Perustettiin Tammelan emäseurakunnan kappeliksi 1631. Seurakunnan kappalainen oli yhteinen Perttulan eli Ypäjän sekä Humppilan kappeleiden kanssa, kunnes viimeksi mainittuihin seurakuntiin määrättiin omat kappalaiset keisarillisen senaatin päätöksellä 18.10.1871. Seurakunnan kirkko uusittiin 1779 ja korjattiin perusteellisesti 1862. Erotettiin Tammelasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarillisen senaatin päätöksellä 31.5.1892. Jokioisten kunta perustettiin 1873.
Muut nimet
Jockis
Maakirjakylät
Haapaniemi, Jokioinen, Jänhijoki, Kiipu, Latovainio, Laikalampi, Minkiö, Niemi, Pellilä, Rehtijärvi, Vaulampi
Naapuriseurakunnat
Papisto
Seurakuntaan kuulunella Jokioisten kartanolla ja tehtaalla oli oma saarnaaja 1805–1821. Jokioisten kartanon omistajalla oli patronaattioikeus Jokioisten kappalaisen virkaan samoin kuin Tammelan emäseurakunnan Humppilan ja Perttulan eli Ypäjän kappeliseurakunnissa, kunnes oikeus lakkautetiin keisarillisella käskykirjeellä 7.3.1870.
Kirkkoherrat
1902–1904 Nestor Nordling
Kappalaiset
1722–1746 Mikael Cadenius
1746–1799 Gabriel Sandsten
1800–1834 Anders Planman
1841–1870 Erik Napoleon Bonsdorff
1879–1886 Karl Oskar Mannström
1887–1893 Edvard Johansson
Tehtaan saarnaaja
1805–1821 Nils Israel Berghäll
Ylimääräiset papit
1745–1746 Gabriel Sandsten, kappalaisen apulainen
1767–1772 Salomon Möller, kappalaisen apulainen
1781–1783 Henrik Ingenius, kappalaisen apulainen
1783–1798 Erik Johan Borenius, kappalaisen apulainen
1798–1799 Anders Planman, kappalaisen apulainen
1826 Johan Vilhelm Elmgren, kappalaisen apulainen
1829 Samuel Nordgrén, virka- ja armovuoden saarnaaja
1830– Jakob Vettberg, kappalaisen apulainen
1836 Fredrik Corell, virkavuodensaarnaaja
1836–1838 Samuel Nordgrén, virka- ja armovuoden saarnaaja
1838–1841 Henrik Vilhelm Possén, armovuoden ja välisaarnaaja
1873–1878 Berndt Gustaf Lindell, vt. kappalainen
1878–1879 Karl Oskar Mannström, vt. kappalainen
1886–1887 Alexander Fredrik Mikael Bergius, vt. kappalainen
1887 Karl Alvar Palmroth, vt. kappalainen
1893–1902 Gustaf Emil Fager, vt. kappalainen, vt. kirkkoherra
1904 Wäinö Robert Konstantin Helle, vt. kirkkoherra
Arkisto
Jokioisten seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1667, tilikirjat vuodesta 1650 ja historiakirjat vuodesta 1650. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Hämeenlinnassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1564–1960.
Kansallisarkisto on digitoinut Jokioisten seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.