Perustettiin Pietarsaaren kappeliksi 1637. Seurakunnan kirkko kärsi paljon vaurioita isonvihan aikana ja ennen tätä ukkonen oli pahoin vanhingoittunutta kirkontornia. Kysymys Pietarsaaren emäseurakunnan jakamisesta nousi esiin jo 1651, ja myöhemmin tämä uudistettiin, jolloin kuningas vastasi käskykirjeessään 14.8.1786, että jakaminen pantaisiin toimeen, ja samaan suuntaan antoi keisarillinen hallitseva konsistori kirjeen 12.8.1816. Lappajärven ero Lappajärvestä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi toteutui 1816, jolloin seurakunta sai oman kirkkoherran. Lappajärven kunta perustettiin 1865 ja osia kunnasta liitettiin Lapuan kuntaan 1938.
Seurakuntaan kuulunun Alajärvi erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1859, Kortesjärvi 1865, Evijärvi 1865 ja Vimpeli 1867. Seurakuntaan kuulunut Kauhajärven rukoushuone perustettiin 1871.
Kylät
Itäkylä, Kauhajärvenkylä, Kirkonkylä, Lamminkylä, Savonkylä, Tarvola
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherran virkataloksi ostettiin Pietilän tila 14.7.1814. Virkatalosta keisarin käskykirjeet 11.10.1813 ja 22.5.1888. Kappalaisen virkataloksi ostettiin Kyrönniemen verotila 1723. Kappalaisen virkatalon veroista suostumus kihlakunnanoikeuden pöytäkirjassa 9.5.1767.
Kirkkoherrat
1816–1832 Erik Castrén
1833–1875 Jakob Fellman
1876–1890 Isak Otto Appelberg
1891–1919 Anselm Nyström
1919– F. O. Lampola
Kappalaiset
1638– Pictorius
1642–1690 Johannes Laurentiuksenpoika Essevius
1690–1721 Laurentius Johanneksenpoika Essevius
1723–1724 Pietari Pelander (Pelo)
1725–1736 Samuel Simalin
1736–1758 Tuomas Tuomaanpoika Wilckman (Vilkkilä)
1763–1804 Isak Lagus
1807–1820 Mikael Lindfors
1820–1838 Henrik Gabriel Alcenius
1842–1875 Johan Ahlholm
1878–1889 Karl Gustaf Grönberg
1891–1930 Adolf Alexis Berger
1931– V. A. Lampola
Ylimääräiset papit
n. 1641 Kustaa Pelander, väliajansaarnaaja
1646–1659 Gabriel Knuutinpoika Weszynthius, kappalaisen apulainen
1660– Johannes Markuksenpoika Hamnius, kappalaisen apulainen
isoviha Henrik Thilgren, kappalaisen apulainen
isoviha Samuel Simalin, kappalaisen apulainen
1732–1737 Thomas Tuomaanpoika Wilkman (Vilkkilä), kappalaisen apulainen
1758–1763 Isak Lagus, kappalaisen viran armovuodensaarnaaja
1805–1807 Gabriel Sarlin, armovuodensaarnaaja
1818 Abraham Hellström, kirkkoherran apulainen
1820–1826 Erik Niklas Hildén, kirkkoherran apulainen
1826–1829 Karl Kristian Lindfors, kirkkoherran apulainen
1830–1832 Erik Ulrik Castrén, kirkkoherran apulainen
1832–1836 Johan Immanuel Fonselius, välisaarnaaja, papiston apulainen
1836–1839 Jakob Vettberg, kirkkoherran apulainen
1839–1842 Nils Frosterus, armovuodensaarnaaja
1841–1843 Johan Oskar Boisman, kirkkoherran apulainen
1843–1845 Jakob Hemming, kirkkoherran apulainen
1845 Johan Fredrik Reinius, kirkkoherran apulainen
1845–1846 Adolf Abraham Nylander, kappalaisen apulainen
1846–1850 Frans Peter Kemell, kappalaisen apulainen
1850–1852 Berndt Ferdinand Cajanus, kappalaisen apulainen
1851–1856 Peter Adolf Vasz, kirkkoherran apulainen
1852–1870 Johan Porthén, vs. kappalainen, kirkkoherran apulainen
1856 Karl Johan Idman, kirkkoherran apulainen
1870–1873 Johannes Bäck, kirkkoherran apulainen
1873–1875 Johan Zakris Hartman, kirkkoherran apulainen
1875–1876 Vilhelm Adrian Mandellöf, armovuodensaarnaaja ja kappalaisen apulainen
1876–1878 Berndt Israel Söderman, vt. kirkkoherra ja vt. kappalainen
1890 Gustaf Valfrid Stenros, vt. kappalainen
1890–1891 Aleksander Saarinen, vt. kirkkoherra ja vt. kappalainen
1908 Isak Teodor Tarmo, vt. kirkkoherra
Arkisto
Lappajärven seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1694, tilikirjat vuodesta 1727 ja historiakirjat vuodesta 1663. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Vaasassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1745–1949.
Kansallisarkisto on digitoinut Lappajärven seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.