Perustettiin Ilmajoen emäseurakunnan saaranhuonekunnaksi 1673, mitä ennen kansantarinoiden mukaan Alajärven Tusan saarella kerrotaan olleen "luonnon temppeli", jossa olisi pidetty saarnoja. Muodostettiin kappeliseurakunnaksi 1701 ja seurakunta sai ensimmäisen oman papin 1707. Seurakunnan kirkko kärsi pahoin isonvihan aikana. Seurakunta liitettiin kappelina perustettuun Kuortaneen emäseurakuntaan 23.1.1798. Uusi 12-kolkkainen ja kumukattoinen kirkko rakennettiin 1825. Kurtane muodostettiin uudelleen kappeliksi ja liitettiin Alavuteen keisarin käskykirjeellä 11.12.1835, jolloin muodostunut emäseurakunta sai nimen Kuortane, mutta nimeä Alavus käytettiin yleisesti seurakunnan virallisen nimen rinnalla. Kuortane erotettiin uudelleen itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1859, mikä ero toteutui käytännössä vasta 1875, jollloin seurakunnan nimeksi tuli jälleen Alavus. Kirkko tuhoutui kokonaan palossa pääsiäisaamuna 7.4 1912. Alavuden kunta muodostettiin kauppalaksi 1974 ja kaupungiksi 1977.
Alavuden emäseurakunnan Sapsalammin ja Virtain kappelin Liedepohjan kylien asukkaat saivat luvan rakentaa oman kirkkorakennuksen keisarin käskykirjeellä 28.2.1861, mutta päätöstä ei pantu koskaan toimeen, eikä suunniteltua saarnahuonekuntaa koskaan perustettu. Aiempiin anomuksiin asiassa oli annettu epäävät päätökset tuomiokapitulissa 20.10.1813, hallitsevassa konsistorissa 22.4.1814 ja uudelleen konsistorissa 15.10.1817. Seurakunnan kuulunut Töysä perustettiin saarnahuonekunnaksi 1798 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1896.
Muut nimet
Alavo, Kuortane
Kylät
Alavus, Rantatöysä, Sapsalampi, Sulkava, Sydänmaa
Naapuriseurakunnat
Papisto
Papiston palkasta tuomiokapitulin päätöksessä 15.10.1788 ja hallitsevan konsistorin päätös 10.4.1812. Kirkkoherran virkatalosta otettiin maata kansakoulua varten keisarillisen senaatin päätöksellä 21.1.1869.
Kirkkoherrat
1837–1846 Erik Johan Snellman
1846–1875 Karl Fredrik Stenbäck
1878–1891 Johan Frans Sahlberg
1893–1940 Karl August Schroderus
Kappalaiset
1707–1714 Thomas Bethulinus (Bethulin)
1722–1731 Gabriel Lagus
1731–1744 Josef Ruuth
1745–1767 Johan Kreander
1768–1788 Elias Nibling
1789–1794 Johan Garvolius
1795–1796 Nils Aejmelaeus
1800–1827 Fredrik Sjöstedt
1827–1834 Isak Daniel Forsman
Apupapit ja väliajansaarnaajat
1789 Johan Wideman, väliajansaarnaaja
1797–1800 Jakob Hedberg, väliajansaarnaaja
1813–1816 Mårten Kristian Vesslin, kappalaisen apulainen
1826–1827 Fredrik Vilhelm Sjöstedt, kappalaisen apulainen
1829–1835 Anders Gustaf Cajanus, kappalaisen sijainen ja väliajansaarnaaja
1835–1836 Karl Gustaf Åkerlund, väliajansaarnaaja
1836–1837 Bror Henrik Reinhold Aspelin, väliajansaarnaaja
1837–1846 Johan Petter Snellman, kirkkoherran apulainen
1847–1851 Johan Fredrik Cajan, kirkkoherran apulainen
1851–1857 Karl Robert Sandelin, kirkkoherran apulainen
1857–1874 Karl Emil Stenbäck, kirkkoherran apulainen
1871 Gustaf von Essen, kirkkoherran apulainen
1874–1876 Berndt Israel Söderman, kirkkoherran apulainen ja vt. kirkkoherra
1876–1877 Oskar Forsman, vt. kirkkoherra
1877–1878 August Vilhelm Lund, vt. kirkkoherra
1883–1886 Karl Simelius, kirkkoherran apulainen
1886–1887 Karl Hjalmar Hildén, kirkkoherran apulainen
1887–1888 Lahja Hyvä Durchman, kirkkoherran apulainen
1887–1888 Juho Arvid Sarkkila, vt. kirkkoherra
1888–1889 John Waldemar Gustafsson, kirkkoherran apulainen
1889–1891 Olof Verner Bengs, kirkkoherran apulainen
1891–1892 Paavo Hyttinen, kirkkoherran apulainen ja väliajansaarnaaja
1891–1892 Arnold Melker Berger, sijaiskirkkoherra
1892–1893 Ludvig Hjalmar Svanberg, väliajansaarnaaja ja vt. kirkkoherra
1894 Paul Gustaf Wikman, vt. kirkkoherra
1895 Juho Oskar Levänen, vt. kirkkoherra
1896–1898 Matti Haataja, kirkkoherran apulainen ja vt. kirkkoherra
1898–1900 Heikki Abraham Autero, kirkkoherran apulainen
1902–1905 Juho Oskari Waismaa, kirkkoherran apulainen ja vt. kirkkoherra
1905 Henrik Verner Vehmanen, vt. kirkkoherra
1906 Aukusti Alfred Oravala, vt. kirkkoherra
1908 Johannes Saxén, kirkkoherran apulainen
1908– Allan Evert Oksanen, kirkkoherran virallinen apulainen, vt. kirkkoherra
1908–1911 Allan Evert Oksanen, kirkkoherran apulainen ja vt. kirkkoherra
1911–1912 Kaarle Mattila, kirkkoherran apulainen
1912 Kaiku Kallio, kirkkoherran apulainen
1913 Toivo Aaroni Koskela, kirkkoherran apulainen
1913 Harald Gustaf Hjalmar Pehrmand, kirkkoherran apulainen
1914 Johannes Kaukovaara, kirkkoherran apulainen ja vt. kirkkoherra
1914–1915 Jaakko Lammi, kirkkoherran apulainen
1915–1916 Otto Väinö Salomaa, kirkkoherran apulainen
1916 Kaarle Toivo Sarvela
1916–1917 Hugo Verner Maja, kirkkoherran apulainen
1917–1920 Sulo Arvo Vesala, kirkkoherran apulainen
1920–1922 Lauri Kaarlo Vuorikoski
1923 Jalmari Kahila
1923–1928 Paavo Jaakko Huida
Arkisto
Alavuden seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1757, tilikirjat vuodesta 1770 ja historiakirjat vuodesta 1721. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Vaasassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1757–1883.
Suomen sodassa Alavuden taistelun aikana 17.8.1808 osa seurakunnan arkistoa tuhoutui, esimerkiksi syntyneiden ja kastettujen luettelot vuosilta 1762–1808.
Kansallisarkisto on digitoinut Alavuden seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.