Alkuaan luettiin kylänä kuuluvaksi Peräseinäjoen seurakuntaan ja sen ensimmäinen kirkko rakennettiin kruunun omistamasta Östermyran ruukin maalla sijainneesta ruutimakasiinista. Perustettiin Ilmajoen emäseurakunnan kappeliksi keisarin käskykirjeellä 10.2.1863. Erotettiin Ilmajoesta itsenäiseksi konsistoriaaliseksi kirkkoherrakunnaksi keisarillisen senaatin päätöksellä 28.1.1895. Seinäjoen kunta perustettiin 1868 ja muodostettiin kauppalaksi 1930 ja kaupungiksi 1960. Seinäjoen kaupunkiin liitettiin Peräseinäjoen kunta 2005 ja Nurmon ja Ylistaron kunnat 2009.
Kylät
Seinäjoki
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherrat
1900–1912 Eevertti Kustaa Koskimies (Forsman)
1912–1951 Eemil Oskar Ojala
Kappalaiset
1864–1869 Salomon Hirvinen
1869–1874 Vilhelm Lindstedt
1878–1883 Eugen Nyholm
1885–1891 Herman Ludvig Hellsberg
1892–1894 Yrjö Gideon Forsman
1895–1900 Eevertti Kustaa Forsman, virka lakkautettiin
Ylimääräiset papit
1874–1877 Albert Emil Tallroth, vt. kirkoherra, Nurmon kirkkoherra
1883–1885 Herman Ludvig Hellberg, vt. kappalainen
1891–1892 Yrjö Gideon Forsman, vt. kappalainen
1894–1895 Eevertti Kustaa Forsman, vt. kappalainen
Arkisto
Seinäjoen seurakunnan tilikirjat alkavat vuodesta 1900 ja historiakirjat vuodesta 1816. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Vaasassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1900–1939.
Kansallisarkisto on digitoinut Seinäjoen seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.