Perustettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarillisen senaatin päätöksellä 25.1.1899, jolloin Nilsiän emäseurakunta päätettiin jakaa kolmeksi seurakunnaksi ja papiston palkkausjärjestelyt vahvistettiin perustettuihin seurakuntiin. Uuden seurakunnan eroaminen astui voimaan 1.12.1909, jolloin ensimmäinen vakituinen kirkkoherra astui virkaansa. Kivikirkon piirrustuksen hyväksyttiin keisarillisen senaatin kirkollisasiain toimituskunnassa 2.12.1902. Kirkko rakennettiin harmaasta graniitista arkkitehti Josef Stenbäckin suunnitelmien mukaan 1904. Varpaisjärven kunta perustettiin 1911 ja liitettiin Lapinlahden kuntaan 2011.
Kylät
Jumiskylä, Korpijärvi, Kärsämäki, Lukkarila, Paloiskylä, Pitkälänmäki, Sutela, Urimolahti
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherrat
1909–1932 Gottlieb Aron Kleofas Hymander
Ylimääräiset papit
1908–1909 Gottlieb Aron Kleofas Hymander, vt. kirkkoherra, välisaarnaaja
Arkisto
Varpaisjärven seurakunnan rippi- ja historiakirjat alkavat vuodesta 1910.