Perustettiin Piikkiön emäseurakunnan kappeliksi tuomiokapitulin suostumuksella 19.1.1653 ja perustaminen totehutui vasta 1659. Kuusistossa sijaitsi katolisella ajalla piispanlinna, joka rakennettiin 1200- ja 1300-lukujen taitteessa ja purettiin kuningas Kustaa Vaasan käskystä 1528. Kappeliseurakunta yhdistettiin emäseurakuntaan keisarin käskykirjeellä 28.10.1863, mutta kappelioikeudet annettiin takaisin 24.1.1885. Erotettiin Piikkiöstä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1914. Kuusiston kunta perustettiin 1914 ja liitettiin Kaarinan kuntaan 1946.
Muut nimet
Kustö, Kuusluoto
Kylät
Ämboda, Finby, Isokylä, Järvenkylä, Joensuu, Jullas, Kärrom, Korsnäs, Krogsby, Kuusiston kartano, Munkäng, Räfnäs, Vuorlahtia
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kappalaisen virkataloksi määrättiin Kärromin tila kuninkaan käskykirjeellä 28.2.1732, joka vaihdettiin Smedsin tilaan keisarin käskykirjeellä 26.4.1887.
Kappalaiset
1659 Johan Andrea Neostadius
1673–1674 Anders
1675–1678 Matias Coraeus
1678–1692 Eerik Ketharenius
1692– Sakarias Hornaeus
1709–1724 Johan Langius
1724–1727 Andreas Hidéen
1729–1737 Eerik Hansenius
1737–1738 Matias Lundenius
1738–1759 Matias Petrelius
1759–1772 Karl Wallenström
1772–1800 Salomon Möller
1802–1823 Jonas Enberg
1825–1841 Ulrik Leidenius
1843–63 Otto Reinhold Halleen
1893–1897 Kustaa Bernhard Hytönen
1899–1902 Anton Anshelm Virtanen
1904– August Edvard Helin
Ylimääräiset papit
1759–1761 Jeremias Kruuse, kapalaisen apulainen
1772– Johan Churberg, kappalaisen viran armovuodensaarnaaja
1823–1824 Ulrik Leidenius, virkavuodensaarnaaja
1824–1825 Anders Gustaf Gonander, armovuodensaarnaaja
1833–1836 Josef Ernvall, kappalaisen apulainen
1841–1843 Erik William Wladimir Danielsson, virka– ja armovuodensaarnaaja
1885–1886 Axel Gabriel Hällström, vt. kappalainen
1887 August Alfred Murén, vt. kappalainen
1887–1889 Nikolai Blom, vt. kappalainen
1891–1893 Kustaa Bernhard Hytönen, vt. kappalainen
1897–1898 Otto Vilho Tupala, vt. kappalainen
1898–1899 Anton Anselm Virtanen, vt. kappalainen
1901–1902 August Edvard Helin, vt. kappalainen
Arkisto
Kuusiston seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1738, tilikirjat vuodesta 1705 ja historiakirjat vuodesta 1696. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Turussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1652–1950.
Kansallisarkisto on digitoinut Kuusiston seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1870-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.