Mainitaan itsenäisenä kirkkoherrakuntana ja pitäjänä ainakin jo 1366. Seurakunnan kirkko lienee ollut Pyhän Mikaelin nimikko. Seurakuntaan jo katolisena aikana kuulunut Yläneen kappeli, joka mainitaan ainakin 1392, erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1875. Seurakuntaan kuulunut Oripää perustettiin saarnahuonekunnaksi, muodostettiin kappeliksi 1778 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1901. Seurakuntaan kuuluneet Hypöisten, Kuuskosken, Lahdon ja Viilalan kylät liitettiin perustettiin Auran kirkkoherrakuntaan 1908.
Muut nimet
Pöytis
Kylät
Auvainen, Ellinen, Helttula, Himainen, Jalkala, Juotola, Juva, Kantola, Karhunoja, Kaulanperä, Kaulansuu, Koivisto, Kolkkinen, Kulhua, Kumila, Lankkinen, Leisala, Mäkiäinen, Mustanoja, Naaranoja, Oja, Ordenoja, Paju, Pappila, Pihlava, Pöytyän Haveri, Puho, Raatikainen, Riihikoski, Taipalsaari, Vauranoja, Vistola
Naapuriseurakunnat
Papisto
Pitäjänapulaisen virka lakkautettiin keisarin käskykirjeellä 4.5.1870.
Kirkkoherrat
1554 Anders
1555 Johannes eli Jöns
1557–1560 Andreas Henrici
1562–1567 Philippus Olai Rinder
1567–1579 Ions Siffredsson
1581–1589 Christianus Andreae
1591–1629 Nicolaus Petri
1630–1654 Gregorius Olai Björneburgensis
1710–1737 Mathias Sigfridi Salinius
1741–1760 Andreas Lizelius
1761–1774 Jakob Aejmelaeus
1777–1797 Samuel Mellenius
1799–1818 Johan Sundvall
1824–1855 Karl Helenius
1857–1858 Erik Almberg
1859–1876 Viktor Adrian Bergroth
1879–1896 Gustaf Julius Ahlman
1897–1909 Gustaf Magnus Boijer
Kappalaiset
1584–1591 Nicolaus Petri
1593–1612 Micael Johannis Brunkalensis
Sigfridus Lemoensis
Henricus Thomæ Rimotoensis
1628–1630 Gregorius Olai Björneburgensis
1628–1662 Matthias Henrici
1872–1879 Gustaf Julius Ahlman
1879–1885 Johan Fredrik Hellman
1887– Nikolai Lundahl
Pitäjänapulaiset
1723–1734 Johan Hornaeus
1734–1737 Gabriel Salinius
1737–1781 Simon Sipelius
1782–1815 Sven Mellenius
1818–1836 Nils Kristian Ahlstedt
1836–1843 Jakob Vahlberg
1843–1854 Fredrik Gabriel Hedberg
1856–1865 Johan Fredrik Mannström, virka lakkautettiin 1870
Ylimääräiset papit
1739–1741 Andreas Lizelius, vt. kirkkoherra
1755– Johan Lilius, kirkkoherran apulainen
1763– Thomas Pedelius, papiston apulainen
1774– Anders Lars Hermolin, kappalaisen apulainen
1774–1777 Anders Johan Mennander, kirkkoherran viran armovuodensaarnaaja
1779–1788 Gabriel Grönelius, kappalaisen apualinen
1779–1780 Nils Weckman, kappalaisen apulainen
1784–1788 Simon Helenius, vt. pitäjänapulainen
1790– Samuel Gabriel Mellenius, kirkkoherran apulainen
1803–1808 Jakob Johan Holmberg, kirkkoherran apulainen
1810–1818 Nils Kristian Ahlstedt, kirkkoherran apulainen
1818–1824 Karl Helenius, sijaiskirkkoherra
1829–1830 Gustaf Vilhelm Kellbaeck, kirkkoherran apulainen
1831–1832 Gustaf Fredrik Palander, kirkkoherran apulainen
1833–1835 Johan Tammelin, kirkkoherran apulainen
1835–1837 August Herman Sevón, kirkkoherran apulainen
1839 Karl August Tallgren, kirkkoherran apulainen
1840–1841 Albert Ferdinand Almberg, kirkkoherran apulainen
1841–1847 Johan Helenius, kirkkoherran apulainen
1847–1857 Nils Helenius, kirkkoherran apulainen, vt. pitäjänapulainen, sijaiskirkkoherra
1858–1859 Karl Edvard Hagelberg, välisaarnaaja
1865–1871 Gustaf Magnus Boijer, vt. pitäjänapulainen
1871–1872 Gustaf Julius Ahlman, vt. pitäjänapulainen
1896 Frans Oskar Lampola, virkavuodensaarnaaja
1896 Juho Aleksi Peltonen, armovuodensaarnaaja
1898–1901 Herman Oskar Mäkelä, vt. kappalainen
1901–1906 Arttu Akseli Albin Ahonen, papiston apulainen, vt. kappalainen, vt. kirkkoherra,
1906–1907 Sturle Harald Berndtson, vt. kirkkoherra, vt. kappalainen
1907– Pekka Räsänen, vt. kirkkoherra, vt. kappalainen
Arkisto
Pöytyän seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1746, tilikirjat vuodesta 1737 ja historiakirjat vuodesta 1656. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Turussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1654–1964.
Kansallisarkisto on digitoinut Pöytyän seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.