Perustettiin Pieksämäen rukoushuonekunnaksi 18.1.1866, jolloin rukoushuoneen rakentamiselle Pieksämäen Hällinmäen kylään annettiin armollinen lupa. Seurakuntaan sijoitettiin emäseurakunnan kirkkoherran apulainen 1882. Erotettiin Pieksämäestä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi Keisarillisen senaatin päätöksellä 19.10.1894. Tällöin uuteen seurakuntaan lisättiin Virtasalmen rukoushuonekunnan lisäksi maata Pieksämäestä 21 61/96 manttaalia, Juvasta 1 1/6 manttaalia ja osia Mikkelistä. Ero toteutui 1910. Virtasalmen kunta perustettiin 1896 ja liitettiin Pieksämäen kuntaan 2004.
Maakirjakylät
Haukivuori, Harjumaa, Hällinmäki, Kaitanen, Kantala, Längelmäki, Montola, Narila, Pohjoismäki, Tikkalanmäki, Uusimontola, Valkeamäki, Vehmas, Virtasalmi, Väisälä
Naapuriseurakunnat
Papisto
Sillanpään tilan puolitontti, 1/45 tilasta, lohkaistiin virkataloksi ja siitä maksettiin kahdeksan markkaa vuodessa 1900-luvun alussa. Virkatalolle hankittiin kirkkoherran virkatalon oikeudet kirkkoherrakunnan perustamisen jälkeen.
Ylimääräiset papit
1892–1893 Karl Roberg Tavast, kirkkoherran apulainen
1883–1894 Frans Viktor Hollming, kirkkoherran apulainen
1894–1905 Antti Hälvä, kirkkoherran apulainen
1905–1909 Kaarle Theodor Nikolai Hulkkonen, vt. kirkkoherra
1909– Kaarle Rietrikki Sorri, vt. kirkkoherra
Arkisto
Virtasalmen seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1882, tilikirjat vuodesta 1882 ja historiakirjat vuodesta 1905. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Mikkelissä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1882–1909.
Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut Virtasalmen seurakunnan kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.