Loimaan emäseurakunnan Alastaron asukkaat saivat piispankäräjillä 7.2.1688 lupauksen, että joka toinen sunnuntai jumalanpalvelus pidettäisiin heidän rukoushuoneessaan. Muodostettiin kappeliseurakunnaksi 1690-luvulla oman kappalaisen myötä. Erotettiin Loimaasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi ja pitäjäksi keisarin käskykirjeellä 27.5.1861. Samalla määrättiin, että seurakunnan kappalaisen virka lakkautetaan ja seurakuntaan asetetaan pitäjänapulaisen virka. Alastaron kunta perustettiin 1869 ja liitettiin Loimaan kaupunkiin 2009.
Maakirjakylät
Ämmäinen, Auvainen, Hennijoki, Hintsala, Ilola, Kankare, Kojo, Koski, Lauroinen, Mälläinen, Männistö, Mökköinen, Niinijoensuu, Pispala, Reitola, Sikilä, Suutarla, Tammiainen, Vahvala, Vammala, Vännilä, Virtsanoja, Ylhäinen
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherrat
1869–1874 Henrik Johan von Pfaler
1876–1904 Eliel Tiodolf Lagus
1907– Johan Kristian Mäkinen
Kappalaiset
1694 Jacobus Zidénius
1722–1743 Olof Elgfooth
1744–1770 Gabriel Tenlenius
1771–1789 Johan Lilius
1791–1816 Henrik Pahlman
1818–1824 Jacob Syrenius
1826–1836 Anders Johan Hornborg
1836–1879 Josef Joakim Lagerbohm, virka lakkautettiin
Pitäjänapulaiset
1686–1695 Jakob Levonius
1695–1720 Kristian Voigt
1796–1816 Jakob Amnell, yhteinen Metsämaan kanssa
1817–1825 Anders Johan Hornborg, yhteinen Metsämaan kanssa
1826–1840 Samuel Anders Alm, yhteinen Metsämaan kanssa
1840–1847 Adrian Elers, yhteinen Metsämaan kanssa
1848–1855 Johan Reinhold Hammarén, yhteinen Metsämaan kanssa
1855–1866 Matias Vilhelm Hannelius, yhteinen Metsämaan kanssa
1882–1885 Isak Reinhold Tamminen
1886–1894 Herman Miettinen
1895–1898 Karl Edvin Petterson
1899–1904 Fredrik Julius Fredriksson
1905–1907 Edvard Kaukovaara (Kajander), myös vt. kirkkoherra
Ylimääräiset papit
1813–1816 Henrik Pahlman, kappalaisen apulainen
1816–1819 Daniel Ekvall, armovuodensaarnaaja
1821–1826 Adam Syrenius, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1836 Lars Johan Forselius, kappalaisen apulainen
1838–1841 Karl Isak Nordlund, kappalaisen sijainen
1841–1844 Viktor Adrian Bergroth, kappalaisen sijainen
1844–1848 Johan Reinhold Hammarén, kappalaisen sijainen
1847–1849 Oskar Olof Virzenius, vt. pitäjänapulainen, kappalaisen sijainen
1866–1867 Eliel Tiodolf Lagus, vt. pitäjänapulainen
1867–1868 Oskar Ludvig Kurtén, vt. pitäjänapulainen
1875–1876 Eliel Tiodolf Lagus, vt. pitäjänapulainen
1881 Johan Vilhelm Vartiainen, vt. pitäjänapulainen
1894–1895 Karl Edvin Petterson, vt. pitäjänapulainen
1898 Kustaa Emil Ramstedt, vt. pitäjänapulainen
1898–1899 Fredrik Julius Fredriksson, vt. pitäjänapulainen
1904–1905 Sturle Harald Berndtson, vt. pitäjänapulainen, vt. kirkkoherra
Arkisto
Alastaron seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1696, tilikirjat vuodesta 1757 ja historiakirjat vuodesta 1807. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Turussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1680–1960.
Kansallisarkisto on digitoinut Alastaron seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1890-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.