Perustettiin Lapväärtin emäseurakunnan kappeliksi, kun emäseurakunnan pitäjänkokouksessa päätettiin oman kirkon rakentamisesta Sidebyhyn eli Siipyyhyn 28.9.1783. Kuningas suostui kappalaisen asettamiseen perustettuun kappeliseurakuntaan 14.7.1785. Ensimmäinen kappalainen astui virkaansa 1787. Seurakuntaan liitettiin muutamia kyliä 1809.
Erotettiin Lapväärtistä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarillisella käskykirjeellä 17.4. 1860. Siirrettiin Turun arkkihiippakunnasta kuulumaan perustettuun Porvoon hiippakuntaan uudessa hiippakuntajaossa 14.7.1923. Siipyyn kunta perustettiin 1860 ja liitettiin Kristiinankaupunkiin 1973.
Muut nimet
Sideby, Sidebyy
Maakirjakylät
Sideby, Skaftung, Ömossa
Naapuriseurakunnat
Papisto
Seurakuntalaisten päivätyövelvollisuudesta kappalaiselle maaherran päätös 1.4.1809 ja Keisarillisen senaatin päätös 15.4.1820.
Kirkkoherrat
1877–1881 Henrik August Vegelius
1885–1898 Klas Emil Hohenthal
1898–1905 Jakob Eliel af Hällström, ensin vt. kirkkoherra
1906– Gabriel Erik Stenfors
Kappalaiset
1787–1795 Isak Fonselius
1797–1816 Mats Litzell
1818–1820 Henrik Damsten
1822–1838 Per Johan Sandelin
1838–1843 Karl Henrik Fonselius
1844–1851 Karl Josef Häggström
1851–1864 Klas Adolf Karsten, virka lakkautettiin
Ylimääräiset papit
1816–1818 Mårten Kristian Vesslin, armovuodensaarnaaja
1820–1822 Nils Henrik Chydenius, välisaarnaaja
1843–1844 Berndt Gustaf Ringbom, välisaarnaaja
1844 Elias Fredrik Alcenius, välisaarnaaja
1864–1870 Berndt Fredrik Nordlund, vt. kappalainen
1870–1871 Karl Henrik Lindgren, vt. kappalainen
1871–1877 Johan Henrik Vehmanen, vt. kappalainen
1881–1885 Jaakko Haapanen, vt. kirkkoherra
1905 Kustaa Fredrik Vihtinen, vt. kirkkoherra
1905–1906 Aleksanteri Kulla, vt. kirkkoherra
Arkisto
Siipyyn seurakunnan rippikirjat, tilikirjat ja historiakirjat alkavat vuodesta 1787. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Vaasassa.
Kansallisarkisto on digitoinut Siipyyn seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.