Mainitaan Viipurin emäseurakunnan kappelina 1541. Säkkijärvi mainitaan paikkana jo 1396. Erotettiin Viipurista itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1572. Seurakunta oli Viipurin linnaseurakunnan anneksina 1678–1684 ja Viipurin toisen kymnaasin toisen teologian lehtorin prebendana 1684–1710. Venäläiset ryöstivät seurakunnan kirkkoa ja polttivat molemmat pappilat isonvihan aikana ja 21.9.1741, jolloin koko kirkon omaisuus ryöstettiin. Seurakunta jaettiin kahtia Uudenkaupungin rauhassa 1721, ja Ruotsin puolelle jäänyt osa Säkkijärveä oli Porvoon lukion prebendana 1722–1730. Vuoden 1743 Turun rauhan tuloksena Säkkijärven pohjoinen osa kuului Kymenkartanon lääniin ja Haminan konsistoriin. Eteläinen osa puolestaan kuului vastedes Viipurin maaseurakuntaan. Uutta kirkkoa rakennettaessa seurakunta sai elokuussa 1746 nuhteita vastahakoisuudestaan osallistua kirkon rakennustöihin. Uuden kivisen kirkon rakentaminen aloitettiin 18.5.1830 ja se vihittiin käyttöön Kolminaisuuden kirkkona Mikon päivänä 1833. Seurakuntaan kuulunut Ylämaa erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1917 ja seurakunnasta liitettiin osia perustettuun Vahvialan kirkkoherrakuntaan 1919.
Osa Säkkijärven kunnasta luovutettiin Neuvostoliitolle 19.9.1944 solmitun välirauhansopimuksen mukaan ja loput liitettiin Miehikkälän ja Yläneen kuntiin 1946. Säkkijärven seurakunta lakkautettiin ja kaikkien luovutettujen alueiden seurakuntien toiminta päättyi 31.12.1949. Tämän jälkeen näiden siirtoseurakuntien luterilaiset jäsenet kirjattiin asuinpaikkakuntansa seurakunnan kirkonkirjoihin. Vuoden 1945 maanhankintalain mukaisen sijoitussuunnitelman mukaan Säkkijärven luovutettujen kylien asukkaat sijoitettiin Vehkalahdelle, Sippolaan, Valkealaan, Savitaipaleelle, Luumäelle ja Lemille.
Maakirjakylät
Alahäme, Alaoutila, Häsälä, Heinlahti, Hujakkala, Huovila, Hyppälä, Hyttilä, Ihaksela, Iivanala, Jokikylä, Kallola, Karvala, Kaukiala, Kirkonkylä, Kolhola, Lahnajärvi, Lahtiala, Laihajärvi, Laisniemi, Lavola, Muhutlahti, Nisalahti, Nurmela, Paakkala, Rakkola, Ristsatama, Säämälä, Salajärvi, Santajoki, Siissala, Sirkjärvi, Suurpäälä, Tapiola, Teikarsaari, Timperilä, Väkevälä, Vilajoki, Vilaniemi, Villala
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherran virkataloksi annettiin 1 1/2 veromaata 1572. Papiston palkasta kihlakunnanoikeuden pöytäkirjassa 1766 ja palkkausvahvistus 1769. Suostumus papiston palkasta tehtiin 16.1.1848 ja se vahvistettiin 1.4.1848. Maakauppiaitten kirkollisista maksuista kirkonrakentamisessa keisarillisen senaatin päätös 8.12.1870. Myllynomistajien kirkollisista maksuista keisarillisen senaatin päätös 23.3.1876.
Kirkkoherrat
1572–1615 Georgius Martini
1616–1631 Matthias Georgii Friare
1632–1651 Laurentius Laurentii
1652–1675 Franciscus Laurentii
1675–1678 Thomas Farncisci Korpaeus
1679–1684 Erik Cupræus, anneksapappi
1730–1737 Matthias Polin
1738–1744 Johan Carmelin
1744–1746 David Leistenius
1748–1786 Erik Sylvin
1788–1841 Erik Sylvin
1843–1868 Erik Reinhold Sylvin
1857–1897 Otto Mauritz Nordström
1898–1920 Frans Alfred Carpen
1924–1936 Erkki Hynninen
1938–1948 Hannes Lahti
Kappalaiset
–1585 Johan Petri
1592 Mårten
1593–1616 Matthias Georgii
1616–1632 Laurentius Laurentii
1638–1652 Franciscus Laurentii Korpaeus
1657–1673 Thomas Francisci Korpaeus
1675–1680 Laurentius Matthiae
1682–1694 Claudius Thaniander
1697–1735 Henricus Claudii Hoppius
1739–1784 Fabian Olander
1786–1796 Anders Grenqvist
1798–1821 Anders Virenius
1824–1855 Johan Henrik Zweygberg
1857–1884 Daniel Kristian Hirn
1887–1928 Hugo Benjamin Sulin
1929–1938 Hannes Lahti
1938–1940 Eero Vähäpassi
1940–1945 Heikki Immonen
Apupapit ja armovuodensaarnajat
1680–1682 Arvid Sorthanus, vt. kirkkoherra
1688–1689 Henrik Hoppius, vt. kirkkoherra
1690–1693 Erik Kekonius, vt. kirkkoherra
1693–1705 Erik Aquilander, vt. kirkkoherra
1706–1710 Peter Forsander, vt. kirkkoherra
1722–1730 Matthias Polin, vt. kirkkoherra
1753–1765 E. Jussenius
1780–1788 Erik Sylvin
1755–1786 Anders Grenqvist
1792–1796 Anders Virenius
1805–1806 G. M. Elephant
1815–1817 Vilhelm Björksten
1818–1820 Adam Höijer
1820–1821 Peter David Starck
1821–1824 Adam Höijer
1821–1843 Erik Renhold Sylvin
1842 Gregorius Monell
1842–1843 Per Mauritz Forsblom
1845–1846 Alexander Magnus Oleander
1849–1857 August Magnus Tolpo
1868–1871 Henrik Vilhelm Salenius
1871–1872 Karl David Axel Hirn
1877–1879 Frans Viktor Hollming
1879 Adolf Tiainen
1881–1882 Johan Emil Lindegren
1882–1887 Axel Anton Lindegren
1889–1895 Konstantin Anshelm Virtanen
1895–1898 Sven Robert Arthur Piira
1898–1900 Matti Tienari
1900–1902 Kustaa Nestori Korpela
1902–1903 Frans Hjalmar Prins
1903–1906 Niilo Vitikainen
1940–1945 Heikki Immonen, vt. kappalainen, sotilaspastori
1948–1949 Urho Valtari, vt. kirkkoherra
Arkisto
Säkkijärven seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1738, tilikirjat vuodesta 1746 ja historiakirjat vuodesta 1737. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Mikkelissä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1728–1990.
Seurakunnan lakkauttamisen jälkeen sen arkisto siirrettiin evankelis-luterilaisen kirkon keskushallinnon alaiseen Lakkautettujen seurakuntien keskusarkistoon (LSKA), jossa asiakirjoihin tehtiin merkintöjä vuoteen 1990. LSKA liitettiin Mikkelin maakunta-arkistoon 1990.
Kansallisarkisto on digitoinut Säkkijärven seurakunnan kaikki kirkonkirjat. Yli 100 vuotta vanha aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. 100 vuotta nuoremmat aineistot ovat käytettävissä kaikissa Kansallisarkiston tutkijasaleissa ja niiden käyttäminen edellyttää käyttöluvan hakemista.