Perustettiin Kuopion emäseurakunnan kappeliksi 1769. Kirkon seinät rakennettiin jo 1738 mutta ne jäivät kuitenkin ilman kattoa. Uuden ristikirkon rakentamista ehdotettiin piispantarkastuksessa 1753, jolloin määrättiin emäseurakunnan papisto joka kolmas sunnuntai pitämään paikkakunnalla jumalanpalveluksia. Erotettiin Kuopiosta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi Keisarillisen senaatin päätöksellä 20.2.1816. Kirkkoherran ja kappalaisen lisäksi seurakunnassa oli pitäjänapulainen 1865–1870.
Seurakunnan alueella sijainnut Juankosken tehdasseurakunta siirrettiin kuuluvaksi Muuruveden seurakuntaan 1907 ja se muodostettiin omaksi kirkkoherrakunnakseen 1923. Seurakunta jaettiin kolmeen osaan 1899; Nilsiän, Muuruveden ja Varpaisjärven seurakuntiin. Jako toteutui 1900. Seurakunnan rajakyliä liitettiin perustettuun Kasurilan eli Siilinjärven seurakuntaan 1908. Nilsiän kunta perustettiin 1869, muodostettiin kaupungiksi 1998 ja liitettiin Kuopion kaupunkiin 2013.
Maakirjakylät
Eitinkansalo, Hakkarla, Haluna, Hipanlahti, Kaaraslahti, Konttimäki, Lukkarinsaari, Mikkajärvi, Murtolahti, Niinimäki Nilsiä, Onkivesi, Pajujärvi, Palonurmi, Pieksä, Reittiö, Ruohoinen, Siikajärvi, Sydänmaa, Syvärilä, Sänkimäki, Vanhakeyritty, Vuotjärvi
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kappelin talo ostettiin yhdistettäväksi kappalaisen virkataloon 16.7.1794. Kirkkoherralle Muuruveden kruunun siiankalastuksesta tulleista kymmenyksistä keisarin päätöksessä 6.3.1841. Kappalaisen palkasta keisarillinen päätös 25.1.1878.
Kirkkoherrat
1820–1830 Anders Johan Brofeldt
1836–1864 Adolf Fredrik Hjelmman
1867–1879 Karl Mårten Kiljander
1881–1905 Johan Teodor Dahlström
1907– Herman Miettinen
Kappalaiset
1771–1791 Johan Palanders
1791–1820 Anders Johan Brofeldt
1821–1838 Arvid Johan Sirelius
1841–1877 Henrik Jonatan Melartin
1879–1888 Zakris Gustaf Anstén
1891–1901 Konrad Ferdinand Melartin
1902– Juhani Hannuksela
Pitäjänapulaiset
1864–1870 Johan Gustaf Snellman, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra, pitäjänapulainen
Ylimääräiset papit
1820–1821 Arvid Gottfrid Nordqvist, vt. kappalainen
1825–1826 Henrik Jonatan Melartin, kirkkoherran apulainen
1826–1828 Anders Johan Venell, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1827–1828 August Blomqvist, kappalaisen apulainen
1828–1829 Peter Johan Fredrik Brofeldt, kirkkoherran apulainen
1828–1829 Gustaf Gabriel Bonsdorff, vs. kappalainen, kirkkoherran apulainen
1829 Karl Adolf Höckert, vs. kappalainen
1830–1834 Gustaf Borg, vs. kappalainen, armovuodensaarnaaja
1831 Peter Eskling, virkavuodensaarnaaja
1831–1832 Gustaf Gabriel Bonsdorff, vs. kappalainen, kirkkoherran apulainen
1834–1836 Kristian Joakim Åkerman, sijaiskirkkoherra
1838–1839 Gustaf Adolf Svahn, kappalaisen apulainen, kirkkoherran apulainen
1839–1841 Gustaf Borg, vs. kappalainen, armovuodensaarnaaja
1840–1841 Lars Anders Landgren, kirkkoherran apulainen, persoonallinen pitäjänapulainen
1841–1842 Karl Reinhold Bonsdorff, kirkkoherran apulainen
1844–1846 Alexander Edvard Ruuth, kirkkoherran apulainen
1846–1851 Lars Anders Landgren, kirkkoherran apulainen, persoonallinen pitäjänapulainen
1849–1850 Gustaf Adolf Svahn, kappalaisen apulainen, kirkkoherran apulainen
1851–1858 Bernhard Kristfrid Sarlin, kirkkoherran apulainen
1858–1864 Henrik Vilhelm Ehnberg, kirkkoherran apulainen
1870 Frans Niklas Lackström, sijaiskirkkoherra, Juvankosken tehtaan saarnaaja
1870–1873 Karl Sanfrid Nyman, sijaiskirkkoherra
1873–1874 Matias Hinkula, sijaiskirkkoherra
1874–1877 Karl Heinemann, sijaiskirkkoherra
1876–1879 Vilhelm Malmberg, sijaiskirkkoherra
1878–1879 Konrad Ferdinand Melartin, vt. kappalainen
1878 Ernst Gustaf Kyander, sijaiskirkkoherra
1879–1881 Niilo Karlsberg, sijaiskirkkoherra
1884 Johan Sidensnöre, sijaiskirkkoherra
1884–1885 Justus Georg Staudinger, kappalaisen apulainen
1885–1891 Pekka Korhonen, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1889 Erik Johan Valdemar Ekroth, vt. kirkkoherra
1892 Albin Viljakainen, kirkkoherran apulainen
1892 Feliks Lujanen, kirkkoherran apulainen
1896–1897 Arvi Esaias Ruuskanen, kirkkoherran apulainen
1901 Juho Abram Pietola, kirkkoherran apulainen
1901–1902 Antti Haikola, vt. kirkkoherra
1903 Jooseppi Lescelius, kirkkoherran apulainen
1904 Erkki Juhana Turtiainen, vt. kappalainen
1904–1907 Niilo Aleksanteri Huttunen, kirkkoherran apulainen
1907– Gottlieb Aron Kleofas Hymander, kirkkoherran apulainen
Arkisto
Nilsiän seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1766, tilikirjat vuodesta 1753 ja historiakirjat vuodesta 1771. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Joensuussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1738–2012.
Kansallisarkisto on digitoinut Nilsiän seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1870-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.