Mainitaan kirkkoherrakuntana ainakin 1431. Janakkala mainitaan paikkakuntana jo 1341. Seurakunnan kirkko lienee rakennettu 1400-luvun lopussa tai ainakin viimeistään ennen vuotta 1520. Rakennusajankohtaan viittaavat kirkon rakennustapa sekä kirkossa ollut Hämeenlinnan voudin Åke Tottin vaakuna. Kirkko laajennettiin ristikirkoksi 1849 ja maalattiin 1852. Seurakunta asetettiin Helsingin Aleksanterin-yliopiston prebendaksi Nummen seurakunnan asemesta keisarillisella kirjeellä 10.2.1830. Prebenda lakkautettiin keisarillisella käskykirjeellä 16.9.1853 ja lakkauttaminen astui voimaan 1.5.1855 alkaen. Janakkalan kunta perustettiin 1866.
Seurakuntaan kuuluneista Loppi mainitaan anneksina 1500-luvun puolivälissä, myöhemmin Vihdin emäseurakunnan kappelina kunnes se erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi ja pitäjäksi 1630-luvun alussa. Porvoon emäseurakuntaan kuulunut Mäntsälä muodostettiin Janakkalan kylistä 1585 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1616. Hausjärvi perustettiin kappeliksi 1611 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1855. Janakkalan Hiivolan kylän ja Kernaalan kylän Sipilän tila siirrettiin kuulumaan vuonna 1922 perustettuun Riihimäen seurakuntaan.
Maakirjakylät
Haapaniemi, Hakoinen, Hakumäki, Hamppula, Harviala, Heinäjoki, Hiisi, Hiivola, Hyvikkälä, Häitilä, Ikaloinen, Irjala, Jokimaa, Kauppila, Kerkkola, Kernala, Kiipula, Kilpiälä, Kirri, Kitu, Koljala, Konttila, Korpi, Kukkola, Kuotala, Kuumola, Käikälä, Lempelto, Leppäkoski, Mallinkainen, Melkkola, Monikkala, Mäskälä, Napiala, Niemenpää, Niinisalo, Nuoliala, Pappila, Rastila, Rehakka, Ryttylä, Räikälä, Salonen, Sauvala, Sillanpää, Syrjäntaka, Syvänoja, Taappola, Tarinmaa, Tervakoski, Turenki, Turkhauta, Tyry, Uhkoila, Vanaantaka, Virala, Vähikkälä, Vähä-Hiisi
Naapuriseurakunnat
Papisto
Papiston palkasta tehtiin suostumus 19.2.1734 ja se vahvistettiin 9.8.1734. Janakkalan kirkkoherra määrättiin palkkaamaan apulainen Hausjärvelle Keisarillisen senaatin päätöksellä 11.6.1819.
Kirkkoherrat
1471 Jonis Danielinpoika
1483–1497 Olavi
1541 Paavali
1545–1554 Beren Nilsson
1560–1583 Henricus Martini Rautia
1584–1594 Simon Henrici
1599–1616 Johannes Matthæj Särki
1614–1622 Ericus Thomæ
1623–1627 Niilo
1622–1644 Johannes Nicolai
1645–1666 Matti Laurinpoika Belterus
1667–1669 Samuel Nikolainpoika Frisius
1670–1681 Johannes Kristerinpoika Velinus
1722 Erik Coselius
1722–1726 Kristofer Pihlman
1727–1729 Erik Bärnstrand
1730–1746 Arvid Gebhardt
1747–1769 Emanuel Foenander
1770–1774 Gabriel Tenlenius
1775–1792 Karl Fontelius
1794–1806 Daniel Hirn
1807–1817 Nils Lignell
1821–1829 Gustaf Domander
1830–1834 Erik Gabriel Melartin, professori
1834–1843 Johan Matias Sundvall, professori
1847–1852 Axel Adolf Laurell, professori
1855–1867 Otto Johan Brander
1869–1885 Karl Heikel
1888–1940 Adolf Krank
1941–1953 Eevertti Pärnänen
Kappalaiset
1559–1570 Ambrosius Marcusson
1686–1606 Matthias Olai
1634–1654 Tuomas Johanneksenpoika
1651–1657 Jöns Westgöte
1658–1663 Jaakko Gregoriuksenpoika Theckalenius
1663–1684 Henrik Gregoriuksenpoika
1684–1694 Johannes Rautelinus
1694 Kristian Melartopaeus
1695–1697 Henrik Gregoriuksenpoika
1706–1711 Jonas Maununpoika Mjöd
1712–1713 Johannes Eliaanpoika Asp
1720–1751 Georg Pontanus
1752–1788 Matias Castrén
1790–1810 Samuel Judenius
1811–1835 Karl Fredrik Öhrnberg
1838–1846 Johan Henrik Keckman
1846–1854 Gustaf Polviander
1855–1857 Robert Borenius
1859–1885 Emil August Bredenberg
1889–1892 Johan Nestor Kalinen
1893–1896 Juho Koskinen
1897–1912 Martti Matias Hellevuori e Hellstén
1913–1921 Veli Abiel Heikinheimo
1921–1926 Lauri Ilmari Takala
1927–1934 Arvi Kalervo Lehtonen–Kaarlehto
1935–1946 Matti Paavo Koskela
1946–1953 Mauno Kalervo Mäkinen
Pitäjänapulaiset
1731–1734 Johan Pontanus
1781–1786 Gustaf Johan Tenlenius
1788–1808 Zacharias Lindell
Ylimääräiset papit
1729 Mikael Montin, kirkkoherran apulainen
1745–1746 Kristian Limnell, kirkkoherran apulainen
1754–1757 Matthias Ahonius, kirkkoherran apulainen
1764–1778 Karl Tecktonius, kirkkoherran apulainen
1779–1781 Gustaf Johan Tenlenius, kirkkoheran apulainen
1790– Erik Radin, kirkkoherran apulainen
1793–1799 Gustaf Domander, armovuodensaarnaaja
1794–1806 Abraham Wessel, kirkkoherran apulainen
1804–1806 Ezekiel Hildén, kirkkoherran apulainen
1806–1807 Johan Järnström, välisaarnaaja
1807–1811 Karl Fredrik Örnberg, kirkkoherran apulainen, välisaarnaaja kappalaisen virassa
1810–1813 Simon Helenius, välisaarnaaja kappalaisen virassa
1813–1821 Erik Johan Lignell, kirkkoherran apulainen, välisaarnaaja kirkkoherran virassa
1821 Jakob Ekberg, välisaarnaaja kirkkoherran virassa
1823–1826 Gustaf Villenius, kirkkoherran apulainen
1826 Erik Vilhelm Rangelius, kirkkoherran apulainen
1827–1834 Anders Johan Salovius, kirkkoherran apulainen
1834–1838 Karl Edvard Palander, armovuodensaarnaaja, kappalaisen virassa
1834–1842 Nils Aejmelæus, sijaiskirkkoherra, kirkkoherran apulainen
1842–1843 Vilhelm Andersson, kirkkoherran apulainen
1843–1844 August Edvard Granfelt, sijaiskirkkoherra
1844–1846 Magnus Edvard Alander, sijaiskirkkoherra
1846–1847 Karl Gustaf Mauriz Grönlund, sijaiskirkkoherra
1847–1855 Anton Lilius, sijaiskirkkoherra
1854–1855 Richard Teofil Pontelius, armovuodensaarnaaja kappalaisen virassa
1857–1859 Emil August Bredenberg, välisaarnaaja kappalaisen virassa
1885–1887 Johan August Aarne, armovuodensaarnaaja kirkkoherran virassa, vt. kappalainen
1887–1888 Johan Nestor Kalinen, armovuodensaarnaaja kirkkoherran virassa, vt. kappalainen
1888–1889 Adolf Henrik Järveläinen, vt. kappalainen
1896–1897 Karl Viktor Hurmerinta, vt. kappalainen
1914–1915 Aleksi Lehtonen
1919 Ilmari Salonen–Salomies
1921 Hugo Stenfors
1922 Lauri Halttunen
1925–1926 Veli Karhenmaa
1926 Rafael Toivonen
1927 Osmo Tiililä
1929 Viljo Elonheimo
1937–1941 Oke Peltonen
1941–1947 Aarne Laasio
1946–1952 Juhani Jääskeläinen
Arkisto
Janakkalan seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1707, tilikirjat vuodesta 1660 ja historiakirjat vuodesta 1643. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Hämeenlinnassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1660–1919.
Kansallisarkisto on digitoinut Janakkalan seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.