Perustettiin Lapuan emäseurakunnan kappeliksi noin 1645, mitä ennen seurakunnassa mainitaan olleen jo saarnaajia ainakin vuodesta 1632. Seurakunnan kirkkoa ryöstettiin isonvihan aikana. Erotettiin Lapuasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi kuninkaan päätöksellä 23.1.1798, jolloin siihen liitettiin Alavuden kappeli. Suomen sodan aikana 1808 pappilasta rikottiin viisi ovea ja lukot, ruudut 10 ikkunasta, muurit kolmesta huoneesta sekä pihatuvasta ovi, lukko ja ikkunaruutuja. Muodostettiin uudelleen kappeliksi keisarin käskykirjeellä 11.12.1835 ja erotettiin uudelleen itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarin käskykirjeellä 21.2.1859.
Kylät
Ylijoki
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherrat
1799–1806 Anders Grönlund
1807–1823 Carl Fredrik Stenbäck
1826–1837 Erik Johan Snellman
1837–1878 virka lakkautettuna
1879–1887 Wilhelm Johansson
1888–1893 Nathanael Elfving
1894–1901 Wilhelm Johansson
1902–1912 Ludvig Hjalmar Svanberg
1913–1920 Toivo Kansanaho (Kansanen)
1920–1952 Eevertti Soini
Kappalaiset
1632–1661 Tuomas Kangaslin (Tavastius), saarnaaja
1662–1682 Elias Rislachius (Holfast), saarnaaja
1683–1703 Carl Hordelius
1705–1721 Simon Ariin
1722–1723 Johannes Hordelius
1723–1740 Henrik Thilgreen
1740–1778 Gabriel Collin
1779–1793 Johan Reinholm
1793–1838 virka lakkautettuna
1838–1839 Johan Jakob Ingman
1839–1849 Anders Nils Holmström
1849–1870 Jakob Wettberg
Apupappeja ja väliajansaarnaajia
1701–1705 Simon Ariin, apulainen
1775– Johan Åkerlund, kappalaisen apulainen
1792– Gabriel Bergenström, kappalaisen apulainen ja armovuodensaarnaaja
1801–1807 Karl Fredrik Lilius, kirkkoherran apulainen ja armovuodensaarnaaja
1808–1811 Karl Vilenius, armovuodensaarnaaja
1812–1813 Mårten Kristian Vestlin e Vesslin, kirkkoherran apulainen
1813–1817 Isak Immanuel Perdén, kirkkoherran apulainen
1817–1826 Berndt Gustaf Hällsten, kirkkoherran apulainen ja vt. kirkkoherra
1826–1833 Peter Wilhelm Kranck, kirkkoherran apulainen
1833–1836 Bror Henrik Reinhold Aspelin, kirkkoherran apulainen
1836–1838 Johan Fredrik Färling, kirkkoherran apulainen, välisaarnaaja
1838 Jakob Vettberg, välisaarnaaja
1853–1854 Niklas Robert Lagus, vs. kappalainen
1854–1857 Karl Nauklér, vs. kappalainen
1857–1858 Anders Abraham Favorin, vs. kappalainen
1858–1859 Anders Adrian Candolin, vs. kappalainen
1859–1862 Frans Jakob Chydenius, vs. kappalainen
1863–1864 Josef Werner Kjellberg, vs. kappalainen
1864–1867 Johan Helenius, vs. kappalainen
1868 Albert Emil Tallroth, vs. kappalainen
1868–1872 Adolf Kranck, vs. kappalainen, armovuodensaarnaaja
1872–1879 Klas Emil Hohenthal, vt. kappalainen, vt. kirkkoherra
1887–1888 Gustaf Adolf Taube, vt. kirkkoherra
1893–1894 Ludvig Hjalmar Svanberg, vt. kirkkoherra
1901 Kustaa Selim Tommila, vt. kirkkoherra
1901–1902 Juho Oskari Vaismaa, vt. kirkkoherra
1908 Johan Viktor Vierumäki, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
Arkisto
Kuortaneen seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1804, tilikirjat vuodesta 1686 ja historiakirjat vuodesta 1690. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Vaasassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1686–1925.
Kansallisarkisto on digitoinut Kuortaneen seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.