisarkisto on digitoinut Padasjoen seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.