Alkuaan Tammelan emäseurakunnan rukoushuonekunta ainakin vielä 1664 ja myöhemmin Tammelaan kuulunut Perttulan kappeliseurakunta, jossa mainitaan pidetyn jumalanpalvelus joka toinen pyhä 1668. Kappeliseurakunnalla oli yhteinen kappalainen Humppilan ja Jokioisten kappelien kanssa, kunnes seurakuntaan määrättiin oma kappalainen keisarillisen senaatin päätöksellä 18.10.1871. Saarnavuoroista Perttulassa, Humppilassa ja Jokioisissa tuomiokapitulin päätöksissä 12.9.1750 ja 31.10.1810. Perttulan asukkaiden aiempaan hakemukseen saada oma pappi oli kuningas antanut epäävän päätöksen 31.10.1775. Erotettiin Tammelasta Ypäjän itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarillisen senaatin päätöksellä 31.5.1892. Ypäjän kunta perustettiin 1876.
Muut nimet
Perttula, Berttula
Kylät
Kartanonkylä, Levä, Manninen, Palikkala, Perttula, Varsanoja, Ypäjä
Naapuriseurakunnat
Papisto
Jokioisten kartanon omistajalla oli patronaattioikeus Perttulan kappalaisen virkaan kuten Tammelan emäseurakunnan Humppilan ja Jokioisten kappeliseurakunnissa, kunnes oikeus lakkautetiin keisarillisella käskykirjeellä 7.3.1870.
Kirkkoherrat
1902–1917 Gustaf Oskar Holmberg
1918–1919 Väinö Salonen, vt. kirkkoherra
1919–1938 Kaarle Kustaa Turtola
Kappalaiset
1875–1880 Arvid Lundén
1880–1901 Gustaf Oskar Holmberg, virka lakkautettiin
Ylimääräiset papit
1873–1875 Berndt Gustaf Lindell, vt. kappalainen, yhteinen Jokioisten kanssa.
1896 Frans Oskar Lampola, vt. kappalainen
1901–1902 Gustaf Oskar Holmberg, vt. kirkkoherra
Arkisto
Ypäjän seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1694, tilikirjat vuodesta 1649 ja historiakirjat vuodesta 1697. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Hämeenlinnass ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1649–1954.
Kansallisarkisto on digitoinut Ypäjän seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1870-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.