Perustettiin Uudenkaarlepyyn kappeliksi 1734, jolloin seurakunnassa oli jo Pyhän Mikaelin nimikkokirkko. Kirkko kärsi vaurioita isonvihan aikana. Seurakunta sai oman papin 1755. Erotettiin Uudestakaarlepyystä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarin käskykirjeellä 2.11.1857. Seurakuntaan kuulunut Pensalan rukoushuone perustettiin 1907 ja Hirvlaxin rukoushuone 1913, joista ensiksi mainittu paloi 26.3.1926. Munsalan kunta liitettiin Uudenkaarlepyyn kaupunkiin 1677.
Maakirjakylät
Harjux, Hirvlax, Jussila, Kantlax, Monå, Monäs, Munsala, Pensala, Vexala
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kappalaisen virkatalo oli alkuaan Isakas, joka vaihdettiin myöhemmin Hagasten tilaan, mistä kuninkaan suostumus 16.9.1768. Virkatalon oikeuksista maaherran päätös 11.3.1806. Virkatalosta Keisarillisen senaatin päätös 18.6.1875.
Kirkkoherrat
1874–1877 Jakob Esaias Vegelius
1878–1892 Nils Gustaf Emeleus
1894– Gustaf von Essen
Kappalaiset
1742–1762 Johan Eliæ Remahl, vuodesta 1755 Munsalassa
1763–1775 Johan Freitag
1777–1795 Elias Gustavi Granroth
1796–1822 Anders Sinius
1825–1844 Esaias Vegelius
1847–1850 Anders Helander
1850–1854 Gustaf Ticklén
1856–1862 Alexander Magnus Jungberg, virka lakkautettu
Ylimääräiset papit
1793–1796 Johan Gyllenberg, kappalaisen apulainen
1797– Johan Jakob Frosterus, kappalaisen apulainen
1797–1800 Jakob Heikel, kappalaisen apulainen
1797–1800 Johan Gustaf Andrell, kappalaisen apulainen
1799–1804 Jakob Ekberg, kappalaisen apulainen
1806–1807 Johan Gustaf Andrell, kappalaisen apulainen
1810–1818 Henrik Damsten, kappalaisen apulainen
1818–1826 Jakob Rönlund, kappalaisen apulainen, virka– ja armovuodensaarnaaja
1826–1831 Johan Fredrik Silvius, kappalaisen apulainen
1831–1838 Karl Henrik Fonselius, kappalaisen apulainen
1838 Henrik Vilhelm Vahlstein, kappalaisen apulainen
1839–1840 Moses Runsten, kappalaisen apulainen
1840–1841 Gabriel Häggblom, kappalaisen apulainen
1841–1842 Lars Josef Achrén, kappalaisen apulainen
1842–1843 Fredrik Hedberg, kappalaisen apulainen
1843–1845 Fredrik Östring, kappalaisen apulainen, vt. kappalainen
1845–1849 Olof Henrik Helander, vt. kappalainen, apupappi
1850–1852 August Heikel, kappalaisen apulainen
1852 Anders Abraham Favorin, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1852–1853 Gustaf Vilhelm Lybeck, kappalaisen apulainen
1853 Alfred Kihlman, kappalaisen apulainen
1854–1856 Jakob Henrik Roos, välisaarnaaja
1863–1865 Kristian Vilhelm Vesterholm, vt. kappalainen
1864–1867 Anders Abraham Favorin, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1865–1867 Anders Abraham Favorin, vt. kappalainen
1867–1874 Henrik August Vegelius, vt. kappalainen
1876–1877 Jakob Schroderus, kirkkoherran apulainen
1877 Johannes Östring, vt. kirkkoherra
1877–1878 Jakob Joel Vegelius, vt. kirkkoherra
1885–1886 Kanutus Onni Nyström, virallinen apulainen
1887–1888 Anders Axel Petterson, kirkkoherran apulainen
1888–1891 Karl Peter Elenius, kirkkoherran apulainen
1891–1897 Emil Albert Rudelius, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1893–1894 Peter Cederberg, vt. kirkkoherra
1898–1899 Axel Rudolf Leván, kirkkoherran apulainen
1899 Väinö Kauno Durchman, vt. kirkkoherra
1901–1902 Jakob Immanuel Bäck, kirkkoherran apulainen
Arkisto
Munsalan seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1780, tilikirjat vuodesta 1730 ja historiakirjat vuodesta 1730. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Vaasassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1780–1785.
Kansallisarkisto on digitoinut Munsalan seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.