Perustettiin Uudenkaarlepyyn rukoushuonekunnaksi keisarin käskykirjeellä 10.11.1859, jossa annettiin lupa rukoushuoneen rakentamiseen Jepuan kulmille. Aiemmin 5.7.1793 kuningas oli antanut kieltävän vastauksen Jepuan eli Vuoskosken kylän asukkaiden anomukseen saada rakentaa oma kirkko sekä palkata oma pappi. Suomalainen osa seurakunnasta oli 1700-luvun alusta käynyt Alahärmän kirkossa. Tämän vuoksi suomenkieliset eivät osallistuneet Uudenkaarlepyyn pitäjänapulaisen palkkaamiseen. Seurakunta sai ensimmäisen oman saarnaajan keisarin käskykirjeellä 17.1.1863. Muodostettiin kappeliksi keisarin käskykirjeellä 14.1.1867. Erotettiin Uudestakaarlepyystä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1906. Jepuan kunta liitettiin Uudenkaarlepyyn kaupunkiin 1975.
Muut nimet
Jeppo
Maakirjakylät
Jungar, Lassila, Ytterjeppo, Överjeppo
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kappalaiset
1863–1868 Jakob Simelius, ensin saarnaaja
1872–1879 Haniel Östring
1881– Fredrik Nordgren
Ylimääräiset papit
1860–1870 Hilarius Albin Ferdinand Mikander, vt. kappalainen
1879–1880 Karl Fredrik Remahl, vt. kappalainen
Arkisto
Jepuan seurakunnan rippi- ja historiakirjat alkavat vuodesta 1887.
Seurakunnan koko vanhempi arkisto tuhoutui pappilan palossa 28.12.1886, jolloin vain yksi rippikirja säilyi tosin sekin pahasti kärventyneenä.
Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut Jepuan seurakunnan kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.