Perustettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi ja pitäjäksi noin 1420-luvulla. Ensimmäinen varsinainen merkintä asiakirjoissa seurakunnasta on vuodelta 1439. Kirkon rakentamisesta uudelleen kivestä hallitsevan konsistorin päätös 18.10.1814. Seurakuntaan kuuluneiden Männäisten ja ja Ypäjän kylien liittämisestä kuulumaan Perttulaan keisarin käskykirjeessä 10.12.1871.
Seurakuntaan kuuluneista Alastaro perustettiin kappeliksi 1688 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1861. Metsämaa perustettiin kappeliksi 1778 ja erotettiin 1914. Perä eli Peräkulma perustettiin rukoushuonekunnaksi 1820-luvulla ja erotettiin Mellilän nimellä 1913. Loimaan kauppala erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1928.
Muut nimet
Loimijoki
Kylät
Alastaron-Mäenpää, Eura, Haara, Haaroinen, Haitula, Hartoinen, Hattula, Hirvikoski, Hurskala, Ilmarinen, Inkilä, Joenperä, Juva, Karhula, Karsattila, Kauhanoja, Kemppilä, Kesärlä, Klockarla, Kojonperä l Koenperä, Köyliö, Krekilä, Kuninkainen, Kurittula, Kuttila, Lähde, Lappijoki, Levälä, Mäenpää, Niemi, Onkijoki, Pahikainen, Pappinen, Peltoinen, Piltola, Puujalkala, Raikkola, Seppälä, Sieppala, Torkkala, Vesikoski, Vilvainen
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherrat
,
1530-luvulla Hannu
1540–luvulla Olavi Jaakonpoika
1550–luvulla Mikael Tapaninpoika
1554–1587 Marcus Benedicti
1588–1622 Johannes Johannis
1624–1638 Georgius Johannis
1639–1640 Claudius Martinpoika Brennerus
1640–1658 Johannes Petruksenpoika Walstenius
1658–1675 Petrus Johanneksenpoika Walstenius
1677–1693 Kristian Procopaeus
1694–1715 Mathias Henrikinpoika Rungius
1721–1723 Jakob Rungius
1723–1749 Gabriel Lauraeus
1750–1781 Gustaf Gabriel Gabrielsson Haartman
1782–1802 Efraim Jakobsson Carenius
1806–1810 Josef Jonasson Mollin
1813–1815 Isak Hoeckert
1818–1824 Georg Laurell
1827–1857 Johan Adam Edman
1858–1865 Fredrik Hertzberg
1869–1900 Antero Warelius
1901–1906 Emil Joakim Savolin
1907–1917 Christian Sjöblom
1919–1926 Oskar Daniel Paloheimo
1928– Kaarlo Albinus Sovijärvi
Kappalaiset
1560-luvulla Knut
1570-luvulla Jöns
1578 Thomas Olai
1582 Knut
1580-luku Erik
1570-luku Lars Erikinpoika
1587 Jakob Henrikinpoika
1590-luku Jöns
1593 Matthias Laurentii
1600-luku Yrjö Markuksenpoika
1610–1635 Yrjö Paavalinpoika
1636–1648 Laurentius Petri Aboiensis Tammelin
1649–1658 Petrus Johannis Walstenius
1658–1661 Johannes Michaelis Brunlöf
1663–1674 Thomas Henrici Schroderus
1675–1694 Matthias Henrici Rungius
1695–1729 Jacobus Levonius
1695–1720 Henrik Matthiae Rungius
1720–1723 Christian Voigt
1730–1743 Johan Henriksson Rungius
1744–1767 Henrik Jakobsson Levonius
1769–1778 Anders Andersson Wagnbäck
1779–1785 Karl Magnus Sallgén
1786–1804 Johan Ahlstedt
1806–1814 Abraham Lilius
1815–1826 Karl Gustaf Ahlstedt
1827–1834 Fredrik Grönholm
1834–1867 Per Rönnbäck
1. kappalainen
1870–1886 Herman Pihlman
1887–1901 Johan Vilhelm Vartiainen
1901–1907 Henrik August Mäkinen
1910–1926 Edvard Kaukovaara (Kajander)
1926–1928 Kaarlo Albinus Sovijärvi
1929–1933 Verner Alfons (Alpo) Setälä
2. kappalainen
1884–1886 Aukusti Pouru
1886–1896 Teofil Gideon Varén
1896–1915 Karl Magnus von Essen
Pitäjänapulaiset
1620–luvulla Knut Klemetinpoika
1630–luvulla Tuomas Jaakonpoika
1640–luvulla Matias Tapaninpoika
1650–luvulla Johannes Mikaelinpoika Brunlöf
1662–1675 Mathias Henrikinpoika Rungius
1676–1682 Henrik Jonicus (Juonikas)
1683–1686 Jakob Levonius
1686–1695 Henrik Mathiaksenpoika Rungius
1695–1716 Anders Gummerus
1695–1720 Cristian Voigt
1722–1730 Johannes Rungius
1730–1736 Johan Siderus
1738–1790 Anders Jakobsson Levin, kappeliseurakunnissa
1737–1744 Henrik Levonius
1744–1758 Johan Brunnerus
1760–1771 Johan Lilius
1771–1785 Johan Ahlstedt
1786–1797 Daniel Johan Elers
1798–1807 Johan Gabriel Lilius
1808–1815 Karl Gustaf Ahlstedt
1817–1853 Fredrik Grönholm
1828–1853 Johan Axel Zidbäck
1853–1856 Oscar Olof Wirzenius
1858–1865 Johan Robert Wialén
Apupapit ja armovuoden saarnaajat
1743–1745 Daniel Wirzenius, kappalaisen viran armovuodensaarnaaja
1748– Samuel Granlund, kirkkoherran apulainen
1768–1771 Johan Ahlstedt, kappalaisen viran armovuodensaarnaaja
1772– Daniel Johan Elers, kirkkoherran apulainen
1774–1777 Gustav Levin, vt. kappalainen
1779– Henrik Pahlman, pitäjänapulainen
1787–1789 Henric Cumenius, kirkkoherran apulainen
1789–1816 Jakob Amnell, papiston apulainen, pitäjänapulainen, vt. kirkkoherra
1790–1792 Samuel Reinhold Chydenius, kappalaisen apulainen
1791–1797 Henrik Elers, papiston apulainen
1801–1808 Johan Ängblom, kirkkoherran apulainen
1803–1810 Efraim Malmberg, pitäjänapulaisen apulainen
1804–1806 Stefan Snellman, kappalaisen viran armovuodensaarnaaja
1806–1807 Karl Johan Packalen, kirkkoherran apulainen
1810–1813 Johan Kustaa Costiander
1813–1814 Karl Fredrik Bergroth
1814– Johan Kristian Lundbäck
1821–1823 Johan Henrik Forss
1824–1828 Mikael Kellman
1868–1870 Sven Rydberg
1870–1873 Johan Fredrik Lahtonen
1918 Yrjö Armas Lehmusvirta
1922–1929 Kaarlo Aaron Aukee
Ylimääräiset papit
1634 Georgius Pauli, diakoni
1640 Laurentius Petri Aboënsis
1780–luku Henrik Elers, kirkkoherran apulainen
1857–1858 Aleksander Edvard Nygren, välisaarnaaja
1865–1866 Jonatan Johansson, virkavuodensaarnaaja
1873 Johan Kustaa Alfred Helenius, kappalaisen apulainen
1875 Frans Oskar Blomqvist, vt. kappalainen
1875 Karl Henrik Lindfors, vt. kappalainen
1876 Ivar Marcus Tallgren, vt. kappalainen
1876 Erik Johan Gröndahl, vt. kappalainen
1876–1878 Kustaa Oskar Holmberg, vt. kirkkoherra
1879–1881 Johan Nikolaus Bolin, vt. 2. kappalainen
1881–1887 Johan Vilhelm Vartiainen, vt. 2. kappalainen, kirkkoherran apulainen, vt. 1. kappalainen
1886–1887 Johan Kristian Mäkinen, kirkkoherran apulainen
1888–1891 Henrik August Mäkinen, kirkkoherran apulainen
1892–1894 Aksel Hjalmar Rönnevaara (Rönberg), kirkkoherran apulainen
1895–1901 Herman Vihtori Selin, kirkkoherran apulainen ja vt. kirkkoherra
1904 Henrik August Mäkinen, vt. kirkkoherra
1928–1929 Paavo Oskari Ekko (Ekholm), vt. kappalainen
Arkisto
Loimaan seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1667, tilikirjat vuodesta 1631 ja historiakirjat vuodesta 1631. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Turussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1631–1960.
Kansallisarkisto on digitoinut Loimaan seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.