Perustettiin Kaarinan emäseurakunnan kappeliksi, kun lupa kirkon rakentamiseen annettiin 30.6.1693, mutta kappeliseurakunnan perustaminen toteutui vasta, kun papin palkasta ja seurakuntalaisten rakentamisvelvollisuudesta määrättiin keisarin käskykirjeessä 16.10.1852. Tätä ennen seurakunta oli saarnahuonekunta, jolla oli oma saarnaa vuodesta 1766. Maarian emäseurakuntaan kuuluneet Satavan saarelaiset siirrettiin kuuluvaksi Kaksertaan keisarin käskykirjeellä 1.2.1858. Erotettiin Kaarinasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1904. Kakskerta mainitaan paikkakuntana jo 1416. Kakskerran kunta liitettiin Turun kaupunkiin 1968.
Kylät
Artukka, Hännälä, Höyttinen, Kaivonen, Myllykylä, Naula, Penilä
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kappalaisen virkatalosta keisarin käskykirje 29.6.1859 ja kappalaisen palkasta 23.9.1884.
Saarnaajat
1766–1769 Henrik Reilin
1769–1772 Jakob Utter
1774–1778 Erik Anstén
1779–1784 Johan Enlund
1785–1808 Henrik Rangelius
1809–1813 Erik Johan Saxén
1814–1825 Matias Blomberg
1827–1833 Johan Fredrik Fleege
1834–1841 Nils Johan Jungberg
1842–1852 Markus Birkman
1856–1857 Otto Mauritz von Essen
1857–1860 Gustaf Ferdinand Mellberg
Kappalaiset
1860–1865 Gustaf Ferdinand Mellberg
1866–1871 Otto Emil Erflund
1898–1903 August Edvard Helin, virka lakkautettiin
Ylimääräiset papit
1808–1809 Anders Lundén, armovuodensaarnaaja
1833–1834 Nils Johan Jungberg, välisaarnaaja
1841–1842 Markus Birkman, välisaarnaaja
1852–1853 Karl Georg Napoleon Sumelius, armovuodensaarnaaja
1853–1855 Berndt August Paldani, armovuodensaarnaaja
1855–1856 Axel Gabriel Ylander, armovuodensaarnaaja
1871–1884 Johan Lundell, vt. kappalainen
1884–1890 Samuel Brynolf Fredriksson, vt. kappalainen
1890–1891 Pekka Adolf Fogman, vt. kappalainen
1891–1893 Anton Vilhelm Sederström, vt. kappalainen
1893 Juho Pyhälä, vt. kappalainen
1893–1897 Matias Sjöström, vt. kappalainen
1897–1898 David Sirenius, vt. kappalainen
1903–1904 August Edvard Helin, vt. kappalainen
1904 Nils Arthur Malin, vt. kappalainen
1904– August Edvard Helin, vt. kappalainen
Arkisto
Kakskerran seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1737, tilikirjat vuodesta 1769 ja historiakirjat vuodesta 1764. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Turussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1747–1949.
Kansallisarkisto on digitoinut Kakskerran seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1870-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.