Naantalin seurakunta muodostui birgittalaisnunnaluostarin ympärille muodostuneesta asutuksesta. Luostari perustettiin Maskun emäseurakunnan maalle 1438, mutta siirrettiin viisi vuotta myöhemmin Raisioon. Kun luostarin merkitys kasvoi, määrättiin Naantali emäkirkoksi ja Raisio vastaavaksi muodostetun emäseurakunnan anneksaksi. Uskonpuhdistuksen jälkeen luostarin rappeuduttua Raisio tuli jälleen emäkirkoksi ja Naantali anneksaksi kunnes kuningas Juhana III:n käskykirjeen nojalla Naantalin kirkko määrättiin kunnostettavaksi 29.12.1577, jolloin emäkirkko siirrettiin jälkeen Naanataliin ja Raisioon kuulunut Ruskon kappeli siirrettiin kuuluvaksi Maskun emäseurakuntaan ja Maskusta siirrettiin Merimaskun kappeli kuuluvaksi Naantaliin. Kirkko vahingoittui tulipalossa pahoin 1628, jolloin se syttyi Jägerhornin pyssyn etulatingista. Seurakunta Turun akatemian prebendana vuosina 1640–1844. Kirkko korjattiin perusteellisesti valtionvaroilla ja varustettiin kattoholvauksella 1866. Seurakuntaan kuuluneista Raisio erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1894 ja Merimasku 1904.
Muut nimet
Nådendal, Nadhendal
Kylät
Haijainen, Herttula, Immanen, Inttilä, Isokylä, Jaakola, Käkölä, Karvetti, Keitilä, Kirstilä, Kuivalahti, Kukola, Kultaranta, Kunnainen, Lapila, Latvo, Löytäne, Luolala, Miekkula, Pappila, Pyöli, Saksila, Soininen, Suovuori, Taimo, Tammisto, Vaadio, Venka, Viiala
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherrat
1554–1569 Michael Henrici
1571–1592 Gregirius Michaelis, Naantalin kirkkoherra
1562–1612 Olaus Eschili
1612–1633 Gabriel Petri Melartopaeus
1634–1640 Johan Walstenius
1640–1648 Juhana Terserus
1648–1653 Georgius Alanus
1654–1675 Martti Stodius
1695–1700 Anders Wanochius
1700–1711 Simon Tolpo
1712–1726 Herman Ross
1728–1735 Anders Bergius
1737–1741 Johan Wallenius
1741–1742 Petter Filenius
1742–1744 Israel Peldan
1744–1758 Isak Ross
1759–1783 Wilhelm Robert Nääf
1784–1803 Lars Lefrén
1804–1843 Gustaf Gadolin
1846–1852 Reinhold Henrtzberg
1853–1876 Karl Heickell
1878–1894 Berndt Fredrik Nordlund
1897–1906 Edvard Hannula
1907–1908 Johan Nestor Kalinen
1911– Johan Fredrik Hellman, nimitetty 1909
Kappalaiset
1590–1592 Olaus Eskelinpoika
1592–1607 Mikael Mikaelinpoika (Wallenius)
1607–1616 Paulus Johanneksenpoika Paulinus
1627–1628 Simon Klemetinpoika (Vallius)
1634–1652 Henrik Johannis Crugerus
1652–1694 Olaus Henrikinpoika Wastenius, asui Raisiossa
1685–1692 Thuro Jeremiaanpoika Sandelinus
1692–1712 Anders Matiaksenoika Ekeqvist, apulainen kappalaisen virassa
1720–1724 Karl Prochmann
1724–1729 Israel Hartman
1729–1735 Nils Weckman
1736–1737 Esaias Ravander
1737–1745 Jonas Wrigstadius
1746–1764 Henrik Lemberg
1765–1782 Josef Weckman
1784–1791 Johan Magnus Churberg
1793–1807 Adolf Ström
1807–1809 Johan Lundgren
1810–1815 Johna Bröcker
1816–1824 Abraham Blom
1825–1832 Karl Konstantin Forss
1833–1839 Axel Herlin
1841–1868 Matias Laurillius, ensin vt. kappalainen
1868–1879 Karl Dahlberg
1882–1884 August Edvard Helin
1888–1889 Johan Nestor Kalinen, virka lakkautettu.
Ylimääräiset papit
1658–1672 Jakob Jakobinpoika
1669–1677 Sigfrid Jakobinpoika Wichman
1675–1692 Karl Petræus, vt. kirkkoherra
1677–1685 Thuro Sandelinus
1705–1713 Simon Pietarinpoika Fabritius
1713–1714 Jakob Gadolin
1714 Johan Solinus, Raision kappalainen.
1714 Thomas Saccenius, Merimaskun kappalainen.
1717 Albert Spensenius
1714 Henrik Colliander, Pohjan kappalainen
1714 Jakob Caringius, Markun kappalainen
1714 Matias Grunerus
1715–1716 Laurentius Bergius
1716–1722 Anders Hildén, vt. kirkkoherra
1723–1726 Johan Serenius, vt. kirkkoherra, rykmentin pastori
1735–1737 Gustaf Jylenius, vt. kirkkoherra
1739–1746 Henrik Lemberg, kirkkoherran apulainen
1747–1759 Barthold Hosslenius, kirkkoherran apulainen
1750-luku Jakob Montelius, kappalaisen apulainen, ylioppilas.
1750-luku Jonas Monselius, kappalaisen apulainen, ylioppilas.
–1764 Gustaf Arander, kirkkoherran apulainen
1760–1795 Johan Waldstedt, kappalaisen apulainen, pedagogi
1759–1761 Johan Henrik Selén, kirkkoherran apulainen
1774–1785 Jakob Herman Tallequist, kirkkoherran apulainen
1785–1792 Thomas Hoegander, kirkkoherran apulainen
1792–1795 Jakob Syrenius
1795–1807 Johan Lundgren, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra
1807–1809 Gustaf Johan Ingelius, kirkkoherran apulainen
1809 Efraim Dahlstedt, vt. kappalainen
1809–1812 Josef Tallgren, kirkkoherran apulainen
1812–1816 Berndt Johan Floor, kirkkoherran apulainen
1815–1816 Abraham Blom, välisaarnaaja
1816–1832 Gustaf Forselius, kirkkoherran apulainen
1824–1825 Karl Konstantin Forss, vt. kappalainen
1832–1835 Ernst Johan Gyldén, kirkkoherran apulainen
1832–1833 Axel Herlin, välisaarnaaja
1835–1836 Johan Tammelin, kirkkoherran apulainen
1835–1836 Johan Henrik Björkman, papiston apulainen
1836–1843 Fredrik Adolf Björkqvist, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra
1838–1841 Johan Lagerstedt, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1845–1846 Anders Engman, sijaiskirkkoherra
1852–1853 Johan Ferdinand Ignatius, sijaiskirkkoherra
1871 Ludvig Alexander Vennerström, vt. kappalainen
1876 Johan Evert Korsström, kirkkoherran apulainen
1878–1881 Henrik Eliel Vegelius, vt. kappalainen
1881–1882 Johan Gustaf Alfred Helenius, vt. kappalainen
1882 August Edvard Helin, vt. kappalainen
1884–1886 Johan Nestor Kalinen, vt. kappalainen
1886–1888 Alfred Brynolf Leivo, vt. kappalainen
1889 Anders Axel Petterson, vt. kappalainen
1889 Ludvig Grönholm, vt. kappalainen
1890–1891 Kustaa Alfred Kunnas, vt. kappalainen
1891–1892 Pekka Adolf Fogman, vt. kappalainen
1892–1897 Karl Johan Valdemanr Breitholtz, vt. kappalainen, sijaiskirkkoherra
1898 Otto Johannes Caselius, kappalaisen apulainen
1898–1899 Iisakki Eedvartti Vihervaara, vt. kirkkoherra
1899–1902 Mikko Katila, sijaiskirkkoherra
1902–1904 Johani Albert Lundelin, vt. kirkkoherra
1904 Kustaa Fredrik Vihtinen, vt. kirkkoherra
1904–1906 Henrik Vilhelm Lindgrén, vt. kirkkoherra
1906–1907 Emil Frithiof Hippolytus Laurila, vt. kirkkoherra
1907 Klas Eliel Sjöblom, vt. kirkkoherra, kirkkoherran apulainen
1908 Vihtori Tiitola, kirkkoherran apulainen
1908–1909 Frans Jalmari Vesenterä, vt. kirkkoherra
1909– Aarno Johannes Carlstedt, vt. kirkkoherra
Arkisto
Naantalin seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1684, tilikirjat vuodesta 1667 ja historiakirjat vuodesta 1673. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Turussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1539–1937.
Kansallisarkisto on digitoinut Naantalin seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.