Mainitaan Taivassalon emäseurakunnan kappelina Vartsalan nimellä ainakin jo 1554. Seurakunnalla mainitaan uusi kirkko 1639 ja oma kappalainen ainakin vuodesta 1649. Muodostettiin vuonna 1670 perustetun Pyhän Jaakobin eli Kunnaraisten rukoushuonekunnan kanssa yhdeksi kappeliseurakunnaksi, kun tuomiokapituli antoi luvan rakentaa kirkon Kivimaan saarelle 26.3.1782, jonka jälkeenkin seurakuntalaisilla oli oikeus käyttää Vartsalan ja Kunnaraisten vanhoja hautausmaita. Erotettiin Taivassalosta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1865. Kustavin kunta perustettiin 1874. Kustavin kunnan ja seurakunnan nimi muutettiin Kustaviksi keisarillisen senaatin päätöksellä 19.10.1897.
Muut nimet
Gustavs, Kivimaa
Kylät
Anavainen, Boda (Puore), Böle (Pyöli), Elmnäs (Elmnäinen), Etelä-Vartsala, Friisilä, Grönvik, Idula, Iso Koiluoto, Isoluoto, Iso-Rahi, Kaurissalo, Kevo, Kiparluoto, Kivimaa, Koelsuu, Koivula (Koila), Kunnarainen, Långstjert, Laupunen, Lypertö (Lypyrtti), Parattula, Pleikilä, Pohjois-Vartsala, Rahinkorpi, Ruola, Ruoni, Salmittu, Siusluoto, Vähä-Rahi, Västerby
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kappalaisen palkasta keisarin käskykirjeessä 22.10.1836.
Kirkkoherrat
1880–1893 Karl Sixtus Olsson
1881–1888 Johan Henrik Vehmanen
1895–1912 Juho Kustaa Heino (Hollmén)
1913–1920 Torsten Mauritz Hohenthal
1922–1954 Allan Oksanen
Saarnaajat
1730–1739 Tobias Tocklenius
1740–1771 Henrik Hildén
1772–1789 Esaias Hildén
Kappalaiset
1790–1791 Jakob Beckman
1792–1814 Gustaf Johan Tenlenius
1814–1834 Mikael Åkerblom
1838–1841 Karl Gustaf Hollmén
1841–1864 Johan Lagerstedt, virka lakkautettiin
Ylimääräiset papit
1720–luku Tobias Tocklenius, kappalaisen apulainen
1757–1867 Johan Sadenius, kappalaisen apulainen
1767–1872 Esaias Hildén, kappalaisen apulainen
1807–1810 Johan Viander, kappalaisen apulainen
1810–1813 Johan Lindlöf, kappalaisen apulainen
1813–1815 Johan Renholm, kappalaisen apulainen
1828–1830 Benjamin Sulin, apulainen
1830–1833 Jakob Vilhelm Mittler, apulainen
1833–1836 Gustaf Adrian Jordan, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1836–1838 Erik Vilhelm Rangelius, välisaarnaaja
1864–1870 Frans Fritjof Colérus, vt. kappalainen
1870–1872 Karl Alfred Mittler, vt. kappalainen
1872–1875 Henrik Oskar Elers, vt. kappalainen
1875–1876 Gustaf Edvard Lybeck, vt. kappalainen
1877–1881 Johan Henrik Vehmanen, vt. kappalainen
1888–1889 Otto Vilhelm Åkerman, vt. kirkkoherra
1893–1894 Karl Magnus von Essen, vt. kirkkoherra
1894–1895 Kaarlo Haavio, vt. kirkkoherra
Arkisto
Kustavin seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1690, tilikirjat vuodesta 1723 ja historiakirjat vuodesta 1676. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Turussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1628–1699.
Kansallisarkisto on digitoinut Kustavin seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.